1m1p

P21 crystal structure of the tetraheme cytochrome c3 from Shewanella oneidensis MR1

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Small tetraheme cytochrome c

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 1 HEME C × 4 water × 1	与蛋白数一致
10	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	SULFATE ION × 1 HEME C × 12 water × 3	与蛋白数一致
11	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 1 HEME C × 8 water × 2	与蛋白数一致
12	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	HEME C × 8 water × 2	与蛋白数一致
13	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 1 HEME C × 8 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 1 HEME C × 4 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 1 HEME C × 4 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	HEME C × 4 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	HEME C × 4 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 1 HEME C × 4 water × 1	与蛋白数一致
7	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 5	SULFATE ION × 3 HEME C × 20 water × 5	与蛋白数一致
8	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 5	SULFATE ION × 3 HEME C × 20 water × 5	与蛋白数一致
9	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	SULFATE ION × 2 HEME C × 16 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8EDL6_SHEON
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–91； UniProt 26–116 作者链 B； PDB构建体 1–91； UniProt 26–116 作者链 C； PDB构建体 1–91； UniProt 26–116 作者链 D； PDB构建体 1–91； UniProt 26–116 作者链 E； PDB构建体 1–91； UniProt 26–116 作者链 F； PDB构建体 1–91； UniProt 26–116

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1m1p
沉积日期 deposition_date	2002-06-20
结构标题 title	P21 crystal structure of the tetraheme cytochrome c3 from Shewanella oneidensis MR1
关键词 keywords	tetraheme cytochrome c, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1m1p__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1m1p__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1m1p__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	14.54 Å
Rg（电子密度）	13.44 Å
总 Rg	14.49 Å
原子数	809
残基数	89
排除体积	14046 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1m1p__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1m1p__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1m1p__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1m1p__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1m1p__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1m1p__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`1m1p__assembly_7__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`1m1p__assembly_8__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`1m1p__assembly_9__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`1m1p__assembly_10__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
11	1	`1m1p__assembly_11__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
12	1	`1m1p__assembly_12__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
13	1	`1m1p__assembly_13__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Small tetraheme cytochrome c
分子量 formula_weight	9673.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	5963

ADQKLSDFHAESGGCESCHKDGTPSADGAFEFAQCQSCHGKLSEMDAVHKPHDGNLVCADCHAVHDMNVGQKPTCESCHDDGRTSASVLKK

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1161

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1m1pa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.138 — Multiheme cytochromes
超家族 Superfamily superfamily	a.138.1 — Multiheme cytochromes
家族 Family family	a.138.1.3 — Di-heme elbow motif

结构域编号 domain_id	d1m1pb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.138 — Multiheme cytochromes
超家族 Superfamily superfamily	a.138.1 — Multiheme cytochromes
家族 Family family	a.138.1.3 — Di-heme elbow motif

结构域编号 domain_id	d1m1pc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.138 — Multiheme cytochromes
超家族 Superfamily superfamily	a.138.1 — Multiheme cytochromes
家族 Family family	a.138.1.3 — Di-heme elbow motif

结构域编号 domain_id	d1m1pd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.138 — Multiheme cytochromes
超家族 Superfamily superfamily	a.138.1 — Multiheme cytochromes
家族 Family family	a.138.1.3 — Di-heme elbow motif

结构域编号 domain_id	d1m1pe_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.138 — Multiheme cytochromes
超家族 Superfamily superfamily	a.138.1 — Multiheme cytochromes
家族 Family family	a.138.1.3 — Di-heme elbow motif

结构域编号 domain_id	d1m1pf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.138 — Multiheme cytochromes
超家族 Superfamily superfamily	a.138.1 — Multiheme cytochromes
家族 Family family	a.138.1.3 — Di-heme elbow motif

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1m1pA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1130 — Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Flavocytochrome C3; Chain A

结构域编号 domain_id	1m1pB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1130 — Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Flavocytochrome C3; Chain A

结构域编号 domain_id	1m1pC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1130 — Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Flavocytochrome C3; Chain A

结构域编号 domain_id	1m1pD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1130 — Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Flavocytochrome C3; Chain A

结构域编号 domain_id	1m1pE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1130 — Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Flavocytochrome C3; Chain A

结构域编号 domain_id	1m1pF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1130 — Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Flavocytochrome C3; Chain A

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晶胞边长 a length_a	93.690 Å
晶胞边长 b length_b	34.005 Å
晶胞边长 c length_c	108.313 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.49 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	14.920 Å
R 因子 r_factor	0.1745
R_work r_work	0.1726
R_free r_free	0.2115

P21 crystal structure of the tetraheme cytochrome c3 from Shewanella oneidensis MR1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Small tetraheme cytochrome c

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1m1p__assembly_2__model_1

1m1p__assembly_2__model_1 | I(q)

1m1p__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

P21 crystal structure of the tetraheme cytochrome c3 from Shewanella oneidensis MR1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Small tetraheme cytochrome c

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1m1p__assembly_2__model_1

1m1p__assembly_2__model_1 | I(q)

1m1p__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)