1lo2

Retro-Diels-Alderase Catalytic Antibody

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 127.5 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

If kappa light chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 X； UniProt 20–238	片段：Fab fragment	Ig gamma 2a heavy chain × 1 OX1 [2'-CARBOXYLETHYL]-10-METHYL-ANTHRACENE ENDOPEROXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；290 K；PEG3350, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.00 Å R-free 0.248
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 20–238	片段：Fab fragment	Ig gamma 2a heavy chain × 1 OX1 [2'-CARBOXYLETHYL]-10-METHYL-ANTHRACENE ENDOPEROXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；290 K；PEG3350, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.00 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1LO2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1I9I NATIVE CRYSTAL STRUCTURE OF THE RECOMBINANT MONOCLONAL WILD TYPE ANTI-TESTOSTERONE FAB FRAGMENT 提交 2001-03-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 20–238（219 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；peg3350, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.72 Å R-free 0.252
1I9J TESTOSTERONE COMPLEX STRUCTURE OF THE RECOMBINANT MONOCLONAL WILD TYPE ANTI-TESTOSTERONE FAB FRAGMENT 提交 2001-03-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 20–238（219 aa）	未记录	TES TESTOSTERONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；peg3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.255
1L7T Crystal Structure Analysis of the anti-testosterone Fab fragment 提交 2002-03-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 20–238（219 aa）片段：fab77 fragment	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；peg3350, MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.275
1LO3 Retro-Diels-Alderase Catalytic Antibody: Product Analogue 提交 2002-05-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 20–238（219 aa）片段：Fab fragment	未记录	AN1 3-(10-METHYL-ANTHRACEN-9-YL)-PROPIONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3；290 K；PEG3350, pH 3.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
1LO3 Retro-Diels-Alderase Catalytic Antibody: Product Analogue 提交 2002-05-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 20–238（219 aa）片段：Fab fragment	未记录	AN1 3-(10-METHYL-ANTHRACEN-9-YL)-PROPIONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3；290 K；PEG3350, pH 3.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
1LO4 Retro-Diels-Alderase Catalytic antibody 9D9 提交 2002-05-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 24–236（213 aa）片段：Fab fragment	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；290 K；PEG4000, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.40 Å R-free 0.308
1N4X Structure of scFv 1696 at acidic pH 提交 2002-11-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 23–130（108 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å R-free 0.256
1N4X Structure of scFv 1696 at acidic pH 提交 2002-11-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 23–130（108 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å R-free 0.256

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q99M37
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–219； UniProt 20–238 作者链 X； PDB构建体 1–219； UniProt 20–238

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1lo2
沉积日期 deposition_date	2002-05-06
结构标题 title	Retro-Diels-Alderase Catalytic Antibody
关键词 keywords	catalytic antibody, Fab, retro-Diels-Alderase, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.72 Å
零角强度 I(0) i0	143049000.00
分子量 molecular_weight	96455.0 kDa
排除体积 excluded_volume	120660 Å³
包络体积 envelope_volume	159330 Å³
水化壳体积 shell_volume	38401 Å³
包络直径 envelope_diameter	126.0 Å
壳层 Rg shell_rg	40.19 Å
包络 Rg envelope_rg	36.33 Å
形状 Rg shape_rg	36.67 Å
总 Rg total_rg	37.12 Å
总原子数 total_atoms	6794
残基数 n_residues	874
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	127.5 Å
Rg (实空间) rg_real	37.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4300e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5080e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	143000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6670
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.420
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.442
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	17000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.838; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.159; Positv: 1.000; Valcen: 0.787; Smooth: 0.890

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	If kappa light chain
分子量 formula_weight	24269.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,L
原子数 atom_count	6934

DVLMTQTPLSLPVSLGDQVSIFCTSSQTIVHTNGNTYLEWYLQKPGQSPKLLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVETEDLGIYYCFQGSHFPLAFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ig gamma 2a heavy chain
分子量 formula_weight	23704.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,H

EVKLVESGGGLVKPGGSLKLSCAASGFSFRNYGMSWVRQTPEKRLEWVASISYGGLIYYPDSIKGRFTISRDIAQNILYLQMSSLRSEDTAMYHCIRGDSFLVWFTFWGQGTLVTVSAAKTTAPSVYPLAPVCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTQVDKKIEPRGP

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;[2'-CARBOXYLETHYL]-10-METHYL-ANTHRACENE ENDOPEROXIDE ;
分子量 formula_weight	296.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	140

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1lo2h1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1lo2h2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1lo2l1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1lo2l2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1lo2x1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1lo2x2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1lo2y1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1lo2y2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1lo2H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1lo2H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1lo2L01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1lo2L02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1lo2X01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1lo2X02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1lo2Y01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1lo2Y02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	40.528 Å
晶胞边长 b length_b	140.095 Å
晶胞边长 c length_c	85.476 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	30.800 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2100
R_free r_free	0.2480

fit	/app/data/saxs_computation/lo/1lo2/1lo2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lo/1lo2/1lo2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lo/1lo2/1lo2.dat

Retro-Diels-Alderase Catalytic Antibody

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

If kappa light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)