SAXSdb — 1lsh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LIPOVITELLIN (LV-1N, LV-1C)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	di-heneicosanoyl phosphatidyl choline × 7 UNKNOWN BRANCHED FRAGMENT OF PHOSPHOLIPID × 43 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VIT_ICHUN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1055； UniProt 17–1073 作者链 B； PDB构建体 1–319； UniProt 1306–1624

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1lsh
沉积日期 deposition_date	2002-05-17
结构标题 title	LIPID-PROTEIN INTERACTIONS IN LIPOVITELLIN
关键词 keywords	;LIPOVITELLIN, VITELLOGENIN, LIPOPROTEIN, PLASMA APOLIPOPROTE APOLIPOPROTEIN B, APOB, MICROSOMAL TRIGLYCERIDE TRANSFER PR BOUNDARY LIPID, PHOSPHOLIPID STRUCTURE, LIPID BINDING PROTEIN ;; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1lsh__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1lsh__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1lsh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.07 Å
Rg（电子密度）	34.69 Å
总 Rg	35.09 Å
原子数	9426
残基数	1128
排除体积	173610 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1lsh__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LIPOVITELLIN (LV-1N, LV-1C)
分子量 formula_weight	117469.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10935

QFQPGKVYRYSYDAFSISGLPEPGVNRAGLSGEMKIEIHGHTHNQATLKITQVNLKYFLGPWPSDSFYPLTGGYDHFIQQLEVPVRFDYSAGRIGDIYAPPQVTDTAVNIVRGILNLFQLSLKKNQQTFELQETGVEGICQTTYVVQEGYRTNEMAVVKTKDLNNCDHKVYKTMGTAYAERCPTCQKMNKNLRSTAVYNYAIFDEPSGYIIKSAHSEEIQQLSVFDIKEGNVVIESRQKLILEGIQSAPAASQAASLQNRGGLMYKFPSSAITKMSSLFVTKGKNLESEIHTVLKHLVENNQLSVHEDAPAKFLRLTAFLRNVDAGVLQSIWHKLHQQKDYRRWILDAVPAMATSEALLFLKRTLASEQLTSAEATQIVASTLSNQQATRESLSYARELLNTSFIRNRPILRKTAVLGYGSLVFRYCANTVSCPDELLQPLHDLLSQSSDRAKEEEIVLALKALGNAGQPNSIKKIQRFLPGQGKSLDEYSTRVQAEAIMALRNIAKRDPRKVQEIVLPIFLNVAIKSELRIRSCIVFFESKPSVALVSMVAVRLRREPNLQVASFVYSQMRSLSRSSNPEFRDVAAACSVAIKMLGSKLDRLGCRYSKAVHVDTFNARTMAGVSADYFRINSPSGPLPRAVAAKIRGQGMGYASDIVEFGLRAEGLQELLYRGSQEQDAYGTALDRQTLLRSGQARSHVSSIHDTLRKLSDWKSVPEERPLASGYVKVHGQEVVFAELDKKMMQRISQLWHSARSHHAAAQEQIGAVVSKLEQGMDVLLTKGYVVSEVRYMQPVCIGIPMDLNLLVSGVTTNRANLSASFSSLPADMKLADLLATNIELRVAATTSMSQHAVAIMGLTTDLAKAGMQTHYKTSAGLGVNGKIEMNARESNFKASLKPFQQKTVVVLSTMESIVFVRDPSGSRILPVLPPKMTLDKGLISQQQQQPHHQQQPHQHGQDQARAAYQRPWASHEFSPAEQKQIHDIMTARPVMRRKQSCSKSAALSSKVCFSARLRNAAFIRNALLYKITGDYVSKVYVQPTSSKAQITKVELELQAG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	LIPOVITELLIN (LV-2)
分子量 formula_weight	35110.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

KYVPQRKPQTSRRHTPASSSSSSSSSSSSSSSSSSSDSDMTVSAESFEKHSKPKVVIVLRAVRADGKQQGLQTTLYYGLTSNGLPKAKIVAVELSDLSVWKLCAKFRLSAHMKAKAAIGWGKNCQQYRAMLEASTGNLQSHPAARVDIKWGRLPSSLQRAKNALLENGAPVIASKLEMEIMPKANQKHQVSVILAAMTPRRMNIIVKLPKVTYFQQGILLPFTFPSPRFWDRPEGSQSDSLPAQIASAFSGIVQDPVASACELNEQSLTTFNGAFFNYDMPESCYHVLAQECSSRPPFIVLIKLDSERRISLELQLDDK

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	di-heneicosanoyl phosphatidyl choline
分子量 formula_weight	875.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	UNKNOWN BRANCHED FRAGMENT OF PHOSPHOLIPID
分子量 formula_weight	478.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	43

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1122

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1lsha1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.4 — Lipovitellin-phosvitin complex, superhelical domain
家族 Family family	a.118.4.1 — Lipovitellin-phosvitin complex, superhelical domain

结构域编号 domain_id	d1lsha2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.7 — Lipovitellin-phosvitin complex; beta-sheet shell regions
超家族 Superfamily superfamily	f.7.1 — Lipovitellin-phosvitin complex; beta-sheet shell regions
家族 Family family	f.7.1.1 — Lipovitellin-phosvitin complex; beta-sheet shell regions

结构域编号 domain_id	d1lsha3
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.7 — Lipovitellin-phosvitin complex; beta-sheet shell regions
超家族 Superfamily superfamily	f.7.1 — Lipovitellin-phosvitin complex; beta-sheet shell regions
家族 Family family	f.7.1.1 — Lipovitellin-phosvitin complex; beta-sheet shell regions

结构域编号 domain_id	d1lshb_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.7 — Lipovitellin-phosvitin complex; beta-sheet shell regions
超家族 Superfamily superfamily	f.7.1 — Lipovitellin-phosvitin complex; beta-sheet shell regions
家族 Family family	f.7.1.1 — Lipovitellin-phosvitin complex; beta-sheet shell regions

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	1lshA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	230 — Lipovitellin-phosvitin complex; beta-sheet shell regions
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Lipovitellin; beta-sheet shell regions, chain A

结构域编号 domain_id	1lshA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Vitellinogen, superhelical

结构域编号 domain_id	1lshA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	50 — Outer Surface Protein A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Lipovitellin. Chain A, domain 3

结构域编号 domain_id	1lshA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	80 — Lipovitellin-phosvitin complex, chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Lipovitellin-phosvitin complex, chain A, domain 4

结构域编号 domain_id	1lshB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	90 — Lipovitellin-phosvitin complex; beta-sheet shell regions
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Vitellinogen, beta-sheet shell domain

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晶胞边长 a length_a	190.170 Å
晶胞边长 b length_b	84.520 Å
晶胞边长 c length_c	89.530 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.39 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	21.600 Å
R 因子 r_factor	0.1930
R_work r_work	0.1930
R_free r_free	0.2550

LIPID-PROTEIN INTERACTIONS IN LIPOVITELLIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LIPOVITELLIN (LV-1N, LV-1C)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1lsh__assembly_1__model_1

1lsh__assembly_1__model_1 | I(q)

1lsh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (2)

LIPID-PROTEIN INTERACTIONS IN LIPOVITELLIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LIPOVITELLIN (LV-1N, LV-1C)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1lsh__assembly_1__model_1

1lsh__assembly_1__model_1 | I(q)

1lsh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (2)