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NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 86.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (NITRITE REDUCTASE)

物种未注明

UniProt O68601

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 26–359 未记录 CU COPPER (II) ION × 6 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.6；pH 4.60 分辨率 2.10 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1NDT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BQ5 NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS GIFU 1051 提交 1998-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 19–360（342 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5
分辨率 2.05 Å R-free 0.226
1GS6 Crystal structure of M144A mutant of Alcaligenes xylosoxidans Nitrite Reductase 提交 2002-01-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 X 25–360（336 aa）
突变：YES CU COPPER (II) ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；30% PEG 4000, 0.1M MGCL2, 0.1M TRIS-HCL PH8.5, TEMP GRADIENT 4-32 DEGREES C, pH 8.50
分辨率 2.20 Å R-free 0.181
1GS7 Crystal structure of H254F mutant of Alcaligenes xylosoxidans Nitrite Reductase 提交 2002-01-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–360（336 aa）
突变：YES CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；40-50% PEG-MME 550, 10MM ZNSO4, 0.1M MES PH6.5, pH 6.50
分辨率 1.85 Å R-free 0.194
1GS8 Crystal structure of mutant D92N Alcaligenes xylosoxidans Nitrite Reductase 提交 2002-01-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–360（336 aa）
突变：YES CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9.5；40-50% PEG-MME 550, 10MM ZNSO4, 0.1M MES PH 6.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.207
1HAU X-RAY STRUCTURE OF A BLUE COPPER NITRITE REDUCTASE AT HIGH PH AND IN COPPER FREE FORM AT 1.9 A RESOLUTION 提交 2001-04-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–360（336 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；30% PEG 4K, 0.1M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M TRIS-HCL PH8.5, pH 8.50
分辨率 1.90 Å R-free 0.190
1HAW X-RAY STRUCTURE OF A BLUE COPPER NITRITE REDUCTASE AT HIGH PH AND IN COPPER FREE FORM AT 1.9 A RESOLUTION 提交 2001-04-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–360（336 aa）
未记录 CU1 COPPER (I) ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；30% PEG 4K, 0.1M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M TRIS-HCL PH8.5, pH 8.50
分辨率 1.90 Å R-free 0.199
1OE1 Atomic Resolution Structure of the Wildtype Native Nitrite Reductase from Alcaligenes xylosoxidans 提交 2003-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–360（336 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CU COPPER (II) ION × 6 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；40-50% PEG-MME 550, 0.1M MES PH 6.5, 10MM CUSO4
分辨率 1.04 Å R-free 0.142
1OE2 Atomic Resolution Structure of D92E Mutant of Alcaligenes xylosoxidans Nitrite Reductase 提交 2003-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–360（336 aa）
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CU COPPER (II) ION × 6 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1M MES PH6.5 40-50% PEG-MME 550, 10MM CUSO4,, pH 6.50
分辨率 1.12 Å R-free 0.179
1OE3 Atomic resolution structure of 'Half Apo' NiR 提交 2003-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–360（336 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CU COPPER (II) ION × 6 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；40% PEG MME 550, 0.1M MES PH 6.5, 10MM ZNSO4
分辨率 1.15 Å R-free 0.148
1WA0 Crystal Structure Of W138H Mutant Of Alcaligenes Xylosoxidans Nitrite Reductase 提交 2004-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 X 25–360（336 aa）
突变：YES CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 6 SO4 SULFATE ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；CRYSTALS OF TRP138HIS NIR WERE GROWN BY THE HANGING-DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD AT 21OC. 2ML OF 6-8 MG ML-1 PROTEIN IN 10 MM TRIS-HCL PH 7.1 WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 25% PEG-MME 550, 10 MM ZINC SULPHATE, 0.1M MES PH 6.5 AND SUSPENDED OVER A 500 ML RESERVOIR. CRYSTALS WERE AN INTENSE BLUE COLOUR AND GREW WITHIN TWO DAYS TO APPROXIMATE DIMENSIONS 0.9 X 0.6 X 0.1 MM IN A RHOMBOHEDRAL MORPHOLOGY.
分辨率 1.60 Å R-free 0.192
1WA1 Crystal Structure Of H313Q Mutant Of Alcaligenes Xylosoxidans Nitrite Reductase 提交 2004-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 X 25–360（336 aa）
突变：YES CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；CRYSTALS OF HIS313GLN NIR WERE GROWN BY THE HANGING-DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD AT 21OC. 2ML OF 6-8 MG ML-1 PROTEIN IN 10 MM TRIS-HCL PH 7.1 WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 25% PEG-MME 550, 10 MM ZINC SULPHATE, 0.1M MES PH 6.5 AND SUSPENDED OVER A 500 ML RESERVOIR. CRYSTALS OF BOTH MUTANTS WERE AN INTENSE BLUE COLOUR AND GREW WITHIN TWO DAYS TO APPROXIMATE DIMENSIONS 0.9 X 0.6 X 0.1 MM IN A RHOMBOHEDRAL MORPHOLOGY.
