SAXS 散射曲线 SAXS Profile
P(r) 距离分布 P(r) Distribution
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条目编号 entry_id 1m6g 沉积日期 deposition_date 2002-07-16 结构标题 title Structural Characterisation of the Holliday Junction TCGGTACCGA 关键词 keywords Holliday Junction, Strontium derivative, Four-way junction, DNA; DNA 实验方法 method X-RAY DIFFRACTION
回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier 13.32 Å 回转半径 Rg (电子) rg_electron 12.82 Å 零角强度 I(0) i0 2234260.00 分子量 molecular_weight 6510.0 kDa 排除体积 excluded_volume 6218 ų 包络体积 envelope_volume 8766 ų 水化壳体积 shell_volume 6688 ų 包络直径 envelope_diameter 41.9 Å 壳层 Rg shell_rg 16.60 Å 包络 Rg envelope_rg 12.94 Å 形状 Rg shape_rg 12.73 Å 总 Rg total_rg 13.57 Å 总原子数 total_atoms 409 残基数 n_residues 20 球谐函数阶数 n_harmonics 20 q 范围 q_range — – 0.5000 Å−1 数据点数 n_points 101 壳层类型 shell_type directional 溶剂电子密度 solvent_density 0.3340 e/ų 壳层衬度 contrast_shell 0.0300 e/ų CRYSOL 版本 crysol_version 4.1.3
最大尺寸 Dmax dmax 44.1 Å Rg (实空间) rg_real 13.33 Å Rg 误差 (实空间) rg_real_error 0.45 Å I(0) (实空间) i0_real 2.2340e+06 I(0) 误差 (实空间) i0_real_error 3.0420e+04 Rg (倒空间) rg_reciprocal 13.33 Å I(0) (倒空间) i0_reciprocal 2234000.0000 解质量估计 total_estimate 0.9004 解质量评级 solution_quality
EXCELLENT
a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks 2 主峰位置 r_peak_primary 15.6 Å 偏度 Skewness skewness 0.264 峰度 Kurtosis kurtosis -0.489 角度范围 angular_range — – 0.5000 Å−1 当前正则化参数 α current_alpha 0.0000 最高正则化参数 α highest_alpha 98010.0000 实空间数据点数 n_real_points 80 GNOM 版本 gnom_version 4.1.3 质量判据 quality_criteria
AN1: 0.000;
Oscil: 0.933;
Stabil: 1.000;
Sysdev: 1.000;
Positv: 1.000;
Valcen: 0.924;
Smooth: 0.980
晶胞参数 Unit Cell
晶胞边长 a length_a 64.302 Å 晶胞边长 b length_b 25.034 Å 晶胞边长 c length_c 36.778 Å 晶胞夹角 α angle_alpha 90.00 ° 晶胞夹角 β angle_beta 110.04 ° 晶胞夹角 γ angle_gamma 90.00 ° 晶胞分子数 Z z_pdb 8
对称性 Symmetry
空间群 space_group C 1 2 1 空间群编号 int_tables_number 5 晶系 crystal_system —
精修参数 Refinement
分辨率 resolution 1.652 Å 最低分辨率 resolution_low 34.503 Å R 因子 r_factor 0.2148 R_work r_work 0.2149 R_free r_free 0.2957
衍射实验 Diffraction
Entity 1
polymer
描述 description 5'-D(*TP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*A)-3' 分子量 formula_weight 3045.0 kDa 来源方法 src_method syn 拷贝数 entity_count 2
聚合体 Polymer
聚合体类型 type polydeoxyribonucleotide 链编号 strand_id A,B 原子数 atom_count 516
TCGGTACCGA
Entity 2
non-polymer
描述 description STRONTIUM ION 分子量 formula_weight 87.6 kDa 来源方法 src_method syn 拷贝数 entity_count 5
Entity 3
water
描述 description water 分子量 formula_weight 18.0 kDa 来源方法 src_method nat 拷贝数 entity_count 107
;Conformational and hydration effects of site-selective sodium, calcium and
strontium ion binding to the DNA Holliday junction structure
d(TCGGTACCGA)(4)
;
J.Mol.Biol. (2003)
Files (7)
pr_distribution /app/data/pr_computation/m6/1m6g/pr_distribution.jsonpr_output /app/data/pr_computation/m6/1m6g/1m6g.pr.outpr_plot /app/data/visualization/pr_computation/m6/1m6g/1m6g_pr_distribution.pngsaxs_curve_dat /app/data/saxs_computation/m6/1m6g/1m6g.datsaxs_fit /app/data/saxs_computation/m6/1m6g/1m6g.fitsaxs_log /app/data/saxs_computation/m6/1m6g/1m6g.logsaxs_plot /app/data/visualization/saxs_computation/m6/1m6g/1m6g_saxs_profile.png
Curves (3)
fit
/app/data/saxs_computation/m6/1m6g/1m6g.fit
pddf
/app/data/pr_computation/m6/1m6g/1m6g.pr.out
profile
/app/data/saxs_computation/m6/1m6g/1m6g.dat
