1mto

Crystal structure of a Phosphofructokinase mutant from Bacillus stearothermophilus bound with fructose-6-phosphate

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6-phosphofructokinase

Geobacillus stearothermophilus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	K6PF_BACST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–319； UniProt 1–319 作者链 B； PDB构建体 1–319； UniProt 1–319 作者链 C； PDB构建体 1–319； UniProt 1–319 作者链 D； PDB构建体 1–319； UniProt 1–319 作者链 E； PDB构建体 1–319； UniProt 1–319 作者链 F； PDB构建体 1–319； UniProt 1–319 作者链 G； PDB构建体 1–319； UniProt 1–319 作者链 H； PDB构建体 1–319； UniProt 1–319

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1mto
沉积日期 deposition_date	2002-09-21
结构标题 title	Crystal structure of a Phosphofructokinase mutant from Bacillus stearothermophilus bound with fructose-6-phosphate
关键词 keywords	phosphofructokinase, fructose-6-phosphate, tryptophan-shift, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1mto__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1mto__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1mto__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.28 Å
Rg（电子密度）	30.39 Å
总 Rg	31.15 Å
原子数	9664
残基数	1276
排除体积	171180 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1mto__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1mto__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1mtoa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.89 — Phosphofructokinase
超家族 Superfamily superfamily	c.89.1 — Phosphofructokinase
家族 Family family	c.89.1.1 — Phosphofructokinase

结构域编号 domain_id	d1mtob_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.89 — Phosphofructokinase
超家族 Superfamily superfamily	c.89.1 — Phosphofructokinase
家族 Family family	c.89.1.1 — Phosphofructokinase

结构域编号 domain_id	d1mtoc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.89 — Phosphofructokinase
超家族 Superfamily superfamily	c.89.1 — Phosphofructokinase
家族 Family family	c.89.1.1 — Phosphofructokinase

结构域编号 domain_id	d1mtod_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.89 — Phosphofructokinase
超家族 Superfamily superfamily	c.89.1 — Phosphofructokinase
家族 Family family	c.89.1.1 — Phosphofructokinase

结构域编号 domain_id	d1mtoe_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.89 — Phosphofructokinase
超家族 Superfamily superfamily	c.89.1 — Phosphofructokinase
家族 Family family	c.89.1.1 — Phosphofructokinase

结构域编号 domain_id	d1mtof_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.89 — Phosphofructokinase
超家族 Superfamily superfamily	c.89.1 — Phosphofructokinase
家族 Family family	c.89.1.1 — Phosphofructokinase

结构域编号 domain_id	d1mtog_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.89 — Phosphofructokinase
超家族 Superfamily superfamily	c.89.1 — Phosphofructokinase
家族 Family family	c.89.1.1 — Phosphofructokinase

结构域编号 domain_id	d1mtoh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.89 — Phosphofructokinase
超家族 Superfamily superfamily	c.89.1 — Phosphofructokinase
家族 Family family	c.89.1.1 — Phosphofructokinase

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	1mtoA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 —

结构域编号 domain_id	1mtoA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	460 — Phosphofructokinase domain

结构域编号 domain_id	1mtoB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 —

结构域编号 domain_id	1mtoB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	460 — Phosphofructokinase domain

结构域编号 domain_id	1mtoC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 —

结构域编号 domain_id	1mtoC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	460 — Phosphofructokinase domain

结构域编号 domain_id	1mtoD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 —

结构域编号 domain_id	1mtoD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	460 — Phosphofructokinase domain

结构域编号 domain_id	1mtoE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 —

结构域编号 domain_id	1mtoE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	460 — Phosphofructokinase domain

结构域编号 domain_id	1mtoF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 —

结构域编号 domain_id	1mtoF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	460 — Phosphofructokinase domain

结构域编号 domain_id	1mtoG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 —

结构域编号 domain_id	1mtoG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	460 — Phosphofructokinase domain

结构域编号 domain_id	1mtoH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 —

结构域编号 domain_id	1mtoH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	460 — Phosphofructokinase domain

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晶胞边长 a length_a	110.682 Å
晶胞边长 b length_b	106.872 Å
晶胞边长 c length_c	119.588 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	113.98 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	29.840 Å
R 因子 r_factor	0.1890
R_work r_work	0.1800
R_free r_free	0.2800

描述 description	6-phosphofructokinase
分子量 formula_weight	34167.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.11
突变 mutation	W179Y,Y164W
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	19328

Crystal structure of a Phosphofructokinase mutant from Bacillus stearothermophilus bound with fructose-6-phosphate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6-phosphofructokinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1mto__assembly_1__model_1

1mto__assembly_1__model_1 | I(q)

1mto__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Geobacillus stearothermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1422
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose
分子量 formula_weight	260.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

Crystal structure of a Phosphofructokinase mutant from Bacillus stearothermophilus bound with fructose-6-phosphate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6-phosphofructokinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1mto__assembly_1__model_1

1mto__assembly_1__model_1 | I(q)

1mto__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)