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1mdw

Crystal Structure of Calcium-Bound Protease Core of Calpain II Reveals the Basis for Intrinsic Inactivation

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.9 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calpain II, catalytic subunit

Rattus norvegicus

UniProt Q07009

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 19–346 片段：Protease Core Domains I and II (Residues 17-346) 突变：C105S CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；10% PEG6000, 0.1M Sodium Acetate, 30mM calcium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.95 Å R-free 0.243
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 19–346 片段：Protease Core Domains I and II (Residues 17-346) 突变：C105S CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；10% PEG6000, 0.1M Sodium Acetate, 30mM calcium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.95 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1MDW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1DF0 Crystal structure of M-Calpain 提交 1999-11-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–700（700 aa） 片段：LARGE (CATALYTIC) SUBUNIT
突变：C105S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；298 K；PEG 6000, MES, SODIUM CHLORIDE, DITHIOTHREITOL, EDTA, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.60 Å R-free 0.293
1QXP Crystal Structure of a mu-like calpain 提交 2003-09-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–49（49 aa）
链 A 636–700（65 aa）
突变：C105S 突变：C105S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；295 K；PEG 6000,morpholino ethane sulfonic acid, sodium chloride, n-nonyl-beta-D-maltoside , pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.80 Å R-free 0.311
1QXP Crystal Structure of a mu-like calpain 提交 2003-09-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–49（49 aa）
链 B 636–700（65 aa）
突变：C105S 突变：C105S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；295 K；PEG 6000,morpholino ethane sulfonic acid, sodium chloride, n-nonyl-beta-D-maltoside , pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.80 Å R-free 0.311
1U5I Crystal Structure analysis of rat m-calpain mutant Lys10 Thr 提交 2004-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–700（700 aa）
突变：K10T, C105S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；PEG 6000, MES, sodium chloride, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.86 Å R-free 0.283
3BOW Structure of M-calpain in complex with Calpastatin 提交 2007-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–700（700 aa）
突变：C105S CA CALCIUM ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；pH 6.5, microbatch under paraffin oil, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.258
3DF0 Calcium-dependent complex between m-calpain and calpastatin 提交 2008-06-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–700（700 aa）
突变：C105S CA CALCIUM ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；4-9% PEG 3350, 5-10 mM CaCl2, 50-100 mM NaOAc (pH 5.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.95 Å R-free 0.299

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAN2_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–328； UniProt 19–346 作者链 B； PDB构建体 1–328； UniProt 19–346

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1mdw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1mdw
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1mdw
沉积日期 deposition_date2002-08-07
结构标题 titleCrystal Structure of Calcium-Bound Protease Core of Calpain II Reveals the Basis for Intrinsic Inactivation
关键词 keywordsCalpain Cysteine Protease Fold, Two Cooperative Calcium Sites, Helix Instability, Tryptophan-Based Active Site Blockage, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.95 Å
零角强度 I(0) i081856400.00
分子量 molecular_weight71406.0 kDa
排除体积 excluded_volume89353 ų
包络体积 envelope_volume110320 ų
水化壳体积 shell_volume33043 ų
包络直径 envelope_diameter93.0 Å
壳层 Rg shell_rg35.00 Å
包络 Rg envelope_rg27.69 Å
形状 Rg shape_rg27.92 Å
总 Rg total_rg28.75 Å
总原子数 total_atoms5045
残基数 n_residues637
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.9 Å
Rg (实空间) rg_real29.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real8.1860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0750e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal81860000.0000
解质量估计 total_estimate0.9002
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary32.1 Å
偏度 Skewness skewness0.234
峰度 Kurtosis kurtosis-0.527
角度范围 angular_range— – 0.2750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23250000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.917
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1mdwa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamilyd.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family familyd.3.1.3 — Calpain large subunit, catalytic domain (domain II)
结构域编号 domain_idd1mdwb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamilyd.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family familyd.3.1.3 — Calpain large subunit, catalytic domain (domain II)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1mdwA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cysteine proteinases
结构域编号 domain_id1mdwB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cysteine proteinases
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)