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1m2k

Sir2 homologue F159A mutant-ADP ribose complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 69.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Silent Information Regulator 2

Archaeoglobus fulgidus

UniProt O28597

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–245 突变：F159A ZN ZINC ION × 1 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 6；291 K；PEG 4000, Sodium Citrate, Isopropanol, pH 6.0, EVAPORATION, temperature 291K 分辨率 1.47 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1M2K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1ICI CRYSTAL STRUCTURE OF A SIR2 HOMOLOG-NAD COMPLEX 提交 2001-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–245（245 aa）
链 B 1–245（245 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；PEG 10000, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.10 Å R-free 0.249
1ICI CRYSTAL STRUCTURE OF A SIR2 HOMOLOG-NAD COMPLEX 提交 2001-04-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–245（245 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；PEG 10000, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.10 Å R-free 0.249
1ICI CRYSTAL STRUCTURE OF A SIR2 HOMOLOG-NAD COMPLEX 提交 2001-04-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–245（245 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；PEG 10000, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.10 Å R-free 0.249
1M2G Sir2 homologue-ADP ribose complex 提交 2002-06-24 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–245（245 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；291 K；Sodium Citrate, PEG 4000, pH 6.0, EVAPORATION, temperature 291K
分辨率 1.70 Å R-free 0.220
1M2H Sir2 homologue S24A mutant-ADP ribose complex 提交 2002-06-24 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–245（245 aa）
突变：S24A ZN ZINC ION × 1 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.80 Å R-free 0.215
1M2J Sir2 homologue H80N mutant-ADP ribose complex 提交 2002-06-24 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–245（245 aa）
突变：H80N ZN ZINC ION × 1 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；291 K；PEG 4000, Sodium Citrate, Isopropanol, pH 6.0, EVAPORATION, temperature 291K
分辨率 1.70 Å R-free 0.218
1M2N Sir2 homologues (D102G/F159A/R170A) mutant-2'-O-acetyl ADP ribose complex 提交 2002-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–245（245 aa）
链 B 1–245（245 aa）
突变：D102G, F159A, R170A 突变：D102G, F159A, R170A ZN ZINC ION × 2 OAD 2'-O-ACETYL ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；291 K；PEG 8000, HEPES, pH 7.0, EVAPORATION, temperature 291K
分辨率 2.60 Å R-free 0.308
4TWI The structure of Sir2Af1 bound to a succinylated histone peptide 提交 2014-06-30 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–245（245 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 200 mM MgCl2, and 20% (w/v) PEG 8,000
分辨率 1.79 Å R-free 0.221

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NPD1_ARCFU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1m2k

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1m2k
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1m2k
沉积日期 deposition_date2002-06-24
结构标题 titleSir2 homologue F159A mutant-ADP ribose complex
关键词 keywordsPROTEIN-LIGAND COMPLEX, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.93 Å
零角强度 I(0) i014395700.00
分子量 molecular_weight28164.0 kDa
排除体积 excluded_volume35172 ų
包络体积 envelope_volume40773 ų
水化壳体积 shell_volume18456 ų
包络直径 envelope_diameter68.9 Å
壳层 Rg shell_rg24.92 Å
包络 Rg envelope_rg19.27 Å
形状 Rg shape_rg18.87 Å
总 Rg total_rg19.95 Å
总原子数 total_atoms1972
残基数 n_residues249
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax69.1 Å
Rg (实空间) rg_real19.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8455
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.3 Å
偏度 Skewness skewness0.422
峰度 Kurtosis kurtosis-0.063
角度范围 angular_range— – 0.4050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2818000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.679; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.995
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1m2ka1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family familyc.31.1.5 — Sir2 family of transcriptional regulators
结构域编号 domain_idd1m2ka2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1m2kA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1220 — TPP-binding domain
结构域编号 domain_id1m2kA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1600 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)