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1m31

Three-Dimensional Solution Structure of Apo-Mts1

Method: SOLUTION NMR Dmax: 56.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Placental calcium-binding protein

Homo sapiens

UniProt P26447

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–101 链 B； UniProt 1–101 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；310 K；离子强度（mmCIF原始值）25mM；压力 ambient NMR测量条件：pH 6.5；310 K；离子强度（mmCIF原始值）25mM；压力 ambient NMR样品组成：3mM Mts1, U-15N, 16mM D11-Tris, 2mM EGTA, 0.3mM NAN3, 8mM NaCl, 6mM DTT | 93% H2O/7% D2O NMR样品组成：3mM Mts1, U-13C,15N, 16mM D11-Tris, 2mM EGTA, 0.3mM NAN3, 8mM NaCl, 6mM DTT | 93% H2O/7% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1M31 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2LNK Solution structure of Ca-bound S100A4 in complex with non-muscle myosin IIA 提交 2011-12-30 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–101（101 aa）
链 B 1–101（101 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.1；313 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient
NMR样品组成 0.5 mM protein_1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_2, 5 mM CALCIUM ION, 20 mM MES, 20 mM sodium chloride, 4 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
2MRD Solution structure of human Ca2+-loaded S100A4 cys-free mutant 提交 2014-07-03 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–101（101 aa）
链 B 1–101（101 aa）
突变：C3S,C76S,C81S,C86S 突变：C3S,C76S,C81S,C86S 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] S100A4-1, 16 mM TRIS-2, 8 mM sodium chloride-3, 6 mM calcium chloride-4, 0.1 mM EDTA-5, 0.34 mM sodium azide-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2Q91 Structure of the Ca2+-Bound Activated Form of the S100A4 Metastasis Factor 提交 2007-06-12 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–101（101 aa）
链 B 1–101（101 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；0.05M ammonium sulfate, 0.05M Bis-Tris, 27.5% pentaethythritol-pthoxylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 1.63 Å R-free 0.217
3C1V The 1.5 A Crystal structure of Ca2+-bound S100A4 提交 2008-01-24 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–101（101 aa）
链 B 1–101（101 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；40% PEG600, 0.1M CHES, pH9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.50 Å R-free 0.218
3C1V The 1.5 A Crystal structure of Ca2+-bound S100A4 提交 2008-01-24 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–101（101 aa）
链 D 1–101（101 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；40% PEG600, 0.1M CHES, pH9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.50 Å R-free 0.218
3CGA Crystal structure of metastasis-associated protein S100A4 in the active, calcium-bound form 提交 2008-03-05 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–101（101 aa）
链 B 1–101（101 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；298 K；20% (w/v) PEG 3350 and 100 mM Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.50
分辨率 2.03 Å R-free 0.331
3KO0 Structure of the tfp-ca2+-bound activated form of the s100a4 Metastasis factor 提交 2009-11-12 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–101（101 aa）
链 B 1–101（101 aa）
未记录 TFP 10-[3-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-PROPYL]-2-TRIFLUOROMETHYL-10H-PHENOTHIAZINE × 4 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 30% v/v Jeffamine ED-2001, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.259
3KO0 Structure of the tfp-ca2+-bound activated form of the s100a4 Metastasis factor 提交 2009-11-12 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 10 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 S 1–101（101 aa）
链 T 1–101（101 aa）
未记录 TFP 10-[3-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-PROPYL]-2-TRIFLUOROMETHYL-10H-PHENOTHIAZINE × 4 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 30% v/v Jeffamine ED-2001, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.259
3KO0 Structure of the tfp-ca2+-bound activated form of the s100a4 Metastasis factor 提交 2009-11-12 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–101（101 aa）
链 D 1–101（101 aa）
未记录 TFP 10-[3-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-PROPYL]-2-TRIFLUOROMETHYL-10H-PHENOTHIAZINE × 4 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 30% v/v Jeffamine ED-2001, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.259
3KO0 Structure of the tfp-ca2+-bound activated form of the s100a4 Metastasis factor 提交 2009-11-12 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–101（101 aa）
链 F 1–101（101 aa）
未记录 TFP 10-[3-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-PROPYL]-2-TRIFLUOROMETHYL-10H-PHENOTHIAZINE × 4 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 30% v/v Jeffamine ED-2001, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.259
3KO0 Structure of the tfp-ca2+-bound activated form of the s100a4 Metastasis factor 提交 2009-11-12 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–101（101 aa）
链 H 1–101（101 aa）
未记录 TFP 10-[3-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-PROPYL]-2-TRIFLUOROMETHYL-10H-PHENOTHIAZINE × 4 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 30% v/v Jeffamine ED-2001, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.259
3KO0 Structure of the tfp-ca2+-bound activated form of the s100a4 Metastasis factor 提交 2009-11-12 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 I 1–101（101 aa）
链 J 1–101（101 aa）
未记录 TFP 10-[3-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-PROPYL]-2-TRIFLUOROMETHYL-10H-PHENOTHIAZINE × 4 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 30% v/v Jeffamine ED-2001, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.259
3KO0 Structure of the tfp-ca2+-bound activated form of the s100a4 Metastasis factor 提交 2009-11-12 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 K 1–101（101 aa）
链 L 1–101（101 aa）
未记录 TFP 10-[3-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-PROPYL]-2-TRIFLUOROMETHYL-10H-PHENOTHIAZINE × 4 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 30% v/v Jeffamine ED-2001, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.259
3KO0 Structure of the tfp-ca2+-bound activated form of the s100a4 Metastasis factor 提交 2009-11-12 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 M 1–101（101 aa）
链 N 1–101（101 aa）
未记录 TFP 10-[3-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-PROPYL]-2-TRIFLUOROMETHYL-10H-PHENOTHIAZINE × 4 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 30% v/v Jeffamine ED-2001, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.259
3KO0 Structure of the tfp-ca2+-bound activated form of the s100a4 Metastasis factor 提交 2009-11-12 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 O 1–101（101 aa）
链 P 1–101（101 aa）
未记录 TFP 10-[3-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-PROPYL]-2-TRIFLUOROMETHYL-10H-PHENOTHIAZINE × 4 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 30% v/v Jeffamine ED-2001, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.259
3KO0 Structure of the tfp-ca2+-bound activated form of the s100a4 Metastasis factor 提交 2009-11-12 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 9 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 Q 1–101（101 aa）
链 R 1–101（101 aa）
未记录 TFP 10-[3-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-PROPYL]-2-TRIFLUOROMETHYL-10H-PHENOTHIAZINE × 4 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.1M HEPES, 30% v/v Jeffamine ED-2001, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.259
