1lnx

Crystal structure of the P.aerophilum SmAP1 heptamer in a new crystal form (C2221)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)

Pyrobaculum aerophilum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 7	URIDINE × 7 GLYCEROL × 10 ACETIC ACID × 2 water × 7	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 14	URIDINE × 14 GLYCEROL × 20 ACETIC ACID × 4 water × 14	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8ZYG5_PYRAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 B； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 C； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 D； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 E； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 F； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 G； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1lnx
沉积日期 deposition_date	2002-05-04
结构标题 title	Crystal structure of the P.aerophilum SmAP1 heptamer in a new crystal form (C2221)
关键词 keywords	beta barrel-like structure (OB fold); homoheptameric, RNA BINDING PROTEIN, transcription; RNA BINDING PROTEIN, transcription
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1lnx__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1lnx__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1lnx__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.57 Å
Rg（电子密度）	28.53 Å
总 Rg	29.53 Å
原子数	8388
残基数	1026
排除体积	149930 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1lnx__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1lnx__assembly_2__model_1`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
分子量 formula_weight	8937.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G
原子数 atom_count	4519

MASDISKCFATLGATLQDSIGKQVLVKLRDSHEIRGILRSFDQHVNLLLEDAEEIIDGNVYKRGTMVVRGENVLFISPVPG

来源 Source

来源生物 organism	Pyrobaculum aerophilum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	13773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	URIDINE
分子量 formula_weight	244.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	325

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d1lnxa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d1lnxa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1lnxb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d1lnxc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d1lnxd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d1lnxe_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d1lnxf1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d1lnxf2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1lnxg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	1lnxA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	1lnxB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	1lnxC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	1lnxD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	1lnxE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	1lnxF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	1lnxG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

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晶胞边长 a length_a	91.829 Å
晶胞边长 b length_b	113.764 Å
晶胞边长 c length_c	126.594 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	56

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	19.780 Å
R 因子 r_factor	0.1820
R_work r_work	0.1820
R_free r_free	0.2260

Crystal structure of the P.aerophilum SmAP1 heptamer in a new crystal form (C2221)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1lnx__assembly_2__model_1

1lnx__assembly_2__model_1 | I(q)

1lnx__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystal structure of the P.aerophilum SmAP1 heptamer in a new crystal form (C2221)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1lnx__assembly_2__model_1

1lnx__assembly_2__model_1 | I(q)

1lnx__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (2)