1nen

Complex II (Succinate Dehydrogenase) From E. Coli with Dinitrophenol-17 inhibitor co-crystallized at the ubiquinone binding site

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Succinate dehydrogenase iron-sulfur protein × 1 （P07014） Succinate dehydrogenase cytochrome b-556 subunit × 1 （P69054） Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor protein × 1 （P0AC44） OXALOACETATE ION × 1 CALCIUM ION × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 2-[1-METHYLHEXYL]-4,6-DINITROPHENOL × 1 CARDIOLIPIN × 1 L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Succinate dehydrogenase iron-sulfur protein × 3 （P07014） Succinate dehydrogenase cytochrome b-556 subunit × 3 （P69054） Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor protein × 3 （P0AC44） OXALOACETATE ION × 3 CALCIUM ION × 6 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 3 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 FE3-S4 CLUSTER × 3 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 3 2-[1-METHYLHEXYL]-4,6-DINITROPHENOL × 3 CARDIOLIPIN × 3 L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 3 water × 12	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Succinate dehydrogenase iron-sulfur protein × 2 （P07014） Succinate dehydrogenase cytochrome b-556 subunit × 2 （P69054） Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor protein × 2 （P0AC44） OXALOACETATE ION × 2 CALCIUM ION × 4 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 2-[1-METHYLHEXYL]-4,6-DINITROPHENOL × 2 CARDIOLIPIN × 2 L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DHSA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–588； UniProt 1–588

Succinate dehydrogenase iron-sulfur protein

Escherichia coli

UniProt P07014

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit × 1 （P0AC41） Succinate dehydrogenase cytochrome b-556 subunit × 1 （P69054） Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor protein × 1 （P0AC44） OXALOACETATE ION × 1 CALCIUM ION × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 2-[1-METHYLHEXYL]-4,6-DINITROPHENOL × 1 CARDIOLIPIN × 1 L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit × 3 （P0AC41） Succinate dehydrogenase cytochrome b-556 subunit × 3 （P69054） Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor protein × 3 （P0AC44） OXALOACETATE ION × 3 CALCIUM ION × 6 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 3 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 FE3-S4 CLUSTER × 3 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 3 2-[1-METHYLHEXYL]-4,6-DINITROPHENOL × 3 CARDIOLIPIN × 3 L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 3 water × 12	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit × 2 （P0AC41） Succinate dehydrogenase cytochrome b-556 subunit × 2 （P69054） Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor protein × 2 （P0AC44） OXALOACETATE ION × 2 CALCIUM ION × 4 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 2-[1-METHYLHEXYL]-4,6-DINITROPHENOL × 2 CARDIOLIPIN × 2 L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DHSB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238

Succinate dehydrogenase cytochrome b-556 subunit

Escherichia coli

UniProt P69054

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit × 1 （P0AC41） Succinate dehydrogenase iron-sulfur protein × 1 （P07014） Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor protein × 1 （P0AC44） OXALOACETATE ION × 1 CALCIUM ION × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 2-[1-METHYLHEXYL]-4,6-DINITROPHENOL × 1 CARDIOLIPIN × 1 L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit × 3 （P0AC41） Succinate dehydrogenase iron-sulfur protein × 3 （P07014） Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor protein × 3 （P0AC44） OXALOACETATE ION × 3 CALCIUM ION × 6 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 3 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 FE3-S4 CLUSTER × 3 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 3 2-[1-METHYLHEXYL]-4,6-DINITROPHENOL × 3 CARDIOLIPIN × 3 L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 3 water × 12	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit × 2 （P0AC41） Succinate dehydrogenase iron-sulfur protein × 2 （P07014） Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor protein × 2 （P0AC44） OXALOACETATE ION × 2 CALCIUM ION × 4 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 2-[1-METHYLHEXYL]-4,6-DINITROPHENOL × 2 CARDIOLIPIN × 2 L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DHSC_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–129； UniProt 1–129

Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor protein

Escherichia coli

UniProt P0AC44

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit × 1 （P0AC41） Succinate dehydrogenase iron-sulfur protein × 1 （P07014） Succinate dehydrogenase cytochrome b-556 subunit × 1 （P69054） OXALOACETATE ION × 1 CALCIUM ION × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 2-[1-METHYLHEXYL]-4,6-DINITROPHENOL × 1 CARDIOLIPIN × 1 L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit × 3 （P0AC41） Succinate dehydrogenase iron-sulfur protein × 3 （P07014） Succinate dehydrogenase cytochrome b-556 subunit × 3 （P69054） OXALOACETATE ION × 3 CALCIUM ION × 6 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 3 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 3 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 FE3-S4 CLUSTER × 3 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 3 2-[1-METHYLHEXYL]-4,6-DINITROPHENOL × 3 CARDIOLIPIN × 3 L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 3 water × 12	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit × 2 （P0AC41） Succinate dehydrogenase iron-sulfur protein × 2 （P07014） Succinate dehydrogenase cytochrome b-556 subunit × 2 （P69054） OXALOACETATE ION × 2 CALCIUM ION × 4 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 2-[1-METHYLHEXYL]-4,6-DINITROPHENOL × 2 CARDIOLIPIN × 2 L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DHSD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–115； UniProt 1–115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1nen
沉积日期 deposition_date	2002-12-11
结构标题 title	Complex II (Succinate Dehydrogenase) From E. Coli with Dinitrophenol-17 inhibitor co-crystallized at the ubiquinone binding site
关键词 keywords	membrane protein, respiratory complex, OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT COMPLEX; OXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1nen__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1nen__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1nen__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	57.26 Å
Rg（电子密度）	56.92 Å
总 Rg	56.54 Å
原子数	17110
残基数	2136
排除体积	306390 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1nen__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1nen__assembly_2__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1nen__assembly_3__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit
分子量 formula_weight	64502.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.99.1, 1.3.5.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8695

