1m5x

Crystal structure of the homing endonuclease I-MsoI bound to its DNA substrate

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA endonuclease I-MsoI

Monomastix sp.

UniProt Q8WKW7

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 2 DNA 2 5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*G)-3' × 1 5'-D(*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*CP*TP*GP*C)-3' × 1 CALCIUM ION × 3 water × 4 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8WKW7_MONSK
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–170; UniProt 1–170 作者链 B; PDB构建体 1–170; UniProt 1–170

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1m5x
沉积日期 deposition_date2002-07-10
结构标题 titleCrystal structure of the homing endonuclease I-MsoI bound to its DNA substrate
关键词 keywordsLAGLIDADG, HYDROLASE-DNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1m5x__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1m5x__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1m5x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)24.95 Å
Rg(电子密度)24.78 Å
总 Rg25.39 Å
原子数3593
残基数370
排除体积61550 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1m5x__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1m5xa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.95 — Homing endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamilyd.95.2 — Homing endonucleases
家族 Family familyd.95.2.1 — Group I mobile intron endonuclease
结构域编号 domain_idd1m5xb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.95 — Homing endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamilyd.95.2 — Homing endonucleases
家族 Family familyd.95.2.1 — Group I mobile intron endonuclease

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1m5xA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Homing endonucleases
结构域编号 domain_id1m5xB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Homing endonucleases
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7. 引用文献 (1)