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1n4x

Structure of scFv 1696 at acidic pH

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 97.8 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

immunoglobulin kappa chain variable region

Mus musculus

UniProt Q99M37

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 L； UniProt 23–130 未记录 immunoglobulin heavy chain variable region × 1 （Q921A6） CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.70 Å R-free 0.256
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 M； UniProt 23–130 未记录 immunoglobulin heavy chain variable region × 1 （Q921A6） CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.70 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1N4X Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1I9I NATIVE CRYSTAL STRUCTURE OF THE RECOMBINANT MONOCLONAL WILD TYPE ANTI-TESTOSTERONE FAB FRAGMENT 提交 2001-03-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 20–238（219 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；peg3350, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.72 Å R-free 0.252
1I9J TESTOSTERONE COMPLEX STRUCTURE OF THE RECOMBINANT MONOCLONAL WILD TYPE ANTI-TESTOSTERONE FAB FRAGMENT 提交 2001-03-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 20–238（219 aa）
未记录 TES TESTOSTERONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；peg3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.255
1L7T Crystal Structure Analysis of the anti-testosterone Fab fragment 提交 2002-03-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 20–238（219 aa） 片段：fab77 fragment
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；peg3350, MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.275
1LO2 Retro-Diels-Alderase Catalytic Antibody 提交 2002-05-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 20–238（219 aa） 片段：Fab fragment
未记录 OX1 [2'-CARBOXYLETHYL]-10-METHYL-ANTHRACENE ENDOPEROXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；290 K；PEG3350, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.00 Å R-free 0.248
1LO2 Retro-Diels-Alderase Catalytic Antibody 提交 2002-05-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 20–238（219 aa） 片段：Fab fragment
未记录 OX1 [2'-CARBOXYLETHYL]-10-METHYL-ANTHRACENE ENDOPEROXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；290 K；PEG3350, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.00 Å R-free 0.248
1LO3 Retro-Diels-Alderase Catalytic Antibody: Product Analogue 提交 2002-05-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 20–238（219 aa） 片段：Fab fragment
未记录 AN1 3-(10-METHYL-ANTHRACEN-9-YL)-PROPIONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3；290 K；PEG3350, pH 3.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.30 Å R-free 0.259
1LO3 Retro-Diels-Alderase Catalytic Antibody: Product Analogue 提交 2002-05-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 20–238（219 aa） 片段：Fab fragment
未记录 AN1 3-(10-METHYL-ANTHRACEN-9-YL)-PROPIONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3；290 K；PEG3350, pH 3.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.30 Å R-free 0.259
1LO4 Retro-Diels-Alderase Catalytic antibody 9D9 提交 2002-05-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 24–236（213 aa） 片段：Fab fragment
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；290 K；PEG4000, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.40 Å R-free 0.308

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q99M37
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 L； PDB构建体 2–111； UniProt 23–130 作者链 M； PDB构建体 2–111； UniProt 23–130

immunoglobulin heavy chain variable region

Mus musculus

UniProt Q921A6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 H； UniProt 2–117 未记录 immunoglobulin kappa chain variable region × 1 （Q99M37） CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.70 Å R-free 0.256
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 I； UniProt 2–117 未记录 immunoglobulin kappa chain variable region × 1 （Q99M37） CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.70 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1N4X Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1ZEA Structure of the anti-cholera toxin antibody Fab fragment TE33 in complex with a D-peptide 提交 2005-04-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 6–118（113 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；PEG 8000, citrat buffer, potassium chloride, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.78 Å R-free 0.248

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q921A6_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 H； PDB构建体 4–117； UniProt 2–117 作者链 I； PDB构建体 4–117； UniProt 2–117

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1n4x

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1n4x
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1n4x
沉积日期 deposition_date2002-11-02
结构标题 titleStructure of scFv 1696 at acidic pH
关键词 keywordsimmunoglobulin, Immune system; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.17 Å
零角强度 I(0) i044266100.00
分子量 molecular_weight51833.0 kDa
排除体积 excluded_volume64564 ų
包络体积 envelope_volume80607 ų
水化壳体积 shell_volume24100 ų
包络直径 envelope_diameter101.8 Å
壳层 Rg shell_rg34.59 Å
包络 Rg envelope_rg28.97 Å
形状 Rg shape_rg29.13 Å
总 Rg total_rg29.81 Å
总原子数 total_atoms3658
残基数 n_residues465
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax97.8 Å
Rg (实空间) rg_real29.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real4.4270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.7360e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal44260000.0000
解质量估计 total_estimate0.6279
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.4 Å
偏度 Skewness skewness0.442
峰度 Kurtosis kurtosis-0.604
角度范围 angular_range— – 0.2700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7027000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.757; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.092; Positv: 1.000; Valcen: 0.769; Smooth: 0.840
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_idd1n4xh1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1n4xh2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1n4xh3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1n4xi1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1n4xi2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1n4xi3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1n4xl1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1n4xl2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1n4xm1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1n4xm2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1n4xH00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1n4xI00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1n4xL00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1n4xM00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)