SAXSdb — 1m9h

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2,5-diketo-D-gluconic acid reductase A

Corynebacterium sp.

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 1 NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 2 NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DKGA_CORSC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–278； UniProt 0–277

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1m9h
沉积日期 deposition_date	2002-07-29
结构标题 title	Corynebacterium 2,5-DKGR A and Phe 22 replaced with Tyr (F22Y), Lys 232 replaced with Gly (K232G), Arg 238 replaced with His (R238H)and Ala 272 replaced with Gly (A272G)in presence of NADH cofactor
关键词 keywords	TIM-barrel, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1m9h__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1m9h__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1m9h__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.89 Å
Rg（电子密度）	17.61 Å
总 Rg	18.52 Å
原子数	2155
残基数	277
排除体积	37740 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1m9h__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1m9h__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	2,5-diketo-D-gluconic acid reductase A
分子量 formula_weight	30062.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.-
突变 mutation	F22Y, K232G, R238H, A272G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2301

MTVPSIVLNDGNSIPQLGYGVYKVPPADTQRAVEEALEVGYRHIDTAAIYGNEEGVGAAIAASGIARDDLFITTKLWNDRHDGDEPAAAIAESLAKLALDQVDLYLVHWPTPAADNYVHAWEKMIELRAAGLTRSIGVSNHLVPHLERIVAATGVVPAVNQIELHPAYQQREITDWAAAHDVKIESWGPLGQGKYDLFGAEPVTAAAAAHGKTPAQAVLRWHLQKGFVVFPGSVRREHLEENLDVFDFDLTDTEIAAIDAMDPGDGSGRVSGHPDEVD

来源 Source

来源生物 organism	Corynebacterium sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1720
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	146

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1m9ha_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.7 — NAD(P)-linked oxidoreductase
家族 Family family	c.1.7.1 — Aldo-keto reductases (NADP)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1m9hA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — NADP-dependent oxidoreductase domain

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晶胞边长 a length_a	111.950 Å
晶胞边长 b length_b	55.240 Å
晶胞边长 c length_c	51.540 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.66 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2140
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.2610

Corynebacterium 2,5-DKGR A and Phe 22 replaced with Tyr (F22Y), Lys 232 replaced with Gly (K232G), Arg 238 replaced with His (R238H)and Ala 272 replaced with Gly (A272G)in presence of NADH cofactor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2,5-diketo-D-gluconic acid reductase A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1m9h__assembly_1__model_1

1m9h__assembly_1__model_1 | I(q)

1m9h__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Corynebacterium 2,5-DKGR A and Phe 22 replaced with Tyr (F22Y), Lys 232 replaced with Gly (K232G), Arg 238 replaced with His (R238H)and Ala 272 replaced with Gly (A272G)in presence of NADH cofactor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2,5-diketo-D-gluconic acid reductase A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1m9h__assembly_1__model_1

1m9h__assembly_1__model_1 | I(q)

1m9h__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)