分辨率 1.65 Å R-free 0.191
1WA2 Crystal Structure Of H313Q Mutant Of Alcaligenes Xylosoxidans Nitrite Reductase with nitrite bound 提交 2004-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 X 25–360（336 aa）
突变：YES CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 6 NO2 NITRITE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；CRYSTALS OF HIS313GLN NIR WERE GROWN BY THE HANGING-DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD AT 21OC. 2ML OF 6-8 MG ML-1 PROTEIN IN 10 MM TRIS-HCL PH 7.1 WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 25% PEG-MME 550, 10 MM ZINC SULPHATE, 0.1M MES PH 6.5 AND SUSPENDED OVER A 500 ML RESERVOIR. CRYSTALS OF BOTH MUTANTS WERE AN INTENSE BLUE COLOUR AND GREW WITHIN TWO DAYS TO APPROXIMATE DIMENSIONS 0.9 X 0.6 X 0.1 MM IN A RHOMBOHEDRAL MORPHOLOGY. FOR HIS313GLN_NO2.-, 10MM SODIUM NITRITE WAS ADDED TO THE RESERVOIR SOLUTION PRIOR TO CRYSTALLISATION.
分辨率 1.72 Å R-free 0.210
1WAE Crystal structure of H129V Mutant of Alcaligenes Xylosoxidans Nitrite Reductase 提交 2004-10-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–360（336 aa）
突变：YES CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；100MM MES BUFFER PH 6.5 200MM ZNSO4, 40-50% PEG550 MME
分辨率 1.95 Å R-free 0.226
2BO0 Crystal structure of the C130A mutant of nitrite reductase from Alcaligenes xylosoxidans 提交 2005-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–360（336 aa）
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 9 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PEG 550 MME, ZNSO4, MES PH 6.5
分辨率 1.35 Å R-free 0.113
2BP0 M144L mutant of nitrite reductase from Alcaligenes xylosoxidans 提交 2005-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–360（336 aa）
突变：YES CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 18 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å R-free 0.196
2BP0 M144L mutant of nitrite reductase from Alcaligenes xylosoxidans 提交 2005-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 25–360（336 aa）
突变：YES CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 15 SO4 SULFATE ION × 9 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å R-free 0.196
2BP8 M144Q Structure of nitrite reductase from Alcaligenes xylosoxidans 提交 2005-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–360（336 aa）
突变：YES CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 15 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å R-free 0.189
2BP8 M144Q Structure of nitrite reductase from Alcaligenes xylosoxidans 提交 2005-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 25–360（336 aa）
突变：YES CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 15 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å R-free 0.189
2JFC M144L mutant of Nitrite Reductase from Alcaligenes xylosoxidans in space group P212121 提交 2007-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 26–360（335 aa） 片段：RESIDUES 26-360
链 D 26–360（335 aa） 片段：RESIDUES 26-360
链 E 26–360（335 aa） 片段：RESIDUES 26-360
突变：YES 突变：YES 突变：YES CU COPPER (II) ION × 6 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.2；pH 4.20
分辨率 2.40 Å R-free 0.193
2JFC M144L mutant of Nitrite Reductase from Alcaligenes xylosoxidans in space group P212121 提交 2007-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 26–360（335 aa） 片段：RESIDUES 26-360
链 C 26–360（335 aa） 片段：RESIDUES 26-360
链 F 26–360（335 aa） 片段：RESIDUES 26-360
突变：YES 突变：YES 突变：YES CU COPPER (II) ION × 6 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.2；pH 4.20
分辨率 2.40 Å R-free 0.193
2VM3 Structure of Alcaligenes xylosoxidans in space group R3 - 1 of 2 提交 2008-01-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–360（336 aa） 片段：RESIDUES 25-360
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.210
2VM4 Structure of Alcaligenes xylosoxidans nitrite reductase in space group R3 - 2 of 2 提交 2008-01-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–360（336 aa） 片段：RESIDUES 25-360
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.214
2VMJ Type 1 Copper-Binding Loop of Nitrite Reductase mutant: 130- CAPEGMVPWHVVSGM-144 to 130-CTPHPFM-136 提交 2008-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–154（130 aa） 片段：RESIDUES 25-154,168-360
链 A 168–360（193 aa） 片段：RESIDUES 25-154,168-360
未记录 ZN ZINC ION × 9 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；50 MM HEPES PH 7.0, 5 MM ZNCL2 AND 10 % PEG 6000
分辨率 2.50 Å R-free 0.232
2VN3 Nitrite Reductase from Alcaligenes xylosoxidans 提交 2008-01-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–360（336 aa） 片段：RESIDUES 25-360
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；100 MM MES PH 6.5, 10 MM ZNSO4 AND 25 % PEG-MME 550
分辨率 2.35 Å R-free 0.215
2VW4 NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS - 2 OF 3 提交 2008-06-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–360（336 aa） 片段：RESIDUES 25-360
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.197
