SAXSdb — 1lx5

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

bone morphogenetic protein 7

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 293–431	未记录	Activin Type II Receptor × 2 （P27038） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-4)][alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；296 K；1M sodium acetate, 0.1M imidazole, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 3.30 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1LX5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BMP BONE MORPHOGENETIC PROTEIN-7 提交 1995-12-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 293–431（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.308
1LXI Refinement of BMP7 crystal structure 提交 2002-06-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 293–431（139 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；20% MPD, 0.1M Sodium Acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.244
1M4U Crystal structure of Bone Morphogenetic Protein-7 (BMP-7) in complex with the secreted antagonist Noggin 提交 2002-07-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 293–431（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.6 M disodium, 1.0 M monopotassium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.42 Å R-free 0.273

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BMP7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–139； UniProt 293–431

Activin Type II Receptor

Mus musculus

UniProt P27038

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 20–121	片段：Extracellular Ligand Binding Domain, C-terminal truncation	bone morphogenetic protein 7 × 2 （P18075） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-4)][alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；296 K；1M sodium acetate, 0.1M imidazole, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 3.30 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1LX5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BTE CRYSTAL STRUCTURE OF THE EXTRACELLULAR DOMAIN OF THE TYPE II ACTIVIN RECEPTOR 提交 1998-09-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–121（97 aa）片段：LIGAND-BINDING DOMAIN	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；100 MM SODIUM ACETATE, PH 4.5, 5% PEG 8000, 0.5M NACL	分辨率 1.50 Å R-free 0.222
1BTE CRYSTAL STRUCTURE OF THE EXTRACELLULAR DOMAIN OF THE TYPE II ACTIVIN RECEPTOR 提交 1998-09-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 25–121（97 aa）片段：LIGAND-BINDING DOMAIN	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；100 MM SODIUM ACETATE, PH 4.5, 5% PEG 8000, 0.5M NACL	分辨率 1.50 Å R-free 0.222
2GOO Ternary Complex of BMP-2 bound to BMPR-Ia-ECD and ActRII-ECD 提交 2006-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 20–121（102 aa）片段：Residues 20-121 链 F 20–121（102 aa）片段：Residues 20-121	未记录	NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；4M sodium formate, 100mM Hepes, 3% dioxane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.259

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AVR2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–102； UniProt 20–121

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1lx5
沉积日期 deposition_date	2002-06-04
结构标题 title	Crystal Structure of the BMP7/ActRII Extracellular Domain Complex
关键词 keywords	LIGAND-RECEPTOR COMPLEX, GROWTH FACTOR-GROWTH FACTOR RECEPTOR COMPLEX; GROWTH FACTOR/GROWTH FACTOR RECEPTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.28 Å
零角强度 I(0) i0	11412400.00
分子量 molecular_weight	24266.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29894 Å³
包络体积 envelope_volume	37331 Å³
水化壳体积 shell_volume	16264 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.1 Å
壳层 Rg shell_rg	25.55 Å
包络 Rg envelope_rg	21.53 Å
形状 Rg shape_rg	21.30 Å
总 Rg total_rg	21.82 Å
总原子数 total_atoms	1695
残基数 n_residues	198
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.5 Å
Rg (实空间) rg_real	21.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1410e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5670e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11410000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8166
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.556
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.176
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1070000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.690; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.690; Smooth: 0.851

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	bone morphogenetic protein 7
分子量 formula_weight	15699.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1695

STGSKQRSQNRSKTPKNQEALRMANVAENSSSDQRQACKKHELYVSFRDLGWQDWIIAPEGYAAYYCEGECAFPLNSYMNATNHAIVQTLVHFINPETVPKPCCAPTQLNAISVLYFDDSSNVILKKYRNMVVRACGCH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Activin Type II Receptor
分子量 formula_weight	12019.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

AILGRSETQECLFFNANWERDRTNQTGVEPCYGDKDKRRHCFATWKNISGSIEIVKQGCWLDDINCYDRTDCIEKKDSPEVYFCCCEGNMCNEKFSYFPEME

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Pichia pastoris

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-4)][alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1lx5a_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.2 — Transforming growth factor (TGF)-beta

结构域编号 domain_id	d1lx5b_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family family	g.7.1.3 — Extracellular domain of cell surface receptors

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1lx5A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

结构域编号 domain_id	1lx5B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CD59

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	140.920 Å
晶胞边长 b length_b	140.920 Å
晶胞边长 c length_c	90.810 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 62 2 2
空间群编号 int_tables_number	180
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	27.120 Å
R 因子 r_factor	0.2400
R_work r_work	0.2380
R_free r_free	0.2790

fit	/app/data/saxs_computation/lx/1lx5/1lx5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lx/1lx5/1lx5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lx/1lx5/1lx5.dat

Crystal Structure of the BMP7/ActRII Extracellular Domain Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

bone morphogenetic protein 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Activin Type II Receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)