SAXSdb — 1lth

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-LACTATE DEHYDROGENASE (T- AND R- STATE TETRAMER COMPLEX)

Bifidobacterium longum subsp. longum

UniProt P19869

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose × 4 NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose × 4 NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 OXAMIC ACID × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LDH2_BIFLO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–319； UniProt 1–319 作者链 T； PDB构建体 1–319； UniProt 1–319

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1lth
沉积日期 deposition_date	1995-01-04
结构标题 title	T AND R STATES IN THE CRYSTALS OF BACTERIAL L-LACTATE DEHYDROGENASE REVEAL THE MECHANISM FOR ALLOSTERIC CONTROL
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, CHOH(D)-NAD(A), ALLOSTERIC ENZYME; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1lth__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1lth__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1lth__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.58 Å
Rg（电子密度）	31.64 Å
总 Rg	32.31 Å
原子数	9656
残基数	1252
排除体积	171170 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1lth__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1lth__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	L-LACTATE DEHYDROGENASE (T- AND R- STATE TETRAMER COMPLEX)
分子量 formula_weight	34128.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,R
原子数 atom_count	5135

AETTVKPTKLAVIGAGAVGSTLAFAAAQRGIAREIVLEDIAKERVEAEVLDMQHGSSFYPTVSIDGSDDPEICRDADMVVITAGPRQKPGQSRLELVGATVNILKAIMPNLVKVAPNAIYMLITNPVDIATHVAQKLTGLPENQIFGSGTNLDSARLRFLIAQQTGVNVKNVHAYIAGEHGDSEVPLWESATIGGVPMSDWTPLPGHDPLDADKREEIHQEVKNAAYKIINGKGATNYAIGMSGVDIIEAVLHDTNRILPVSSMLKDFHGISDICMSVPTLLNRQGVNNTINTPVSDKELAALKRSAETLKETAAQFGF

来源 Source

来源生物 organism	Bifidobacterium longum subsp. longum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1679
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose
分子量 formula_weight	340.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	OXAMIC ACID
分子量 formula_weight	89.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	301

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1lthr1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.5 — LDH N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1lthr2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.162 — LDH C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.162.1 — LDH C-terminal domain-like
家族 Family family	d.162.1.1 — Lactate & malate dehydrogenases, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1ltht1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.5 — LDH N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1ltht2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.162 — LDH C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.162.1 — LDH C-terminal domain-like
家族 Family family	d.162.1.1 — Lactate & malate dehydrogenases, C-terminal domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1lthR01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	1lthR02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	110 — L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal

结构域编号 domain_id	1lthT01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	1lthT02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	110 — L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal

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7. 引用文献 (7)

T and R states in the crystals of bacterial L-lactate dehydrogenase reveal the mechanism for allosteric control.

Nat.Struct.Biol. (1994)

PMID: 7656036 · DOI: 10.1038/nsb0394-176 PRIMARY

A Regular 1:1 Complex of Two Allosteric States in the Single Crystal of L-Lactate Dehydrogenase from Bifidobacterium Longum

J.Mol.Biol. (1994)

Molecular Basis of Allosteric Activation of Bacterial L-Lactate Dehydrogenase

J.Mol.Biol. (1993)

Mechanism of Allosteric Transition of Bacterial L-Lactate Dehydrogenase

FARADAY DISC.CHEM.SOC (1992)

Crystallization of and Preliminary Crystallographic Data for Allosteric L-Lactate Dehydrogenase from Bifidobacterium Longum

J.Biochem.(Tokyo) (1989)

;Sequence and Characteristics of the Bifidobacterium Longum Gene Encoding L-Lactate Dehydrogenase and the Primary Structure of the Enzyme: A New Feature of the Allosteric Site ;

Gene (1989)

Amino Acid Residues in the Allosteric Site of L-Lactate Dehydrogenase from Bifidobacterium Longum

Agric.Biol.Chem. (1989)

晶胞边长 a length_a	148.400 Å
晶胞边长 b length_b	295.900 Å
晶胞边长 c length_c	71.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	F 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	22
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1880
R_work r_work	0.1880
R_free r_free	—

T AND R STATES IN THE CRYSTALS OF BACTERIAL L-LACTATE DEHYDROGENASE REVEAL THE MECHANISM FOR ALLOSTERIC CONTROL

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-LACTATE DEHYDROGENASE (T- AND R- STATE TETRAMER COMPLEX)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1lth__assembly_1__model_1

1lth__assembly_1__model_1 | I(q)

1lth__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (7)

T AND R STATES IN THE CRYSTALS OF BACTERIAL L-LACTATE DEHYDROGENASE REVEAL THE MECHANISM FOR ALLOSTERIC CONTROL

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-LACTATE DEHYDROGENASE (T- AND R- STATE TETRAMER COMPLEX)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1lth__assembly_1__model_1

1lth__assembly_1__model_1 | I(q)

1lth__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (7)