2VW4 NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS - 2 OF 3 提交 2008-06-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 25–360（336 aa） 片段：RESIDUES 25-360
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.197
2VW6 NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS - 3 OF 3 提交 2008-06-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–360（336 aa） 片段：RESIDUES 25-360
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.194
2VW6 NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS - 3 OF 3 提交 2008-06-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 25–360（336 aa） 片段：RESIDUES 25-360
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.194
2VW7 Nitrite reductase from Alcaligenes xylosoxidans - 1 of 3 提交 2008-06-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–360（336 aa） 片段：RESIDUES 25-360
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；pH 6.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.201
2VW7 Nitrite reductase from Alcaligenes xylosoxidans - 1 of 3 提交 2008-06-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 25–360（336 aa） 片段：RESIDUES 25-360
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；pH 6.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.201
2XWZ STRUCTURE OF THE RECOMBINANT NATIVE NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS complexed with nitrite 提交 2010-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 26–360（335 aa） 片段：RESIDUES 26-360
链 D 26–360（335 aa） 片段：RESIDUES 26-360
链 E 26–360（335 aa） 片段：RESIDUES 26-360
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 23 ACT ACETATE ION × 6 NO NITRIC OXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.25；1.8 M LITHIUM SULFATE, 100MM ACETATE BUFFER PH 4.25
分辨率 2.34 Å R-free 0.199
2XWZ STRUCTURE OF THE RECOMBINANT NATIVE NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS complexed with nitrite 提交 2010-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 26–360（335 aa） 片段：RESIDUES 26-360
链 C 26–360（335 aa） 片段：RESIDUES 26-360
链 F 26–360（335 aa） 片段：RESIDUES 26-360
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 21 ACT ACETATE ION × 5 NO NITRIC OXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.25；1.8 M LITHIUM SULFATE, 100MM ACETATE BUFFER PH 4.25
分辨率 2.34 Å R-free 0.199
2XX0 STRUCTURE OF THE N90S-H254F MUTANT OF NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS 提交 2010-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 26–360（335 aa） 片段：RESIDUES 26-360
突变：YES CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 9 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；ZNSO4, PEG 550 MME, MES PH 6.5
分辨率 1.46 Å R-free 0.151
2XX0 STRUCTURE OF THE N90S-H254F MUTANT OF NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS 提交 2010-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 26–360（335 aa） 片段：RESIDUES 26-360
突变：YES CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 9 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；ZNSO4, PEG 550 MME, MES PH 6.5
分辨率 1.46 Å R-free 0.151
2XX1 STRUCTURE OF THE N90S MUTANT OF NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS complexed with nitrite 提交 2010-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 26–360（335 aa） 片段：RESIDUES 26-360
链 D 26–360（335 aa） 片段：RESIDUES 26-360
链 E 26–360（335 aa） 片段：RESIDUES 26-360
突变：YES 突变：YES 突变：YES CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；1.8 M AMMONIUM SULPHATE IN CITRATE BUFFER, PH 4.6
分辨率 3.00 Å R-free 0.221
2XX1 STRUCTURE OF THE N90S MUTANT OF NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS complexed with nitrite 提交 2010-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 26–360（335 aa） 片段：RESIDUES 26-360
链 C 26–360（335 aa） 片段：RESIDUES 26-360
链 F 26–360（335 aa） 片段：RESIDUES 26-360
突变：YES 突变：YES 突变：YES CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；1.8 M AMMONIUM SULPHATE IN CITRATE BUFFER, PH 4.6
分辨率 3.00 Å R-free 0.221
2XXF Cu metallated H254F mutant of nitrite reductase 提交 2010-11-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 26–360（335 aa） 片段：RESIDUES 26-360
突变：YES CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 9 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 6 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PEG 550 MME, ZNSO4, MES PH 6.5
分辨率 1.50 Å R-free 0.176
2XXF Cu metallated H254F mutant of nitrite reductase 提交 2010-11-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 26–360（335 aa） 片段：RESIDUES 26-360
突变：YES CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 9 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 12 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 6 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PEG 550 MME, ZNSO4, MES PH 6.5
分辨率 1.50 Å R-free 0.176
2XXG STRUCTURE OF THE N90S MUTANT OF NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS 提交 2010-11-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 26–360（335 aa）
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PEG 550 MME, ZNSO4, MES PH 6.5.
