1nkz

Crystal structure of LH2 B800-850 from Rps. acidophila at 2.0 Angstrom resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Light-harvesting protein B-800/850, beta chain × 9 （P26790） Rhodopin b-D-glucoside × 18 octyl beta-D-glucopyranoside × 18 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 27 BENZAMIDINE × 9 water × 18	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Light-harvesting protein B-800/850, beta chain × 18 （P26790） Rhodopin b-D-glucoside × 36 octyl beta-D-glucopyranoside × 36 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 54 BENZAMIDINE × 18 water × 36	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LHA4_RHOAC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 C； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 E； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53

Light-harvesting protein B-800/850, beta chain

物种未注明

UniProt P26790

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain × 9 （P26789） Rhodopin b-D-glucoside × 18 octyl beta-D-glucopyranoside × 18 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 27 BENZAMIDINE × 9 water × 18	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain × 18 （P26789） Rhodopin b-D-glucoside × 36 octyl beta-D-glucopyranoside × 36 BACTERIOCHLOROPHYLL A × 54 BENZAMIDINE × 18 water × 36	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LHB5_RHOAC
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–41； UniProt 1–41 作者链 D； PDB构建体 1–41； UniProt 1–41 作者链 F； PDB构建体 1–41； UniProt 1–41

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1nkz
沉积日期 deposition_date	2003-01-06
结构标题 title	Crystal structure of LH2 B800-850 from Rps. acidophila at 2.0 Angstrom resolution
关键词 keywords	LIGHT HARVESTING COMPLEX II, TRANS-MEMBRANE HELICES, RHODOPIN GLUCOSIDE, BACTERIOCHLOROPHYLL A, PHOTOSYNTHESIS, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1nkz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1nkz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1nkz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.19 Å
Rg（电子密度）	31.15 Å
总 Rg	32.39 Å
原子数	9693
残基数	837
排除体积	185920 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1nkz__assembly_1__model_1`	octadecameric （18）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1nkz__assembly_2__model_1`	36-meric （36）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain
分子量 formula_weight	5702.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	3461

MNQGKIWTVVNPAIGIPALLGSVTVIAILVHLAILSHTTWFPAYWQGGVKKAA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B-800/850, beta chain
分子量 formula_weight	4559.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

ATLTAEQSEELHKYVIDGTRVFLGLALVAHFLAFSATPWLH

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	Rhodopin b-D-glucoside
分子量 formula_weight	715.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	octyl beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	292.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	BENZAMIDINE
分子量 formula_weight	120.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	230

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1nkza_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.1 — Light-harvesting complex subunits

结构域编号 domain_id	d1nkzb_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.1 — Light-harvesting complex subunits

结构域编号 domain_id	d1nkzc_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.1 — Light-harvesting complex subunits

结构域编号 domain_id	d1nkzd_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.1 — Light-harvesting complex subunits

结构域编号 domain_id	d1nkze_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.1 — Light-harvesting complex subunits

结构域编号 domain_id	d1nkzf_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.3 — Light-harvesting complex subunits
超家族 Superfamily superfamily	f.3.1 — Light-harvesting complex subunits
家族 Family family	f.3.1.1 — Light-harvesting complex subunits

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1nkzA00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	1nkzB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

结构域编号 domain_id	1nkzC00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	1nkzD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

结构域编号 domain_id	1nkzE00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Light-harvesting complex

结构域编号 domain_id	1nkzF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

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晶胞边长 a length_a	117.052 Å
晶胞边长 b length_b	117.052 Å
晶胞边长 c length_c	298.438 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	54

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1704
R_work r_work	0.1694
R_free r_free	0.1901

Crystal structure of LH2 B800-850 from Rps. acidophila at 2.0 Angstrom resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Light-harvesting protein B-800/850, beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1nkz__assembly_1__model_1

1nkz__assembly_1__model_1 | I(q)

1nkz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (4)

Crystal structure of LH2 B800-850 from Rps. acidophila at 2.0 Angstrom resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Light-harvesting protein B-800/850, alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Light-harvesting protein B-800/850, beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1nkz__assembly_1__model_1

1nkz__assembly_1__model_1 | I(q)

1nkz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (4)