1ng8

G15-Gramicidin A in Sodium Dodecyl Sulfate Micelles (NMR)

Method: SOLUTION NMR D_max: 33.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ng8
沉积日期 deposition_date	2002-12-17
结构标题 title	G15-Gramicidin A in Sodium Dodecyl Sulfate Micelles (NMR)
关键词 keywords	ANTIBIOTIC, GRAMICIDIN, ANTIFUNGAL, ANTIBACTERIAL, SDS MICELLES, MEMBRANE ION CHANNEL, LINEAR GRAMICIDIN; ANTIBIOTIC
实验方法 method	SOLUTION NMR

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	10.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	9.17 Å
零角强度 I(0) i0	213361.00
分子量 molecular_weight	3520.0 kDa
排除体积 excluded_volume	4818 Å³
包络体积 envelope_volume	4881 Å³
水化壳体积 shell_volume	5085 Å³
包络直径 envelope_diameter	29.6 Å
壳层 Rg shell_rg	13.61 Å
包络 Rg envelope_rg	9.44 Å
形状 Rg shape_rg	9.18 Å
总 Rg total_rg	11.02 Å
总原子数 total_atoms	518
残基数 n_residues	16
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	33.8 Å
Rg (实空间) rg_real	10.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1340e+05
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3310e+03
Rg (倒空间) rg_reciprocal	10.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	213400.0000
解质量估计 total_estimate	0.8599
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	9.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.434
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.410
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19750.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.848; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.702; Smooth: 0.927

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (1)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1ng8a_
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.1 — Membrane ion channel-forming peptide antibiotics containing D-aminoacids
超家族 Superfamily superfamily	j.1.1 — Membrane ion channel-forming peptide antibiotics containing D-aminoacids
家族 Family family	j.1.1.1 — Gramicidin

结构域编号 domain_id	d1ng8b_
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.1 — Membrane ion channel-forming peptide antibiotics containing D-aminoacids
超家族 Superfamily superfamily	j.1.1 — Membrane ion channel-forming peptide antibiotics containing D-aminoacids
家族 Family family	j.1.1.1 — Gramicidin

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	GRAMICIDIN A
分子量 formula_weight	1753.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	518

fit	/app/data/saxs_computation/ng/1ng8/1ng8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ng/1ng8/1ng8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ng/1ng8/1ng8.dat

G15-Gramicidin A in Sodium Dodecyl Sulfate Micelles (NMR)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

5. 实体与聚合体信息 (1)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)