SAXSdb — 1nob

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN)

Human adenovirus 12

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 403–587 链 B； UniProt 403–587 链 C； UniProt 403–587	片段：KNOB	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；26% PEG 3350, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.290
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 403–587 链 E； UniProt 403–587 链 F； UniProt 403–587	片段：KNOB	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；26% PEG 3350, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.290

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1NOB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KAC KNOB DOMAIN FROM ADENOVIRUS SEROTYPE 12 IN COMPLEX WITH DOMAIN 1 OF ITS CELLULAR RECEPTOR CAR 提交 1999-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 403–587（185 aa）片段：KNOB	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；900MM AMMONIUM SULPHATE ON 100MM MES, PH 6.2	分辨率 2.60 Å R-free 0.250
1P69 STRUCTURAL BASIS FOR VARIATION IN ADENOVIRUS AFFINITY FOR THE CELLULAR RECEPTOR CAR (P417S MUTANT) 提交 2003-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 403–587（185 aa）	突变：P417S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 3.10 Å R-free 0.256
1P6A STRUCTURAL BASIS FOR VARIATION IN ADENOVIRUS AFFINITY FOR THE CELLULAR RECEPTOR CAR (S489Y MUTANT) 提交 2003-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 403–587（185 aa）片段：knob domain (UNP residues 403-587)	突变：Y489S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.90 Å R-free 0.252

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIBP_ADE12
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–185； UniProt 403–587 作者链 B； PDB构建体 1–185； UniProt 403–587 作者链 C； PDB构建体 1–185； UniProt 403–587 作者链 D； PDB构建体 1–185； UniProt 403–587 作者链 E； PDB构建体 1–185； UniProt 403–587 作者链 F； PDB构建体 1–185； UniProt 403–587

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1nob
沉积日期 deposition_date	1999-05-05
结构标题 title	KNOB DOMAIN FROM ADENOVIRUS SEROTYPE 12
关键词 keywords	RECEPTOR BINDING, Viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.41 Å
零角强度 I(0) i0	212911000.00
分子量 molecular_weight	119610.0 kDa
排除体积 excluded_volume	150200 Å³
包络体积 envelope_volume	183920 Å³
水化壳体积 shell_volume	42604 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.2 Å
壳层 Rg shell_rg	41.95 Å
包络 Rg envelope_rg	36.09 Å
形状 Rg shape_rg	36.41 Å
总 Rg total_rg	36.79 Å
总原子数 total_atoms	8406
残基数 n_residues	1110
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.2 Å
Rg (实空间) rg_real	36.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1290e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	212900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6308
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.401
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.616
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	63120000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.830; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.048; Positv: 1.000; Valcen: 0.892; Smooth: 0.670

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1noba_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamily	b.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family family	b.21.1.1 — Adenovirus fiber protein 'knob' domain

结构域编号 domain_id	d1nobb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamily	b.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family family	b.21.1.1 — Adenovirus fiber protein 'knob' domain

结构域编号 domain_id	d1nobc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamily	b.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family family	b.21.1.1 — Adenovirus fiber protein 'knob' domain

结构域编号 domain_id	d1nobd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamily	b.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family family	b.21.1.1 — Adenovirus fiber protein 'knob' domain

结构域编号 domain_id	d1nobe_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamily	b.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family family	b.21.1.1 — Adenovirus fiber protein 'knob' domain

结构域编号 domain_id	d1nobf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.21 — Virus attachment protein globular domain
超家族 Superfamily superfamily	b.21.1 — Virus attachment protein globular domain
家族 Family family	b.21.1.1 — Adenovirus fiber protein 'knob' domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1nobA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

结构域编号 domain_id	1nobB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

结构域编号 domain_id	1nobC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

结构域编号 domain_id	1nobD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

结构域编号 domain_id	1nobE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

结构域编号 domain_id	1nobF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus pIV-related, attachment domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	61.910 Å
晶胞边长 b length_b	104.820 Å
晶胞边长 c length_c	77.190 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.90 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2400
R_free r_free	0.2900

描述 description	PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN)
分子量 formula_weight	19944.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	8406

KNOB DOMAIN FROM ADENOVIRUS SEROTYPE 12

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (FIBER KNOB PROTEIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Human adenovirus 12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	28282
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/no/1nob/1nob.fit
pddf	/app/data/pr_computation/no/1nob/1nob.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/no/1nob/1nob.dat