3M0W Structure of S100A4 with PCP 提交 2010-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 2–101（100 aa）
链 B 2–101（100 aa）
链 C 2–101（100 aa）
链 D 2–101（100 aa）
链 E 2–101（100 aa）
链 F 2–101（100 aa）
链 G 2–101（100 aa）
链 H 2–101（100 aa）
链 I 2–101（100 aa）
链 J 2–101（100 aa）
未记录 P77 2-chloro-10-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propyl]-10H-phenothiazine × 12 CA CALCIUM ION × 20 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 7.5, 20% PEG MME 5K, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.302
3M0W Structure of S100A4 with PCP 提交 2010-03-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–101（100 aa）
链 B 2–101（100 aa）
未记录 P77 2-chloro-10-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propyl]-10H-phenothiazine × 3 CA CALCIUM ION × 4 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 7.5, 20% PEG MME 5K, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.302
3M0W Structure of S100A4 with PCP 提交 2010-03-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 2–101（100 aa）
链 D 2–101（100 aa）
未记录 P77 2-chloro-10-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propyl]-10H-phenothiazine × 2 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 7.5, 20% PEG MME 5K, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.302
3M0W Structure of S100A4 with PCP 提交 2010-03-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 2–101（100 aa）
链 F 2–101（100 aa）
未记录 P77 2-chloro-10-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propyl]-10H-phenothiazine × 2 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 7.5, 20% PEG MME 5K, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.302
3M0W Structure of S100A4 with PCP 提交 2010-03-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 2–101（100 aa）
链 H 2–101（100 aa）
未记录 P77 2-chloro-10-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propyl]-10H-phenothiazine × 2 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 7.5, 20% PEG MME 5K, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.302
3M0W Structure of S100A4 with PCP 提交 2010-03-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 I 2–101（100 aa）
链 J 2–101（100 aa）
未记录 P77 2-chloro-10-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propyl]-10H-phenothiazine × 3 CA CALCIUM ION × 4 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 7.5, 20% PEG MME 5K, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.302
3ZWH Ca2+-bound S100A4 C3S, C81S, C86S and F45W mutant complexed with myosin IIA 提交 2011-07-31 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–101（101 aa）
链 B 1–101（101 aa）
突变：YES 突变：YES CA CALCIUM ION × 4 ACT ACETATE ION × 2 AZI AZIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；30% PEG 4000, 0.2 M NA-ACETATE PH 5.6, 0.1 M NA-CITRATE.
分辨率 1.94 Å R-free 0.206
4CFQ Ca-bound truncated (delta13C) and C3S, C81S and C86S mutated S100A4 complexed with non-muscle myosin IIA 提交 2013-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–88（88 aa） 片段：RESIDUES 1-88
链 D 1–88（88 aa） 片段：RESIDUES 1-88
突变：YES 突变：YES CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；0.1 M MIB, PH 4, 25% W/V PEG 1500
分辨率 1.37 Å R-free 0.193
4CFQ Ca-bound truncated (delta13C) and C3S, C81S and C86S mutated S100A4 complexed with non-muscle myosin IIA 提交 2013-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–88（88 aa） 片段：RESIDUES 1-88
链 B 1–88（88 aa） 片段：RESIDUES 1-88
突变：YES 突变：YES CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；0.1 M MIB, PH 4, 25% W/V PEG 1500
分辨率 1.37 Å R-free 0.193
4CFR Ca-bound S100A4 C3S, C81S, C86S and F45W mutant complexed with non- muscle myosin IIA 提交 2013-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–101（101 aa） 片段：RESDIUES 1-101
链 B 1–101（101 aa） 片段：RESDIUES 1-101
突变：YES 突变：YES CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM ACETATE PH4.6, 30% W/V PEG 4000
分辨率 1.40 Å R-free 0.175
4ETO Structure of S100A4 in complex with non-muscle myosin-IIA peptide 提交 2012-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–93（93 aa） 片段：UNP residues 1-93
链 B 1–93（93 aa） 片段：UNP residues 1-93
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 30% (v/v) Jeffamine ED-2001, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K
分辨率 1.54 Å R-free 0.251
4HSZ Structure of truncated (delta8C) S100A4 提交 2012-10-31 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–93（93 aa） 片段：UNP residues 1-93
链 B 1–93（93 aa） 片段：UNP residues 1-93
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.0, Magnesium chloride, 15% PEG 4000, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K
分辨率 2.25 Å R-free 0.277
4HSZ Structure of truncated (delta8C) S100A4 提交 2012-10-31 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–93（93 aa） 片段：UNP residues 1-93
链 D 1–93（93 aa） 片段：UNP residues 1-93
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.0, Magnesium chloride, 15% PEG 4000, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K
分辨率 2.25 Å R-free 0.277
5LPU Crystal structure of Annexin A2 complexed with S100A4 提交 2016-08-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–101（101 aa）
链 D 1–101（101 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 14 GOL GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.1M Bis Tris pH 6.5, 0.2M ammonium acetate 4% PEG4000 and 1,5% glycerol
分辨率 2.10 Å R-free 0.207
6T58 Structure determination of the transactivation domain of p53 in complex with S100A4 using annexin A2 as a crystallization chaperone 提交 2019-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–93（93 aa）
链 A 2–93（92 aa）
突变：A280E,A280E,A280E,A280E 突变：A280E,A280E,A280E,A280E GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.12 M Alcohols 0.1 M Sodium HEPES; MOPS (acid) pH7.5 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000 Morpheus D6
分辨率 3.10 Å R-free 0.272
6T58 Structure determination of the transactivation domain of p53 in complex with S100A4 using annexin A2 as a crystallization chaperone 提交 2019-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–93（93 aa）
链 B 2–93（92 aa）
突变：A280E,A280E,A280E,A280E 突变：A280E,A280E,A280E,A280E GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.12 M Alcohols 0.1 M Sodium HEPES; MOPS (acid) pH7.5 20% v/v Ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000 Morpheus D6
分辨率 3.10 Å R-free 0.272
7PSP Crystal structure of S100A4 labeled with NU000846b. 提交 2021-09-23 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–100（100 aa）
链 B 1–100（100 aa）
未记录 85Q (2R,4R)-1-(2-chloranylethanoyl)-N-(3-chlorophenyl)-4-phenyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 2 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Labelled protein in 3M sodium chloride, 0.1M citrate, pH 3.5
分辨率 2.61 Å R-free 0.286
7PSQ Crystal structure of S100A4 labeled with NU074381b. 提交 2021-09-23 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–100（100 aa）
链 E 1–100（100 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 82Q (2~{R},4~{R})-1-ethanoyl-~{N}-naphthalen-1-yl-4-phenyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；MES 25mM, 12.5% ethylene glycol
分辨率 1.91 Å R-free 0.236
7PSQ Crystal structure of S100A4 labeled with NU074381b. 提交 2021-09-23 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–100（100 aa）
链 G 1–100（100 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 82Q (2~{R},4~{R})-1-ethanoyl-~{N}-naphthalen-1-yl-4-phenyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；MES 25mM, 12.5% ethylene glycol
分辨率 1.91 Å R-free 0.236

