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1mot

NMR Structure Of Extended Second Transmembrane Domain Of Glycine Receptor alpha1 Subunit in SDS Micelles

Method: SOLUTION NMR Dmax: 29.9 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycine Receptor alpha-1 CHAIN

Homo sapiens

UniProt P23415

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 277–304 片段：Extented second transmembrane domain 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）300 mM SDS concentration；压力 1 NMR样品组成：SDS concentration: 300 mM Peptide concentration: 2 mM | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1MOT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1VRY Second and Third Transmembrane Domains of the Alpha-1 Subunit of Human Glycine Receptor 提交 2005-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 278–337（60 aa） 片段：SECOND AND THIRD TRANSMEMBRANE DOMAINS
突变：YES 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；303 K；压力 1
NMR样品组成 1MM TM23 U-15N, TRIFLUOROETHANOL-D2; 1MM TM23 U-15N,13C, TRIFLUOROETHANOL-D2
分辨率未提供
8DN2 Cryo-EM structure of human Glycine Receptor alpha1-beta heteromer, glycine-bound state 2(expanded open) 提交 2022-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 29–457（429 aa）
链 B 29–457（429 aa）
链 C 29–457（429 aa）
链 D 29–457（429 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 HEX HEXANE × 10 HP6 HEPTANE × 9 UND UNDECANE × 3 OCT N-OCTANE × 7 GLY GLYCINE × 3 DD9 nonane × 2 NBU N-BUTANE × 3 D10 DECANE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8DN3 Cryo-EM structure of human Glycine Receptor alpha1-beta heteromer, apo state 提交 2022-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 29–457（429 aa）
链 B 29–457（429 aa）
链 C 29–457（429 aa）
链 D 29–457（429 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 HEX HEXANE × 15 UND UNDECANE × 12 DD9 nonane × 13 NBU N-BUTANE × 5 HP6 HEPTANE × 8 D10 DECANE × 1 CL CHLORIDE ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
8DN4 Cryo-EM structure of human Glycine Receptor alpha-1 beta heteromer, glycine-bound state3(desensitized state) 提交 2022-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 29–457（429 aa）
链 B 29–457（429 aa）
链 C 29–457（429 aa）
链 D 29–457（429 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 LNK PENTANE × 1 HEX HEXANE × 9 NBU N-BUTANE × 3 OCT N-OCTANE × 1 DD9 nonane × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8DN5 Cryo-EM structure of human Glycine Receptor alpha1-beta heteromer, glycine-bound state1(open state) 提交 2022-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 29–457（429 aa）
链 B 29–457（429 aa）
链 C 29–457（429 aa）
链 D 29–457（429 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 DD9 nonane × 4 HP6 HEPTANE × 6 HEX HEXANE × 13 UND UNDECANE × 6 NBU N-BUTANE × 8 D10 DECANE × 3 OCT N-OCTANE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.63 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GLRA1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–28； UniProt 277–304

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1mot

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1mot
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1mot
沉积日期 deposition_date2002-09-09
结构标题 titleNMR Structure Of Extended Second Transmembrane Domain Of Glycine Receptor alpha1 Subunit in SDS Micelles
关键词 keywordsglycine receptor, second transmembrane domain, micelles, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier11.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.64 Å
零角强度 I(0) i048724500.00
分子量 molecular_weight56086.0 kDa
排除体积 excluded_volume70411 ų
包络体积 envelope_volume21443 ų
水化壳体积 shell_volume12302 ų
包络直径 envelope_diameter49.9 Å
壳层 Rg shell_rg20.34 Å
包络 Rg envelope_rg15.50 Å
形状 Rg shape_rg11.63 Å
总 Rg total_rg12.29 Å
总原子数 total_atoms8160
残基数 n_residues560
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax29.9 Å
Rg (实空间) rg_real10.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.04 Å
I(0) (实空间) i0_real4.6570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4480e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal11.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal48720000.0000
解质量估计 total_estimate0.6658
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary13.6 Å
偏度 Skewness skewness0.144
峰度 Kurtosis kurtosis-0.835
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha4.6390
最高正则化参数 α highest_alpha5680.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.001; Oscil: 0.999; Stabil: 0.975; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.733; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1mota_
类 Class classj — Peptides
折叠类型 Fold foldj.35 — Transmembrane helical fragments
超家族 Superfamily superfamilyj.35.1 — Transmembrane helical fragments
家族 Family familyj.35.1.1 — Transmembrane helical fragments
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)