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1lu1

THE STRUCTURE OF THE DOLICHOS BIFLORUS SEED LECTIN IN COMPLEX WITH THE FORSSMAN DISACCHARIDE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 59.9 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LECTIN

Vigna unguiculata subsp. cylindrica

UniProt P05045

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 4 其他聚合物 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 23–275 未记录 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 ADE ADENINE × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；100 MM HEPES PH 7.5 0.2 M MGCL2 30% (W/V) PEG 400 分辨率 2.60 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1LU1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BJQ THE DOLICHOS BIFLORUS SEED LECTIN IN COMPLEX WITH ADENINE 提交 1998-06-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–275（253 aa）
链 B 23–275（253 aa）
链 C 23–275（253 aa）
链 D 23–275（253 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 ADE ADENINE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；100 MM NA-CACODYLATE PH 6.5 10 % (W/V) PEG 8000 20 MM MGAC2 1 MM ADENINE
分辨率 2.65 Å R-free 0.246
1BJQ THE DOLICHOS BIFLORUS SEED LECTIN IN COMPLEX WITH ADENINE 提交 1998-06-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 23–275（253 aa）
链 F 23–275（253 aa）
链 G 23–275（253 aa）
链 H 23–275（253 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 ADE ADENINE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；100 MM NA-CACODYLATE PH 6.5 10 % (W/V) PEG 8000 20 MM MGAC2 1 MM ADENINE
分辨率 2.65 Å R-free 0.246
1LU2 DOLICHOS BIFLORUS SEED LECTIN IN COMPLEX WITH THE BLOOD GROUP A TRISACCHARIDE 提交 1998-07-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–275（253 aa）
链 B 23–275（253 aa）
未记录 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.6；100 MM NACACO PH 6.6 15% (W/V) PEG-ME 5000 10 MM BLOOD GROUP A TRISACCHARIDE
分辨率 2.80 Å R-free 0.219

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LEC1_DOLBI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–253； UniProt 23–275

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1lu1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1lu1
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1lu1
沉积日期 deposition_date1998-07-24
结构标题 titleTHE STRUCTURE OF THE DOLICHOS BIFLORUS SEED LECTIN IN COMPLEX WITH THE FORSSMAN DISACCHARIDE
关键词 keywordsLEGUME LECTINS, FORSSMAN DISACCHARIDE, DOLICHOS BIFLORUS SEED LECTIN, LECTIN; LECTIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.13 Å
零角强度 I(0) i013063500.00
分子量 molecular_weight27210.0 kDa
排除体积 excluded_volume34007 ų
包络体积 envelope_volume37822 ų
水化壳体积 shell_volume18252 ų
包络直径 envelope_diameter60.4 Å
壳层 Rg shell_rg23.62 Å
包络 Rg envelope_rg17.43 Å
形状 Rg shape_rg17.10 Å
总 Rg total_rg18.19 Å
总原子数 total_atoms1921
残基数 n_residues253
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.9 Å
Rg (实空间) rg_real18.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.12 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2820e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13060000.0000
解质量估计 total_estimate0.6750
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.6 Å
偏度 Skewness skewness0.292
峰度 Kurtosis kurtosis-0.069
角度范围 angular_range— – 0.4300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha7.8110
最高正则化参数 α highest_alpha3226000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 0.931; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.471
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1lu1a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.1 — Legume lectins

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1lu1A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)