1nlt

The crystal structure of Hsp40 Ydj1

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitochondrial protein import protein MAS5

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P25491

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Seven residue peptide × 1 ZINC ION × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MAS5_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–248; UniProt 103–350

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1nlt
沉积日期 deposition_date2003-01-07
结构标题 titleThe crystal structure of Hsp40 Ydj1
关键词 keywordsbeta-strands, chaperone, heat shock, mitochondrion, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1nlt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1nlt__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1nlt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)30.01 Å
Rg(电子密度)30.50 Å
总 Rg30.94 Å
原子数1815
残基数235
排除体积32515 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1nlt__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1nlta1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.4 — HSP40/DnaJ peptide-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyb.4.1 — HSP40/DnaJ peptide-binding domain
家族 Family familyb.4.1.1 — HSP40/DnaJ peptide-binding domain
结构域编号 domain_idd1nlta2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.4 — HSP40/DnaJ peptide-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyb.4.1 — HSP40/DnaJ peptide-binding domain
家族 Family familyb.4.1.1 — HSP40/DnaJ peptide-binding domain
结构域编号 domain_idd1nlta3
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.54 — DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain
超家族 Superfamily superfamilyg.54.1 — DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain
家族 Family familyg.54.1.1 — DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1nltA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology260 — HSP40/DNAj peptide-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Urease metallochaperone UreE, N-terminal domain
结构域编号 domain_id1nltA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology230 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain
结构域编号 domain_id1nltA03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology260 — HSP40/DNAj peptide-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Urease metallochaperone UreE, N-terminal domain
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7. 引用文献 (1)