SAXSdb — 1lkp

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rubrerythrin

Desulfovibrio vulgaris

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–191	未记录	AZI AZIDE ION × 4 FE2 FE (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；PEG 1450, MOPS, Sodium Azide, Sodium Dithionite, NADH, BenC, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.64 Å R-free 0.202
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–191	未记录	AZI AZIDE ION × 8 FE2 FE (II) ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；PEG 1450, MOPS, Sodium Azide, Sodium Dithionite, NADH, BenC, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.64 Å R-free 0.202

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1LKP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B71 RUBRERYTHRIN 提交 1999-01-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–191（191 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 4 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8	分辨率 1.90 Å
1B71 RUBRERYTHRIN 提交 1999-01-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–191（191 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 8 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8	分辨率 1.90 Å
1DVB RUBRERYTHRIN 提交 2000-01-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–191（191 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 4 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；PEG4000, Tris acid maleate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.255
1DVB RUBRERYTHRIN 提交 2000-01-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–191（191 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 8 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；PEG4000, Tris acid maleate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.255
1JYB Crystal structure of Rubrerythrin 提交 2001-09-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–191（191 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 4 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；PEG1500, Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.231
1JYB Crystal structure of Rubrerythrin 提交 2001-09-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–191（191 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 8 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；PEG1500, Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.231
1LKM Crystal structure of Desulfovibrio vulgaris rubrerythrin all-iron(III) form 提交 2002-04-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–191（191 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 1450, Tris, Glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.69 Å R-free 0.210
1LKM Crystal structure of Desulfovibrio vulgaris rubrerythrin all-iron(III) form 提交 2002-04-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–191（191 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 1450, Tris, Glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.69 Å R-free 0.210
1LKO Crystal structure of Desulfovibrio vulgaris rubrerythrin all-iron(II) form 提交 2002-04-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–191（191 aa）	未记录	FE2 FE (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG1450, Tris, Sodium Dithionite, NADH, BenC, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.63 Å R-free 0.204
1LKO Crystal structure of Desulfovibrio vulgaris rubrerythrin all-iron(II) form 提交 2002-04-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–191（191 aa）	未记录	FE2 FE (II) ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG1450, Tris, Sodium Dithionite, NADH, BenC, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.63 Å R-free 0.204
1QYB X-ray crystal structure of Desulfovibrio vulgaris rubrerythrin with zinc substituted into the [Fe(SCys)4] site and alternative diiron site structures 提交 2003-09-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–191（191 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 4 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG1450, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.213
1QYB X-ray crystal structure of Desulfovibrio vulgaris rubrerythrin with zinc substituted into the [Fe(SCys)4] site and alternative diiron site structures 提交 2003-09-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–191（191 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 8 ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG1450, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.213
1RYT RUBRERYTHRIN 提交 1996-04-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–191（190 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.256
1RYT RUBRERYTHRIN 提交 1996-04-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–191（190 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 12	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.256
1S2Z X-ray crystal structure of Desulfovibrio vulgaris Rubrerythrin with displacement of iron by zinc at the diiron Site 提交 2004-01-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–191（191 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 2 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；PEG 1450, Tris, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.196
1S2Z X-ray crystal structure of Desulfovibrio vulgaris Rubrerythrin with displacement of iron by zinc at the diiron Site 提交 2004-01-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–191（191 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 8 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；PEG 1450, Tris, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.196
1S30 X-ray crystal structure of Desulfovibrio vulgaris Rubrerythrin with displacement of iron by zinc at the diiron Site 提交 2004-01-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–191（191 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 2 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；PEG 1450, Tris, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.05 Å R-free 0.208
1S30 X-ray crystal structure of Desulfovibrio vulgaris Rubrerythrin with displacement of iron by zinc at the diiron Site 提交 2004-01-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–191（191 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 8 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；PEG 1450, Tris, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.05 Å R-free 0.208

共 9 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RUBY_DESVH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–191； UniProt 1–191

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1lkp
沉积日期 deposition_date	2002-04-25
结构标题 title	Crystal structure of Desulfovibrio vulgaris rubrerythrin all-iron(II) form, azide adduct
关键词 keywords	Rubrerythrin, reduced form, azide adduct, diiron, four-helix bundle, rubredoxin-like, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.64 Å
零角强度 I(0) i0	9185340.00
分子量 molecular_weight	21662.0 kDa
排除体积 excluded_volume	26699 Å³
包络体积 envelope_volume	32273 Å³
水化壳体积 shell_volume	14915 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.2 Å
壳层 Rg shell_rg	24.34 Å
包络 Rg envelope_rg	19.93 Å
形状 Rg shape_rg	19.59 Å
总 Rg total_rg	20.47 Å
总原子数 total_atoms	1523
残基数 n_residues	190
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.5 Å
Rg (实空间) rg_real	20.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.1850e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1780e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9185000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8526
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.547
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.243
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	1245000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.777; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.762; Smooth: 0.987

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Rubrerythrin
分子量 formula_weight	21577.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1796

MKSLKGSRTEKNILTAFAGESQARNRYNYFGGQAKKDGFVQISDIFAETADQEREHAKRLFKFLEGGDLEIVAAFPAGIIADTHANLIASAAGEHHEYTEMYPSFARIAREEGYEEIARVFASIAVAEEFHEKRFLDFARNIKEGRVFLREQATKWRCRNCGYVHEGTGAPELCPACAHPKAHFELLGINW

来源 Source

来源生物 organism	Desulfovibrio vulgaris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	881
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	AZIDE ION
分子量 formula_weight	42.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	262

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1lkpa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1lkpa2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.5 — Rubredoxin-like
家族 Family family	g.41.5.1 — Rubredoxin

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1lkpA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1lkpA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	48.344 Å
晶胞边长 b length_b	80.092 Å
晶胞边长 c length_c	100.168 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.640 Å
最低分辨率 resolution_low	23.370 Å
R 因子 r_factor	0.1780
R_work r_work	0.1780
R_free r_free	0.2020

fit	/app/data/saxs_computation/lk/1lkp/1lkp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lk/1lkp/1lkp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lk/1lkp/1lkp.dat

Crystal structure of Desulfovibrio vulgaris rubrerythrin all-iron(II) form, azide adduct

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rubrerythrin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction