1nf6

X-ray structure of the Desulfovibrio desulfuricans bacterioferritin: the diiron site in different catalytic states ("cycled" structure: reduced in solution and allowed to reoxidise before crystallisation)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

bacterioferritin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 24	FE (III) ION × 24 SULFATE ION × 57 1,3,5,8-TETRAMETHYL-PORPHINE-2,4,6,7-TETRAPROPIONIC ACID FERROUS COMPLEX × 12 water × 24	与蛋白数一致
10	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FE (III) ION × 2 SULFATE ION × 4 1,3,5,8-TETRAMETHYL-PORPHINE-2,4,6,7-TETRAPROPIONIC ACID FERROUS COMPLEX × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 24	FE (III) ION × 24 SULFATE ION × 45 1,3,5,8-TETRAMETHYL-PORPHINE-2,4,6,7-TETRAPROPIONIC ACID FERROUS COMPLEX × 12 GLYCEROL × 3 water × 24	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FE (III) ION × 2 SULFATE ION × 6 1,3,5,8-TETRAMETHYL-PORPHINE-2,4,6,7-TETRAPROPIONIC ACID FERROUS COMPLEX × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FE (III) ION × 2 SULFATE ION × 4 1,3,5,8-TETRAMETHYL-PORPHINE-2,4,6,7-TETRAPROPIONIC ACID FERROUS COMPLEX × 1 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FE (III) ION × 2 SULFATE ION × 3 1,3,5,8-TETRAMETHYL-PORPHINE-2,4,6,7-TETRAPROPIONIC ACID FERROUS COMPLEX × 1 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FE (III) ION × 2 SULFATE ION × 5 1,3,5,8-TETRAMETHYL-PORPHINE-2,4,6,7-TETRAPROPIONIC ACID FERROUS COMPLEX × 1 water × 2	与蛋白数一致
7	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FE (III) ION × 2 SULFATE ION × 6 1,3,5,8-TETRAMETHYL-PORPHINE-2,4,6,7-TETRAPROPIONIC ACID FERROUS COMPLEX × 1 water × 2	与蛋白数一致
8	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FE (III) ION × 2 SULFATE ION × 4 1,3,5,8-TETRAMETHYL-PORPHINE-2,4,6,7-TETRAPROPIONIC ACID FERROUS COMPLEX × 1 water × 2	与蛋白数一致
9	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FE (III) ION × 2 SULFATE ION × 2 1,3,5,8-TETRAMETHYL-PORPHINE-2,4,6,7-TETRAPROPIONIC ACID FERROUS COMPLEX × 1 GLYCEROL × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BFR_DESDE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179 作者链 B； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179 作者链 C； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179 作者链 D； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179 作者链 E； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179 作者链 F； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179 作者链 G； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179 作者链 H； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179 作者链 I； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179 作者链 J； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179 作者链 K； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179 作者链 L； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179 作者链 M； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179 作者链 N； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179 作者链 O； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179 作者链 P； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1nf6
沉积日期 deposition_date	2002-12-13
结构标题 title	X-ray structure of the Desulfovibrio desulfuricans bacterioferritin: the diiron site in different catalytic states ("cycled" structure: reduced in solution and allowed to reoxidise before crystallisation)
关键词 keywords	;bacterioferritin, 24 subunits in the active molecule, diiron centre, haem Fe-Coproporphyrin III cofactor, IRON STORAGE-ELECTRON TRANSPORT COMPLEX ;; IRON STORAGE/ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1nf6__assembly_10__model_1

Assembly 10 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1nf6__assembly_10__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1nf6__assembly_10__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.69 Å
Rg（电子密度）	20.89 Å
总 Rg	21.75 Å
原子数	2716
残基数	340
排除体积	47788 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1nf6__assembly_1__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1nf6__assembly_2__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1nf6__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1nf6__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1nf6__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1nf6__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`1nf6__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`1nf6__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`1nf6__assembly_9__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`1nf6__assembly_10__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	bacterioferritin
分子量 formula_weight	19906.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P
原子数 atom_count	23933

MAGNREDRKAKVIEVLNKARAMELHAIHQYMNQHYSLDDMDYGELAANMKLIAIDEMRHAENFAERIKELGGEPTTQKEGKVVTGQAVPVIYESDADQEDATIEAYSQFLKVCKEQGDIVTARLFERIIEEEQAHLTYYENIGSHIKNLGDTYLAKIAGTPSSTGTASKGFVTATPAAE

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	34

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,3,5,8-TETRAMETHYL-PORPHINE-2,4,6,7-TETRAPROPIONIC ACID FERROUS COMPLEX
分子量 formula_weight	708.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1811

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d1nf6a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1nf6b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1nf6c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1nf6d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1nf6e_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1nf6f_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1nf6g_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1nf6h_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1nf6i_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1nf6j_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1nf6k_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1nf6l_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1nf6m_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1nf6n_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1nf6o_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1nf6p_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	1nf6A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1nf6B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1nf6C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1nf6D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1nf6E00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1nf6F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1nf6G00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1nf6H00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1nf6I00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1nf6J00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1nf6K00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1nf6L00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1nf6M00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1nf6N00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1nf6O00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1nf6P00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

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晶胞边长 a length_a	225.790 Å
晶胞边长 b length_b	225.790 Å
晶胞边长 c length_c	225.790 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	192

空间群 space_group	P 21 3
空间群编号 int_tables_number	198
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1970
R_work r_work	0.1970
R_free r_free	0.2670

X-ray structure of the Desulfovibrio desulfuricans bacterioferritin: the diiron site in different catalytic states ("cycled" structure: reduced in solution and allowed to reoxidise before crystallisation)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

bacterioferritin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1nf6__assembly_10__model_1

1nf6__assembly_10__model_1 | I(q)

1nf6__assembly_10__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (2)

X-ray structure of the Desulfovibrio desulfuricans bacterioferritin: the diiron site in different catalytic states ("cycled" structure: reduced in solution and allowed to reoxidise before crystallisation)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

bacterioferritin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1nf6__assembly_10__model_1

1nf6__assembly_10__model_1 | I(q)

1nf6__assembly_10__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (2)