SAXSdb — 1myp

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1myp
沉积日期 deposition_date	1992-04-15
结构标题 title	X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF CANINE MYELOPEROXIDASE AT 3 ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywords	MYELOPEROXIDASE; MYELOPEROXIDASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.66 Å
零角强度 I(0) i0	262387000.00
分子量 molecular_weight	130000.0 kDa
排除体积 excluded_volume	162310 Å³
包络体积 envelope_volume	195250 Å³
水化壳体积 shell_volume	47855 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.8 Å
壳层 Rg shell_rg	40.85 Å
包络 Rg envelope_rg	33.66 Å
形状 Rg shape_rg	33.64 Å
总 Rg total_rg	34.23 Å
总原子数 total_atoms	9134
残基数 n_residues	1132
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	111.8 Å
Rg (实空间) rg_real	34.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6000e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	262400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8815
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.396
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.420
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	85340000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.864; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.867

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	MYELOPEROXIDASE
分子量 formula_weight	12331.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9134

VTCPEQDKYRTITGMCNNRRSPTLGASNRAFVRWLPAEYEDGFSLPYGWTPGVKRNGFPVALARAVSNEIVRFPTDQLTPDQERSLMFMQWGQLLDHDLDFTPEPAAR

来源 Source

来源生物 organism	Canis lupus familiaris
通用名 common_name	dog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9615

Entity 2 polymer

描述 description	MYELOPEROXIDASE
分子量 formula_weight	53218.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

VNCETSCVQQPPCFPLKIPPNDPRIKNQADCIPFFRSCPACPGSNITIRNQINALTSFVDASMVYGSEEPLARNLRNMSNQLGLLAVNQRFQDNGRALLPFDNLHDDPCLLTNRSARIPCFLAGDTRSSEMPELTSMHTLLLREHNRLATELKSLNPRWDGERLYQEARKIVGAMVQIITYRDYLPLVLGPTAMRKYLPTYRSYNDSVDPRIANVFTNAFRYGHTLIQPFMFRLDNRYQPMEPNPRVPLSRVFFASWRVVLEGGIDPILRGLMATPAKLNRQNQIAVDEIRERLFEQVMRIGLDLPALNMQRSRDHGLPGYNAWRRFCGLPQPETVGQLGTVLRNLKLARKLMEQYGTPNNIDIWMGGVSEPLKRKGRVGPLLACIIGTQFRKLRDGDRFWWENEGVFSMQQRQALAQISLPRIICDNTGITTVSKNNIFMSNSYPRDFVNCSTLPALNLASWREA

来源 Source

来源生物 organism	Canis lupus familiaris
通用名 common_name	dog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9615

Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1myp.1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.93 — Heme-dependent peroxidases
超家族 Superfamily superfamily	a.93.1 — Heme-dependent peroxidases
家族 Family family	a.93.1.2 — Myeloperoxidase-like

结构域编号 domain_id	d1myp.2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.93 — Heme-dependent peroxidases
超家族 Superfamily superfamily	a.93.1 — Heme-dependent peroxidases
家族 Family family	a.93.1.2 — Myeloperoxidase-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1mypC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	640 — Myeloperoxidase, subunit C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Haem peroxidase domain superfamily, animal type

结构域编号 domain_id	1mypD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	640 — Myeloperoxidase, subunit C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Haem peroxidase domain superfamily, animal type

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	133.000 Å
晶胞边长 b length_b	133.000 Å
晶胞边长 c length_c	203.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	0.2570
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/my/1myp/1myp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/my/1myp/1myp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/my/1myp/1myp.dat

X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF CANINE MYELOPEROXIDASE AT 3 ANGSTROMS RESOLUTION

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)