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1lpp

ANALOGS OF REACTION INTERMEDIATES IDENTIFY A UNIQUE SUBSTRATE BINDING SITE IN CANDIDA RUGOSA LIPASE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 70.5 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LIPASE

Candida rugosa

UniProt P20261

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–549 未记录 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 HDS 1-HEXADECANOSULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.18 Å
2 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–549 未记录 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 4 HDS 1-HEXADECANOSULFONIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.18 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1LPP Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CRL INSIGHTS INTO INTERFACIAL ACTIVATION FROM AN 'OPEN' STRUCTURE OF CANDIDA RUGOSA LIPASE 提交 1993-03-02 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 16–549（534 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.06 Å
1LPM A STRUCTURAL BASIS FOR THE CHIRAL PREFERENCES OF LIPASES 提交 1995-01-06 配体/离子不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–549（549 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 MPA (1R)-MENTHYL HEXYL PHOSPHONATE GROUP × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.18 Å
1LPN ANALOGS OF REACTION INTERMEDIATES IDENTIFY A UNIQUE SUBSTRATE BINDING SITE IN CANDIDA RUGOSA LIPASE 提交 1995-01-11 配体/离子不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–549（549 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 DSC DODECANESULFONATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.18 Å
1LPN ANALOGS OF REACTION INTERMEDIATES IDENTIFY A UNIQUE SUBSTRATE BINDING SITE IN CANDIDA RUGOSA LIPASE 提交 1995-01-11 配体/离子不同 Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–549（549 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 4 DSC DODECANESULFONATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.18 Å
1LPO ANALOGS OF REACTION INTERMEDIATES IDENTIFY A UNIQUE SUBSTRATE BINDING SITE IN CANDIDA RUGOSA LIPASE 提交 1995-01-13 配体/离子不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–549（549 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 HDS 1-HEXADECANOSULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.18 Å
1LPS A STRUCTURAL BASIS FOR THE CHIRAL PREFERENCES OF LIPASES 提交 1995-01-05 配体/离子不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–549（549 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 MPC (1S)-MENTHYL HEXYL PHOSPHONATE GROUP × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.18 Å
1TRH TWO CONFORMATIONAL STATES OF CANDIDA RUGOSA LIPASE 提交 1993-11-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 16–549（534 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å
3RAR X-ray structure of a bound phosphonate transition state analog and enantioselectivity of Candida rugosa lipase toward chiral carboxylic acids 提交 2011-03-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 16–549（534 aa） 片段：unp residues 16-549
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 IAN methyl hydrogen (R)-[(R)-methoxy(phenyl)methyl]phosphonate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；296 K；40% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 30 mM sodium acetate buffer and 30 mM CaCl2., pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.19 Å R-free 0.211
3RAR X-ray structure of a bound phosphonate transition state analog and enantioselectivity of Candida rugosa lipase toward chiral carboxylic acids 提交 2011-03-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 16–549（534 aa） 片段：unp residues 16-549
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 4 IAN methyl hydrogen (R)-[(R)-methoxy(phenyl)methyl]phosphonate × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；296 K；40% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 30 mM sodium acetate buffer and 30 mM CaCl2., pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.19 Å R-free 0.211

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LIP1_CANRU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–549； UniProt 1–549

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1lpp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1lpp
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1lpp
沉积日期 deposition_date1995-01-17
结构标题 titleANALOGS OF REACTION INTERMEDIATES IDENTIFY A UNIQUE SUBSTRATE BINDING SITE IN CANDIDA RUGOSA LIPASE
关键词 keywordsHYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.15 Å
零角强度 I(0) i054678700.00
分子量 molecular_weight58351.0 kDa
排除体积 excluded_volume73185 ų
包络体积 envelope_volume81857 ų
水化壳体积 shell_volume29560 ų
包络直径 envelope_diameter71.8 Å
壳层 Rg shell_rg30.15 Å
包络 Rg envelope_rg22.29 Å
形状 Rg shape_rg22.12 Å
总 Rg total_rg23.11 Å
总原子数 total_atoms4104
残基数 n_residues534
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.5 Å
Rg (实空间) rg_real23.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real5.4680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.4310e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal54680000.0000
解质量估计 total_estimate0.9053
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.3 Å
偏度 Skewness skewness0.126
峰度 Kurtosis kurtosis-0.468
角度范围 angular_range— – 0.3400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10620000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.934; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.982
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1lppa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.17 — Fungal lipases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1lppA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
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8. 引用文献 (4)

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9. 文件与曲线 (10)