SAXSdb — 1n4k

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ITPR1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–381； UniProt 224–604

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1n4k
沉积日期 deposition_date	2002-10-31
结构标题 title	Crystal structure of the inositol 1,4,5-trisphosphate receptor binding core in complex with IP3
关键词 keywords	IP3 RECEPTOR, IP3-BINDING CORE, CALCIUM CHANNEL, PROTEIN-LIGAND COMPLEX, B-TREFOIL FOLD, ARMADILLO-LIKE FOLD, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1n4k__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1n4k__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1n4k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.87 Å
Rg（电子密度）	22.39 Å
总 Rg	23.09 Å
原子数	2379
残基数	292
排除体积	42264 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1n4k__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1
分子量 formula_weight	43603.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2519

MKWSDNKDDILKGGDVVRLFHAEQEKFLTCDEHRKKQHVFLRTTGRQSATSATSSKALWEVEVVQHDPCRGGAGYWNSLFRFKHLATGHYLAAEVDPDFEEECLEFQPSVDPDQDASRSRLRNAQEKMVYSLVSVPEGNDISSIFELDPTTLRGGDSLVPRNSYVRLRHLCTNTWVHSTNIPIDKEEEKPVMLKIGTSPLKEDKEAFAIVPVSPAEVRDLDFANDASKVLGSIAGKLEKGTITQNERRSVTKLLEDLVYFVTGGTNSGQDVLEVVFSKPNRERQKLMREQNILKQIFKLLQAPFTDCGDGPMLRLEELGDQRHAPFRHICRLCYRVLRHSQQDYRKNQEYIAKQFGFMQKQIGYDVLAEDTITALLHNNRK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	420.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	140

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1n4ka1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.22 — IP3 receptor type 1 binding core, domain 2
家族 Family family	a.118.22.1 — IP3 receptor type 1 binding core, domain 2

结构域编号 domain_id	d1n4ka2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.6 — MIR domain
家族 Family family	b.42.6.1 — MIR domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1n4kA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	1n4kA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — IP3 receptor type 1 binding core, RIH domain

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晶胞边长 a length_a	44.101 Å
晶胞边长 b length_b	90.420 Å
晶胞边长 c length_c	207.117 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	37.820 Å
R 因子 r_factor	0.2240
R_work r_work	0.2240
R_free r_free	0.2480

Crystal structure of the inositol 1,4,5-trisphosphate receptor binding core in complex with IP3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1n4k__assembly_1__model_1

1n4k__assembly_1__model_1 | I(q)

1n4k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the inositol 1,4,5-trisphosphate receptor binding core in complex with IP3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1n4k__assembly_1__model_1

1n4k__assembly_1__model_1 | I(q)

1n4k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)