共 16 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 S10A4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–101； UniProt 1–101 作者链 B； PDB构建体 1–101； UniProt 1–101

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1m31

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1m31
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1m31
沉积日期 deposition_date2002-06-26
结构标题 titleThree-Dimensional Solution Structure of Apo-Mts1
关键词 keywordsNON-COVALENT HOMODIMER, X-TYPE FOUR-HELIX BUNDLE, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.34 Å
零角强度 I(0) i03053170000.00
分子量 molecular_weight469100.0 kDa
排除体积 excluded_volume586230 ų
包络体积 envelope_volume68183 ų
水化壳体积 shell_volume26689 ų
包络直径 envelope_diameter62.3 Å
壳层 Rg shell_rg28.11 Å
包络 Rg envelope_rg20.48 Å
形状 Rg shape_rg17.33 Å
总 Rg total_rg17.53 Å
总原子数 total_atoms65280
残基数 n_residues4040
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax56.5 Å
Rg (实空间) rg_real17.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real3.0530e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9770e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3053000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8006
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary22.9 Å
偏度 Skewness skewness0.058
峰度 Kurtosis kurtosis-0.481
角度范围 angular_range— – 0.4450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1542000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.808; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1m31a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.2 — S100 proteins
结构域编号 domain_idd1m31b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.2 — S100 proteins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1m31A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1m31B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)