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1lqi

INSECTICIDAL ALPHA SCORPION TOXIN ISOLATED FROM THE VENOM OF SCORPION LEIURUS QUINQUESTRIATUS HEBRAEUS, NMR, 29 STRUCTURES

Method: SOLUTION NMR Dmax: 32.8 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

INSECT TOXIN ALPHA

Leiurus quinquestriatus hebraeus

UniProt P17728

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 20–82 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1LQI Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1LQH INSECTICIDAL ALPHA SCORPION TOXIN ISOLATED FROM THE VENOM OF SCORPION LEIURUS QUINQUESTRIATUS HEBRAEUS, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-06-17 当前字段一致 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 20–82（63 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
2ATB Triple mutant 8D9D10V of scorpion toxin LQH-alpha-IT 提交 2005-08-24 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 20–82（63 aa）
突变：K9D, N10D, Y11V NO3 NITRATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.01M Cobaltous Chlorid hexahydrate, 0.1M Sodium Acetate trihydrate, 1M of 1,6 Hexnediol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.170
2ATB Triple mutant 8D9D10V of scorpion toxin LQH-alpha-IT 提交 2005-08-24 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 20–82（63 aa）
突变：K9D, N10D, Y11V NO3 NITRATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.01M Cobaltous Chlorid hexahydrate, 0.1M Sodium Acetate trihydrate, 1M of 1,6 Hexnediol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.170
2YEO A39L mutation of scorpion toxin lqh-alpha-it 提交 2011-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 20–83（64 aa） 片段：RESIDUES 20-83
突变：YES DR8 N,N,N-TRIMETHYLHEPTA-1,3,5-TRIYN-1-AMINIUM × 3 DR0 N-(HYDROXYMETHYL)-N,N-DIMETHYLHEXAN-1-AMINIUM × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 CL CHLORIDE ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.01 M HEXADECYLTRIMETHYLAMMONIUM BROMIDE, 0.5 M SODIUM CHLORIDE, 0.01 M MAGNESIUM CHLORIDE HEXAHYDRATE PROTEIN MOLECULE WAS OF 10MG/ML DISSOLVED IN DISTILLED WATER
分辨率 1.08 Å R-free 0.123
8VQC Structure of the voltage-gated sodium channel NavPas from American Cockroach Periplaneta Americana in complex with scorpion alpha-toxin LqhaIT 提交 2024-01-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 20–82（63 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM Tris pH 7.5, 50 mM NaCl, 0.1% (w/v) digitonin
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample was applied on the grid in Vitrobot Mark IV chamber (Thermo Fisher Scientific), blotted for 4 secs with a blot force of 25 and then plunged into ethane
分辨率 3.90 Å
9LKZ Complex of voltage-gated sodium channel NavPaS from American cockroach Periplaneta americana and scorpion alpha toxin LqhaIT 提交 2025-01-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 20–85（66 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.87 Å

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SCXA_LEIQH
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–64； UniProt 20–82

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1lqi

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1lqi
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1lqi
沉积日期 deposition_date1996-06-17
结构标题 titleINSECTICIDAL ALPHA SCORPION TOXIN ISOLATED FROM THE VENOM OF SCORPION LEIURUS QUINQUESTRIATUS HEBRAEUS, NMR, 29 STRUCTURES
关键词 keywordsNEUROTOXIN, SODIUM CHANNEL INHIBITOR; NEUROTOXIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier10.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron10.91 Å
零角强度 I(0) i0710806000.00
分子量 molecular_weight213860.0 kDa
排除体积 excluded_volume261680 ų
包络体积 envelope_volume14325 ų
水化壳体积 shell_volume9936 ų
包络直径 envelope_diameter41.4 Å
壳层 Rg shell_rg18.02 Å
包络 Rg envelope_rg12.93 Å
形状 Rg shape_rg10.89 Å
总 Rg total_rg11.09 Å
总原子数 total_atoms28565
残基数 n_residues1885
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax32.8 Å
Rg (实空间) rg_real10.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.20 Å
I(0) (实空间) i0_real7.1080e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.6360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal10.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal710800000.0000
解质量估计 total_estimate0.9158
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary13.3 Å
偏度 Skewness skewness0.051
峰度 Kurtosis kurtosis-0.618
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha38430.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.972; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.987
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1lqia_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.7 — Scorpion toxin-like
家族 Family familyg.3.7.1 — Long-chain scorpion toxins

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1lqiA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Defensin A-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Knottin, scorpion toxin-like
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)