1n65

FAMILY OF NMR SOLUTION STRUCTURES OF CA CE CALBINDIN D9K IN DENATURATING CONDITIONS

Method: SOLUTION NMR Dmax: 38.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin D-dependent calcium-binding protein, intestinal

Bos taurus

UniProt P02633

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 4–78 突变:P43M CE CERIUM (III) ION × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6;298 K;离子强度(mmCIF原始值)2M Guanidinium Chloride (GmdHCl);压力 1 NMR测量条件:pH 6;298 K;离子强度(mmCIF原始值)pure water;压力 1 NMR样品组成:Uniform labeling with 15N, H2O/D20 90/10 | H2O/D20 90/10 Denaturating Conditions NMR样品组成:Uniform labeling with 15N, H2O/D20 90/10 | H2O/D20 90/10 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 S100G_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–75; UniProt 4–78

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1n65

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1n65
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1n65
沉积日期 deposition_date2002-11-08
结构标题 titleFAMILY OF NMR SOLUTION STRUCTURES OF CA CE CALBINDIN D9K IN DENATURATING CONDITIONS
关键词 keywords;CALCIUM BINDING PROTEINS, NMR SOLUTION STRUCTURE, PARAMAGNETISM-BASED CONSTRAINTS, DENATURATING AGENTS, GUANIDINIUM CHLORIDE, METAL BINDING PROTEIN ;; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier11.86
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.50
零角强度 I(0) i0398850000.00
分子量 molecular_weight173010.0 kDa
排除体积 excluded_volume217170 ų
包络体积 envelope_volume16250 ų
水化壳体积 shell_volume10923 ų
包络直径 envelope_diameter40.7
壳层 Rg shell_rg18.42
包络 Rg envelope_rg12.93
形状 Rg shape_rg11.43
总 Rg total_rg11.91
总原子数 total_atoms24060
残基数 n_residues1500
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax38.4
Rg (实空间) rg_real11.75
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.33
I(0) (实空间) i0_real3.9890e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0640e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal11.76
I(0) (倒空间) i0_reciprocal398900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8437
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary15.6
偏度 Skewness skewness-0.139
峰度 Kurtosis kurtosis-0.419
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha47740.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.683; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.929

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1n65a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.1 — Calbindin D9K

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1n65A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)