MKLPVREFDAVVIGAGGAGMRAALQISQSGQTCALLSKVFPTRSHTVSAQGGITVALGNTHEDNWEWHMYDTVKGSDYIGDQDAIEYMCKTGPEAILELEHMGLPFSRLDDGRIYQRPFGGQSKNFGGEQAARTAAAADRTGHALLHTLYQQNLKNHTTIFSEWYALDLVKNQDGAVVGCTALCIETGEVVYFKARATVLATGGAGRIYQSTTNAHINTGDGVGMAIRAGVPVQDMEMWQFHPTGIAGAGVLVTEGCRGEGGYLLNKHGERFMERYAPNAKDLAGRDVVARSIMIEIREGRGCDGPWGPHAKLKLDHLGKEVLESRLPGILELSRTFAHVDPVKEPIPVIPTCHYMMGGIPTKVTGQALTVNEKGEDVVVPGLFAVGEIACVSVHGANRLGGNSLLDLVVFGRAAGLHLQESIAEQGALRDASESDVEASLDRLNRWNNNRNGEDPVAIRKALQECMQHNFSVFREGDAMAKGLEQLKVIRERLKNARLDDTSSEFNTQRVECLELDNLMETAYATAVSANFRTESRGAHSRFDFPDRDDENWLCHSLYLPESESMTRRSVNMEPKLRPAFPPKIRTY

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase iron-sulfur protein
分子量 formula_weight	26800.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.99.1, 1.3.5.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MRLEFSIYRYNPDVDDAPRMQDYTLEADEGRDMMLLDALIQLKEKDPSLSFRRSCREGVCGSDGLNMNGKNGLACITPISALNQPGKKIVIRPLPGLPVIRDLVVDMGQFYAQYEKIKPYLLNNGQNPPAREHLQMPEQREKLDGLYECILCACCSTSCPSFWWNPDKFIGPAGLLAAYRFLIDSRDTETDSRLDGLSDAFSVFRCHSIMNCVSVCPKGLNPTRAIGHIKSMLLQRNA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase cytochrome b-556 subunit
分子量 formula_weight	14313.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MIRNVKKQRPVNLDLQTIRFPITAIASILHRVSGVITFVAVGILLWLLGTSLSSPEGFEQASAIMGSFFVKFIMWGILTALAYHVVVGIRHMMMDFGYLEETFEAGKRSAKISFVITVVLSLLAGVLVW

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor protein
分子量 formula_weight	12874.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MVSNASALGRNGVHDFILVRATAIVLTLYIIYMVGFFATSGELTYEVWIGFFASAFTKVFTLLALFSILIHAWIGMWQVLTDYVKPLALRLMLQLVIVVALVVYVIYGFVVVWGV

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	OXALOACETATE ION
分子量 formula_weight	131.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	2-[1-METHYLHEXYL]-4,6-DINITROPHENOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1151.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	709.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 15 Entity 15 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	140

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d1nena1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamily	a.7.3 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein C-terminal domain
家族 Family family	a.7.3.1 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1nena2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.4 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1nena3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.168 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain
超家族 Superfamily superfamily	d.168.1 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain
家族 Family family	d.168.1.1 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1nenb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.2 — alpha-helical ferredoxin
家族 Family family	a.1.2.1 — Fumarate reductase/Succinate dehydogenase iron-sulfur protein, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1nenb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family family	d.15.4.2 — 2Fe-2S ferredoxin domains from multidomain proteins

结构域编号 domain_id	d1nenc_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.21 — Heme-binding four-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	f.21.2 — Fumarate reductase respiratory complex transmembrane subunits
家族 Family family	f.21.2.2 — Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunits (SdhC/FrdC and SdhD/FrdD)

结构域编号 domain_id	d1nend_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.21 — Heme-binding four-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	f.21.2 — Fumarate reductase respiratory complex transmembrane subunits
家族 Family family	f.21.2.2 — Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunits (SdhC/FrdC and SdhD/FrdD)

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1nenA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1nenA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	700 — Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain

结构域编号 domain_id	1nenA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1nenA04
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — succinate dehydrogenase protein domain

结构域编号 domain_id	1nenB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Beta-grasp domain

结构域编号 domain_id	1nenB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1060 — Fumarate Reductase Iron-sulfur Protein; Chain B, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-helical ferredoxin

结构域编号 domain_id	1nenC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit

结构域编号 domain_id	1nenD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit

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晶胞边长 a length_a	138.800 Å
晶胞边长 b length_b	138.800 Å
晶胞边长 c length_c	521.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2710
R_work r_work	0.2710
R_free r_free	0.2960

Complex II (Succinate Dehydrogenase) From E. Coli with Dinitrophenol-17 inhibitor co-crystallized at the ubiquinone binding site

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Succinate dehydrogenase iron-sulfur protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Succinate dehydrogenase cytochrome b-556 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1nen__assembly_3__model_1

1nen__assembly_3__model_1 | I(q)

1nen__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 non-polymer

实体 15 Entity 15 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)