分辨率 1.60 Å R-free 0.211
2XXG STRUCTURE OF THE N90S MUTANT OF NITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS 提交 2010-11-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 26–360（335 aa）
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PEG 550 MME, ZNSO4, MES PH 6.5.
分辨率 1.60 Å R-free 0.211
2ZON Crystal structure of electron transfer complex of nitrite reductase with cytochrome c 提交 2008-05-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 25–360（336 aa） 片段：UNP residues 25-360
链 B 25–360（336 aa） 片段：UNP residues 25-360
链 C 25–360（336 aa） 片段：UNP residues 25-360
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；PEG 3350, Magnesium acetate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.195
4CSP Structure of the F306C mutant of nitrite reductase from Achromobacter xylosoxidans 提交 2014-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 26–360（335 aa）
突变：YES CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 12 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.215
4CSP Structure of the F306C mutant of nitrite reductase from Achromobacter xylosoxidans 提交 2014-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 26–360（335 aa）
突变：YES CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 9 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.215
4CSZ STRUCTURE OF F306C MUTANT OF NITRITE REDUCTASE FROM Achromobacter XYLOSOXIDANS WITH NITRITE BOUND 提交 2014-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 26–360（335 aa）
突变：YES ZN ZINC ION × 21 CU COPPER (II) ION × 6 NO2 NITRITE ION × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；15% PEG550 MME, 50 MM ZNSO4, AND 50 MM MES BUFFER, pH 6.5
分辨率 1.75 Å R-free 0.210
5B1J Crystal structure of the electron-transfer complex of copper nitrite reductase with a cupredoxin 提交 2015-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–360（336 aa） 片段：UNP residues 25-360
链 B 25–360（336 aa） 片段：UNP residues 25-360
未记录 CU COPPER (II) ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 3350, potassium chloride
分辨率 3.00 Å R-free 0.233
5B1K Crystal structure of the chloride-bound form of blue copper nitrite reductase 提交 2015-12-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–360（336 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 CL CHLORIDE ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；293 K；PEG 3350, Sodium Chloride, Magnesium Chloride
分辨率 1.35 Å R-free 0.173
5ONX Resting state copper nitrite reductase determined by serial femtosecond rotation crystallography 提交 2017-08-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 26–360（335 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 OXY OXYGEN MOLECULE × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 6 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；10% w/v PEG 550 MME, 10 mM ZnSO4, 100 mM MES buffer pH 6.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.226
5ONY As-isolated resting state copper nitrite reductase from Achromobacter xylosoxidans 提交 2017-08-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 26–360（335 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 6 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；10% w/v PEG 550 MME, 10 mM ZnSO4, 100 mM MES buffer, pH 6.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.223

共 36 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 O68601_ALCXX
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–335； UniProt 26–359

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ndt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ndt
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ndt
沉积日期 deposition_date1998-10-28
结构标题 titleNITRITE REDUCTASE FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS
关键词 keywordsNITRITE REDUCTASE, BLUE COPPER, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.16 Å
零角强度 I(0) i022970700.00
分子量 molecular_weight36160.0 kDa
排除体积 excluded_volume45046 ų
包络体积 envelope_volume54839 ų
水化壳体积 shell_volume21987 ų
包络直径 envelope_diameter89.4 Å
壳层 Rg shell_rg27.51 Å
包络 Rg envelope_rg22.10 Å
形状 Rg shape_rg21.14 Å
总 Rg total_rg22.03 Å
总原子数 total_atoms2542
残基数 n_residues336
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax86.6 Å
Rg (实空间) rg_real21.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real2.2970e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2640e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal22970000.0000
解质量估计 total_estimate0.7733
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.6 Å
偏度 Skewness skewness0.504
峰度 Kurtosis kurtosis0.211
角度范围 angular_range— – 0.3650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha6041000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.463; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.670; Smooth: 0.989
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1ndta1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.3 — Multidomain cupredoxins
结构域编号 domain_idd1ndta2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.3 — Multidomain cupredoxins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1ndtA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id1ndtA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)