1mhp

Crystal structure of a chimeric alpha1 integrin I-domain in complex with the Fab fragment of a humanized neutralizing antibody

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 119.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

integrin alpha 1, (RESIDUES 169-360)

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 169–360	片段：alpha1 I-domain 突变：G217V, R218Q, Q219R, L222R	Fab fragment, heavy chain × 1 FAB FRAGMENT, light chain × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；PEG 1500, Tris, NaCl, beta-mercaptoethanol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.80 Å R-free 0.272
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 169–360	片段：alpha1 I-domain 突变：G217V, R218Q, Q219R, L222R	Fab fragment, heavy chain × 1 FAB FRAGMENT, light chain × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；PEG 1500, Tris, NaCl, beta-mercaptoethanol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.80 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1MHP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CK4 CRYSTAL STRUCTURE OF RAT A1B1 INTEGRIN I-DOMAIN. 提交 1999-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 167–364（198 aa）片段：I-DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.299
1CK4 CRYSTAL STRUCTURE OF RAT A1B1 INTEGRIN I-DOMAIN. 提交 1999-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 167–364（198 aa）片段：I-DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.299
2B2X VLA1 RdeltaH I-domain complexed with a quadruple mutant of the AQC2 Fab 提交 2005-09-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 151–364（214 aa）片段：I domain R delta H	突变：G217V, R218Q, Q219R, L222R	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；Peg 20K, Mes, DTT, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.272
2B2X VLA1 RdeltaH I-domain complexed with a quadruple mutant of the AQC2 Fab 提交 2005-09-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 151–364（214 aa）片段：I domain R delta H	突变：G217V, R218Q, Q219R, L222R	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；Peg 20K, Mes, DTT, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.272

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ITA1_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–192； UniProt 169–360 作者链 B； PDB构建体 1–192； UniProt 169–360

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1mhp
沉积日期 deposition_date	2002-08-20
结构标题 title	Crystal structure of a chimeric alpha1 integrin I-domain in complex with the Fab fragment of a humanized neutralizing antibody
关键词 keywords	integrin, cell adhesion, receptor, antibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.56 Å
零角强度 I(0) i0	198321000.00
分子量 molecular_weight	112830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	140720 Å³
包络体积 envelope_volume	179800 Å³
水化壳体积 shell_volume	42226 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.4 Å
壳层 Rg shell_rg	41.53 Å
包络 Rg envelope_rg	36.20 Å
形状 Rg shape_rg	36.53 Å
总 Rg total_rg	37.01 Å
总原子数 total_atoms	7943
残基数 n_residues	1030
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.7 Å
Rg (实空间) rg_real	36.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9830e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	198300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8898
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	44.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.289
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.596
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29920000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.930; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.934; Smooth: 0.839

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	integrin alpha 1, (RESIDUES 169-360)
分子量 formula_weight	21629.5 kDa
突变 mutation	G217V, R218Q, Q219R, L222R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7943

TQLDIVIVLDGSNSIYPWESVIAFLNDLLKRMDIGPKQTQVGIVQYGENVTHEFNLNKYSSTEEVLVAANKIVQRGGRQTMTALGIDTARKEAFTEARGARRGVKKVMVIVTDGESHDNYRLKQVIQDCEDENIQRFSIAILGHYNRGNLSTEKFVEEIKSIASEPTEKHFFNVSDELALVTIVKALGERIF

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fab fragment, heavy chain
分子量 formula_weight	23141.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,X

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSRYTMSWVRQAPGKGLEWVATISGGGHTYYLDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCTRGFGDGGYFDVWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	FAB FRAGMENT, light chain
分子量 formula_weight	23201.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,Y

IQLTQSPSSLSASVGDRVTITCSASSSVNHMFWYQQKPGKAPKPWIYLTSNLASGVPSRFSGSGSGTDYTLTISSLQPEDFATYYCQQWSGNPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1mhpa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamily	c.62.1 — vWA-like
家族 Family family	c.62.1.1 — Integrin A (or I) domain

结构域编号 domain_id	d1mhpb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.62 — vWA-like
超家族 Superfamily superfamily	c.62.1 — vWA-like
家族 Family family	c.62.1.1 — Integrin A (or I) domain

结构域编号 domain_id	d1mhph1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1mhph2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1mhpl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1mhpl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1mhpx_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1mhpy_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1mhpA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	1mhpB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	1mhpH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1mhpH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1mhpL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1mhpL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1mhpX00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1mhpY00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	255.090 Å
晶胞边长 b length_b	255.090 Å
晶胞边长 c length_c	38.640 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	35.000 Å
R 因子 r_factor	0.2220
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.2720

fit	/app/data/saxs_computation/mh/1mhp/1mhp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mh/1mhp/1mhp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mh/1mhp/1mhp.dat

Crystal structure of a chimeric alpha1 integrin I-domain in complex with the Fab fragment of a humanized neutralizing antibody

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

integrin alpha 1, (RESIDUES 169-360)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)