SAXSdb — 1ltr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEAT-LABILE ENTEROTOXIN

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 22–123 链 E； UniProt 22–123 链 F； UniProt 22–123 链 G； UniProt 22–123 链 H； UniProt 22–123	片段：SUBUNIT B-R2 突变：N103K	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；pH 6	分辨率 3.04 Å R-free 0.217
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 22–123 链 E； UniProt 22–123 链 F； UniProt 22–123 链 G； UniProt 22–123 链 H； UniProt 22–123	片段：SUBUNIT B-R2 突变：N103K	SO4 SULFATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；pH 6	分辨率 3.04 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1LTR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B44 CRYSTAL STRUCTURE OF THE B SUBUNIT OF HEAT-LABILE ENTEROTOXIN FROM E. COLI CARRYING A PEPTIDE WITH ANTI-HSV ACTIVITY 提交 1999-01-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）片段：SUBUNIT B 链 E 22–124（103 aa）片段：SUBUNIT B 链 F 22–124（103 aa）片段：SUBUNIT B 链 G 22–124（103 aa）片段：SUBUNIT B 链 H 22–124（103 aa）片段：SUBUNIT B	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6	分辨率 3.30 Å R-free 0.255
2O2L Crystal structure of human heat-labile enterotoxin in complex with a blood group A antigen analog 提交 2006-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.53 Å R-free 0.237
2O2L Crystal structure of human heat-labile enterotoxin in complex with a blood group A antigen analog 提交 2006-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 I 22–124（103 aa）链 J 22–124（103 aa）链 K 22–124（103 aa）链 L 22–124（103 aa）链 M 22–124（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.53 Å R-free 0.237

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELBH_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–102； UniProt 22–123 作者链 E； PDB构建体 1–102； UniProt 22–123 作者链 F； PDB构建体 1–102； UniProt 22–123 作者链 G； PDB构建体 1–102； UniProt 22–123 作者链 H； PDB构建体 1–102； UniProt 22–123

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ltr
沉积日期 deposition_date	1998-07-31
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE B SUBUNIT OF HUMAN HEAT-LABILE ENTEROTOXIN FROM E. COLI CARRYING A PEPTIDE WITH ANTI-HSV ACTIVITY
关键词 keywords	B SUBUNIT, HEAT-LABILE ENTEROTOXIN, ANTI-HSV, ENTEROTOXIN; ENTEROTOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.11 Å
零角强度 I(0) i0	61541700.00
分子量 molecular_weight	60958.0 kDa
排除体积 excluded_volume	76248 Å³
包络体积 envelope_volume	88318 Å³
水化壳体积 shell_volume	30487 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.1 Å
壳层 Rg shell_rg	31.00 Å
包络 Rg envelope_rg	23.05 Å
形状 Rg shape_rg	23.14 Å
总 Rg total_rg	23.84 Å
总原子数 total_atoms	4255
残基数 n_residues	532
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.9 Å
Rg (实空间) rg_real	24.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.1540e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.0900e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	61540000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9140
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.080
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.599
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24940000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.967; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.991

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HEAT-LABILE ENTEROTOXIN
分子量 formula_weight	12747.6 kDa
突变 mutation	N103K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F,G,H
原子数 atom_count	4371

APQSITELCSEYHNTQIYTINDKILSYTESMAGKREMVIITFKSGATFQVEVPGSQHIDSQKKAIERMKDTLRITYLTETKIDKLCVWNNKTPNSIAAISMEKLYAGAVVNDL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Vibrio sp.

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	116

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d1ltrd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1ltre_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1ltrf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1ltrg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1ltrh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	1ltrD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	1ltrE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	1ltrF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	1ltrG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	1ltrH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	127.230 Å
晶胞边长 b length_b	127.230 Å
晶胞边长 c length_c	174.190 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	40

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.040 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1828
R_work r_work	0.1828
R_free r_free	0.2170

fit	/app/data/saxs_computation/lt/1ltr/1ltr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lt/1ltr/1ltr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lt/1ltr/1ltr.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE B SUBUNIT OF HUMAN HEAT-LABILE ENTEROTOXIN FROM E. COLI CARRYING A PEPTIDE WITH ANTI-HSV ACTIVITY

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEAT-LABILE ENTEROTOXIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction