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1mid

Non-specific lipid transfer protein 1 from barley in complex with L-alfa-lysophosphatidylcholine, Laudoyl

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 41.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

nonspecific lipid-transfer protein 1

物种未注明

UniProt P07597

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 27–117 未记录 LAP [2-((1-OXODODECANOXY-(2-HYDROXY-3-PROPANYL))-PHOSPHONATE-OXY)-ETHYL]-TRIMETHYLAMMONIUM × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；1.1M sodium citrate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.71 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1MID Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BE2 LIPID TRANSFER PROTEIN COMPLEXED WITH PALMITATE, NMR, 10 STRUCTURES 提交 1998-05-19 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–117（91 aa）
未记录 PLM PALMITIC ACID × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.2；310 K
分辨率未提供
1JTB LIPID TRANSFER PROTEIN COMPLEXED WITH PALMITOYL COENZYME A, NMR, 16 STRUCTURES 提交 1996-12-03 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–117（91 aa）
未记录 COA COENZYME A × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.2；310 K
分辨率未提供
1LIP BARLEY LIPID TRANSFER PROTEIN (NMR, 4 STRUCTURES) 提交 1995-09-21 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–117（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
3GSH Three-dimensional structure of a post translational modified barley LTP1 提交 2009-03-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–117（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 NA SODIUM ION × 2 TFA trifluoroacetic acid × 1 ASY (12E)-10-oxooctadec-12-enoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；0.1M CACODYLATE BUFFER PH6.5, 16% PEG 8000, 0.23M ZINC ACETATE , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 1.80 Å R-free 0.262
3GSH Three-dimensional structure of a post translational modified barley LTP1 提交 2009-03-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 27–117（91 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 TFA trifluoroacetic acid × 1 ASY (12E)-10-oxooctadec-12-enoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；0.1M CACODYLATE BUFFER PH6.5, 16% PEG 8000, 0.23M ZINC ACETATE , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 1.80 Å R-free 0.262

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NLTP1_HORVU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–91； UniProt 27–117

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1mid

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1mid
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1mid
沉积日期 deposition_date2002-08-23
结构标题 titleNon-specific lipid transfer protein 1 from barley in complex with L-alfa-lysophosphatidylcholine, Laudoyl
关键词 keywordslipid transfer, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier13.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.94 Å
零角强度 I(0) i02274850.00
分子量 molecular_weight9943.0 kDa
排除体积 excluded_volume12260 ų
包络体积 envelope_volume13206 ų
水化壳体积 shell_volume9602 ų
包络直径 envelope_diameter41.2 Å
壳层 Rg shell_rg17.43 Å
包络 Rg envelope_rg12.19 Å
形状 Rg shape_rg11.99 Å
总 Rg total_rg13.07 Å
总原子数 total_atoms690
残基数 n_residues91
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax41.6 Å
Rg (实空间) rg_real13.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.21 Å
I(0) (实空间) i0_real2.2750e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3000e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal13.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2275000.0000
解质量估计 total_estimate0.8139
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary41.1 Å
偏度 Skewness skewness0.016
峰度 Kurtosis kurtosis-0.351
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha210500.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.865; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1mida_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.52 — Bifunctional inhibitor/lipid-transfer protein/seed storage 2S albumin
超家族 Superfamily superfamilya.52.1 — Bifunctional inhibitor/lipid-transfer protein/seed storage 2S albumin
家族 Family familya.52.1.1 — Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1midA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology110 — Hydrophobic Seed Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)