SAXSdb — 1lq8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

plasma serine protease inhibitor

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 30–375 链 B； UniProt 376–406	片段：N-terminal fragment from elastase cleavage, residues 30-375 片段：C-terminal fragment from elastase cleavage, residues 376-405	2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 3350, sodium fluoride, isopropanol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.279
2	其他组合同源多聚体蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 30–375 链 D； UniProt 376–406	片段：N-terminal fragment from elastase cleavage, residues 30-375 片段：C-terminal fragment from elastase cleavage, residues 376-405	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 3350, sodium fluoride, isopropanol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.279
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 30–375 链 F； UniProt 376–406	片段：N-terminal fragment from elastase cleavage, residues 30-375 片段：C-terminal fragment from elastase cleavage, residues 376-405	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 3350, sodium fluoride, isopropanol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.279
4	其他组合同源多聚体蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 30–375 链 H； UniProt 376–406	片段：N-terminal fragment from elastase cleavage, residues 30-375 片段：C-terminal fragment from elastase cleavage, residues 376-405	2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 3350, sodium fluoride, isopropanol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1LQ8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2HI9 Crystal Structure of human native protein C inhibitor 提交 2006-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 44–406（363 aa）片段：residues 25-387 链 B 44–406（363 aa）片段：residues 25-387 链 C 44–406（363 aa）片段：residues 25-387	未记录	CIT CITRIC ACID × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；296 K；66.7mM tri-potassium citrate, 6.7% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.30 Å R-free 0.269
2OL2 High Resolution Structure of Native PCI in Space Group P21 提交 2007-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–406（371 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；6% PEG 3350, 0.04M ammonium citrate,10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.271
2OL2 High Resolution Structure of Native PCI in Space Group P21 提交 2007-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–406（371 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；6% PEG 3350, 0.04M ammonium citrate,10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.271
3B9F 1.6 A structure of the PCI-thrombin-heparin complex 提交 2007-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 36–406（371 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；295 K；11% PEG 3350, 0.12M MgSO4, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.60 Å R-free 0.234
3DY0 Crystal Structure of Cleaved PCI Bound to Heparin 提交 2008-07-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 37–372（336 aa）片段：PPE cleaved, residues 37-372 链 B 379–406（28 aa）片段：PPE cleaved, residues 379-406	未记录	NO3 NITRATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；295 K；0.12M Lithium Nitrate, 12% PEG 3350, 25% Glycerol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.55 Å R-free 0.217

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IPSP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–346； UniProt 30–375 作者链 C； PDB构建体 1–346； UniProt 30–375 作者链 E； PDB构建体 1–346； UniProt 30–375 作者链 G； PDB构建体 1–346； UniProt 30–375 作者链 B； PDB构建体 1–31； UniProt 376–406 作者链 D； PDB构建体 1–31； UniProt 376–406 作者链 F； PDB构建体 1–31； UniProt 376–406 作者链 H； PDB构建体 1–31； UniProt 376–406

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1lq8
沉积日期 deposition_date	2002-05-09
结构标题 title	Crystal structure of cleaved protein C inhibitor
关键词 keywords	serpin, protease, inhibitor, heparin, retinoic acid, protein C, BLOOD CLOTTING; BLOOD CLOTTING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.04 Å
零角强度 I(0) i0	385081000.00
分子量 molecular_weight	164270.0 kDa
排除体积 excluded_volume	207120 Å³
包络体积 envelope_volume	274830 Å³
水化壳体积 shell_volume	54290 Å³
包络直径 envelope_diameter	147.7 Å
壳层 Rg shell_rg	46.46 Å
包络 Rg envelope_rg	42.53 Å
形状 Rg shape_rg	43.03 Å
总 Rg total_rg	43.24 Å
总原子数 total_atoms	11559
残基数 n_residues	1431
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	151.4 Å
Rg (实空间) rg_real	43.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8510e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.2160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	385000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8696
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.377
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.400
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	54800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.822; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.933; Smooth: 0.901

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	plasma serine protease inhibitor
分子量 formula_weight	38651.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	11658

RVEDLHVGATVAPSSRRDFTFDLYRALASAAPSQNIFFSPVSISMSLAMLSLGAGSSTKMQILEGLGLNLQKSSEKELHRGFQQLLQELNQPRDGFQLSLGNALFTDLVVDLQDTFVSAMKTLYLADTFPTNFRDSAGAMKQINDYVAKQTKGKIVDLLKNLDSNAVVIMVNYIFFKAKWETSFNHKGTQEQDFYVTSETVVRVPMMSREDQYHYLLDRNLSCRVVGVPYQGNATALFILPSEGKMQQVENGLSEKTLRKWLKMFKKRQLELYLPKFSIEGSYQLEKVLPSLGISNVFTSHADLSGISNHSNIQVSEMVHKAVVEVDESGTRAAAATGTIFTFRSA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	plasma serine protease inhibitor
分子量 formula_weight	3737.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

RLNSQRLVFNRPFLMFIVDNNILFLGKVNRP

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	504.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ISOPROPYL ALCOHOL
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	99

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1lq8.1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.1 — Serpins
超家族 Superfamily superfamily	e.1.1 — Serpins
家族 Family family	e.1.1.1 — Serpins

结构域编号 domain_id	d1lq8.2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.1 — Serpins
超家族 Superfamily superfamily	e.1.1 — Serpins
家族 Family family	e.1.1.1 — Serpins

结构域编号 domain_id	d1lq8.3
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.1 — Serpins
超家族 Superfamily superfamily	e.1.1 — Serpins
家族 Family family	e.1.1.1 — Serpins

结构域编号 domain_id	d1lq8.4
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.1 — Serpins
超家族 Superfamily superfamily	e.1.1 — Serpins
家族 Family family	e.1.1.1 — Serpins

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1lq8A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	39 — Alpha-1-antitrypsin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-1-antitrypsin, domain 1

结构域编号 domain_id	1lq8A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	497 — Antithrombin; Chain I, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antithrombin, subunit I, domain 2

结构域编号 domain_id	1lq8C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	39 — Alpha-1-antitrypsin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-1-antitrypsin, domain 1

结构域编号 domain_id	1lq8C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	497 — Antithrombin; Chain I, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antithrombin, subunit I, domain 2

结构域编号 domain_id	1lq8E01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	39 — Alpha-1-antitrypsin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-1-antitrypsin, domain 1

结构域编号 domain_id	1lq8E02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	497 — Antithrombin; Chain I, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antithrombin, subunit I, domain 2

结构域编号 domain_id	1lq8G01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	39 — Alpha-1-antitrypsin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-1-antitrypsin, domain 1

结构域编号 domain_id	1lq8G02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	497 — Antithrombin; Chain I, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antithrombin, subunit I, domain 2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.200 Å
晶胞边长 b length_b	244.030 Å
晶胞边长 c length_c	66.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.98 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	45.660 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2220
R_free r_free	0.2790

fit	/app/data/saxs_computation/lq/1lq8/1lq8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lq/1lq8/1lq8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lq/1lq8/1lq8.dat

Crystal structure of cleaved protein C inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

plasma serine protease inhibitor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)