SAXSdb — 1mpn

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MALTOPORIN

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 × 3 其他聚合物 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 26–446 链 B； UniProt 26–446 链 C； UniProt 26–446	未记录	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.0	分辨率 3.20 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1MPN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AF6 MALTOPORIN SUCROSE COMPLEX 提交 1997-03-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–446（421 aa）链 B 26–446（421 aa）链 C 26–446（421 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.	分辨率 2.40 Å R-free 0.214
1MAL STRUCTURAL BASIS FOR SUGAR TRANSLOCATION THROUGH MALTOPORIN CHANNELS AT 3.1 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1994-11-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–446（421 aa）链 B 26–446（421 aa）链 C 26–446（421 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å R-free 0.240
1MPM MALTOPORIN MALTOSE COMPLEX 提交 1996-01-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–446（421 aa）链 B 26–446（421 aa）链 C 26–446（421 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.	分辨率 2.60 Å R-free 0.243
1MPO MALTOPORIN MALTOHEXAOSE COMPLEX 提交 1996-01-11	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–446（421 aa）链 B 26–446（421 aa）链 C 26–446（421 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.	分辨率 2.80 Å R-free 0.251
1MPQ MALTOPORIN TREHALOSE COMPLEX 提交 1997-03-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–446（421 aa）链 B 26–446（421 aa）链 C 26–446（421 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.	分辨率 3.00 Å R-free 0.241

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LAMB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–421； UniProt 26–446 作者链 B； PDB构建体 1–421； UniProt 26–446 作者链 C； PDB构建体 1–421； UniProt 26–446

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1mpn
沉积日期 deposition_date	1996-01-11
结构标题 title	MALTOPORIN MALTOTRIOSE COMPLEX
关键词 keywords	MEMBRANE PROTEIN, SUGAR TRANSPORT, SPECIFIC PORIN, BETA BARREL; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.28 Å
零角强度 I(0) i0	346959000.00
分子量 molecular_weight	143690.0 kDa
排除体积 excluded_volume	176650 Å³
包络体积 envelope_volume	235240 Å³
水化壳体积 shell_volume	56184 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.2 Å
壳层 Rg shell_rg	42.47 Å
包络 Rg envelope_rg	32.50 Å
形状 Rg shape_rg	33.28 Å
总 Rg total_rg	33.97 Å
总原子数 total_atoms	10155
残基数 n_residues	1263
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.0 Å
Rg (实空间) rg_real	33.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4700e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.6230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	347000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9047
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.4 Å
偏度 Skewness skewness	-0.034
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.674
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26710000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.976; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.860

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MALTOPORIN
分子量 formula_weight	47425.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	10155

VDFHGYARSGIGWTGSGGEQQCFQTTGAQSKYRLGNECETYAELKLGQEVWKEGDKSFYFDTNVAYSVAQQNDWEATDPAFREANVQGKNLIEWLPGSTIWAGKRFYQRHDVHMIDFYYWDISGPGAGLENIDVGFGKLSLAATRSSEAGGSSSFASNNIYDYTNETANDVFDVRLAQMEINPGGTLELGVDYGRANLRDNYRLVDGASKDGWLFTAEHTQSVLKGFNKFVVQYATDSMTSQGKGLSQGSGVAFDNEKFAYNINNNGHMLRILDHGAISMGDNWDMMYVGMYQDINWDNDNGTKWWTVGIRPMYKWTPIMSTVMEIGYDNVESQRTGDKNNQYKITLAQQWQAGDSIWSRPAIRVFATYAKWDEKWGYDYTGNADNNANFGKAVPADFNGGSFGRGDSDEWTFGAQMEIWW

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	504.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1mpna_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamily	f.4.3 — Porins
家族 Family family	f.4.3.2 — Maltoporin-like

结构域编号 domain_id	d1mpnb_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamily	f.4.3 — Porins
家族 Family family	f.4.3.2 — Maltoporin-like

结构域编号 domain_id	d1mpnc_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamily	f.4.3 — Porins
家族 Family family	f.4.3.2 — Maltoporin-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1mpnA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	170 — Maltoporin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin, LamB type

结构域编号 domain_id	1mpnB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	170 — Maltoporin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin, LamB type

结构域编号 domain_id	1mpnC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	170 — Maltoporin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin, LamB type

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	131.900 Å
晶胞边长 b length_b	214.800 Å
晶胞边长 c length_c	220.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2180
R_work r_work	0.2180
R_free r_free	0.2310

fit	/app/data/saxs_computation/mp/1mpn/1mpn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mp/1mpn/1mpn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mp/1mpn/1mpn.dat

MALTOPORIN MALTOTRIOSE COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MALTOPORIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction