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1myl

SUBSTITUTING HYDROPHOBIC RESIDUES FOR A BURIED SALT BRIDGE ENHANCES PROTEIN STABILITY BUT DOES NOT REDUCE CONFORMATIONAL SPECIFICITY

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 87.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ARC REPRESSOR

Enterobacteria phage P22

UniProt P03050

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–53 链 B； UniProt 1–53 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.293
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 1–53 链 F； UniProt 1–53 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.293
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–53 链 D； UniProt 1–53 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.293

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1MYL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1ARQ RELAXATION MATRIX REFINEMENT OF THE SOLUTION STRUCTURE OF THE ARC REPRESSOR 提交 1993-08-24 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–53（53 aa）
链 B 1–53（53 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1ARR RELAXATION MATRIX REFINEMENT OF THE SOLUTION STRUCTURE OF THE ARC REPRESSOR 提交 1993-08-24 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–53（53 aa）
链 B 1–53（53 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1B28 ARC REPRESSOR MYL MUTANT FROM SALMONELLA BACTERIOPHAGE P22 提交 1998-12-05 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–53（53 aa）
链 B 1–53（53 aa）
突变：CHAIN A: R31M,E36Y,R40L, CHAIN B: R131M,E136Y,R140L 突变：CHAIN A: R31M,E36Y,R40L, CHAIN B: R131M,E136Y,R140L 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM KPI, 150 mM NACL
分辨率未提供
1BAZ ARC REPRESSOR MUTANT PHE10VAL 提交 1998-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–53（53 aa）
链 B 1–53（53 aa）
链 C 1–53（53 aa）
链 D 1–53（53 aa）
突变：F10V 突变：F10V 突变：F10V 突变：F10V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 40-45% SATURATED AMMONIUM PHOSPHATE, PH 8.0, BY MACROSEEDING USING CRYSTALS OF THE WILD TYPE PROTEIN
分辨率 1.90 Å R-free 0.273
1BDT WILD TYPE GENE-REGULATING PROTEIN ARC/DNA COMPLEX 提交 1998-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–53（53 aa）
链 B 1–53（53 aa）
链 C 1–53（53 aa）
链 D 1–53（53 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.282
1MYK CRYSTAL STRUCTURE, FOLDING, AND OPERATOR BINDING OF THE HYPERSTABLE ARC REPRESSOR MUTANT PL8 提交 1994-10-12 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–53（53 aa）
链 B 1–53（53 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.277
1NLA Solution Structure of Switch Arc, a Mutant with 3(10) Helices Replacing a Wild-Type Beta-Ribbon 提交 2003-01-06 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–53（53 aa）
链 B 1–53（53 aa）
突变：N11L, L12N 突变：N11L, L12N 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM phosphate；压力 ambient
NMR测量条件 pH 4.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM phosphate；压力 ambient
NMR测量条件 pH 4.67；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM phosphate, 150 mM KCl；压力 ambient
NMR样品组成 4 mM uniform 15N-labelled Arc repressor NL11/LN12 (Switch Arc) | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 7.5 mM 10% 13C-labelled Arc repressor NL11/LN12 (Switch Arc) | 90% H2O, 10% D20
NMR样品组成 5 mM uniform 15N-labelled Arc repressor NL11/LN12 (Switch Arc) | 100% D2O
分辨率未提供
1PAR DNA RECOGNITION BY BETA-SHEETS IN THE ARC REPRESSOR-OPERATOR CRYSTAL STRUCTURE 提交 1994-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–53（53 aa）
链 B 1–53（53 aa）
链 C 1–53（53 aa）
链 D 1–53（53 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；pH 7.40, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.60 Å
1QTG AVERAGED NMR MODEL OF SWITCH ARC, A DOUBLE MUTANT OF ARC REPRESSOR 提交 1999-06-27 突变/修饰不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–53（53 aa）
链 B 1–53（53 aa）
突变：N11L, L12N 突变：N11L, L12N 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RARC_BPP22
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 B； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 C； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 D； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 E； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 F； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1myl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1myl
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1myl
沉积日期 deposition_date1994-10-06
结构标题 titleSUBSTITUTING HYDROPHOBIC RESIDUES FOR A BURIED SALT BRIDGE ENHANCES PROTEIN STABILITY BUT DOES NOT REDUCE CONFORMATIONAL SPECIFICITY
关键词 keywordsTRANSCRIPTION REGULATION, HYPERSTABLE MUTANT; TRANSCRIPTION REGULATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.08 Å
零角强度 I(0) i015744700.00
分子量 molecular_weight30488.0 kDa
排除体积 excluded_volume38376 ų
包络体积 envelope_volume47968 ų
水化壳体积 shell_volume18088 ų
包络直径 envelope_diameter89.0 Å
壳层 Rg shell_rg29.23 Å
包络 Rg envelope_rg25.23 Å
形状 Rg shape_rg25.05 Å
总 Rg total_rg25.72 Å
总原子数 total_atoms2140
残基数 n_residues256
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax87.7 Å
Rg (实空间) rg_real25.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.84 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5740e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15740000.0000
解质量估计 total_estimate0.7653
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.9 Å
偏度 Skewness skewness0.613
峰度 Kurtosis kurtosis-0.288
角度范围 angular_range— – 0.3150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8762000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.529; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.417; Smooth: 0.943
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1myla_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamilya.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family familya.43.1.1 — Arc/Mnt-like phage repressors
结构域编号 domain_idd1mylb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamilya.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family familya.43.1.1 — Arc/Mnt-like phage repressors
结构域编号 domain_idd1mylc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamilya.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family familya.43.1.1 — Arc/Mnt-like phage repressors
结构域编号 domain_idd1myld_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamilya.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family familya.43.1.1 — Arc/Mnt-like phage repressors
结构域编号 domain_idd1myle_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamilya.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family familya.43.1.1 — Arc/Mnt-like phage repressors
结构域编号 domain_idd1mylf_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamilya.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family familya.43.1.1 — Arc/Mnt-like phage repressors

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1mylA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Met repressor-like
结构域编号 domain_id1mylB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Met repressor-like
结构域编号 domain_id1mylC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Met repressor-like
结构域编号 domain_id1mylD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Met repressor-like
结构域编号 domain_id1mylE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Met repressor-like
结构域编号 domain_id1mylF00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Met repressor-like
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)