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1nov

NODAMURA VIRUS

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NODAMURA VIRUS COAT PROTEINS

Nodamura virus

UniProt P12871

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 360 无其他共同聚合物 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 6 无其他共同聚合物 与蛋白数一致
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 30 无其他共同聚合物 与蛋白数一致
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 36 无其他共同聚合物 与蛋白数一致
5 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 6 无其他共同聚合物 与蛋白数一致
6 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 720 无其他共同聚合物 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体
1nov 1nov 1nov 1nov 1nov 1nov

共 6 个 assembly

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 COAT_NODAV
Isoform —
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–355； UniProt 1–355 作者链 B； PDB构建体 1–355； UniProt 1–355 作者链 C； PDB构建体 1–355； UniProt 1–355 作者链 D； PDB构建体 1–44； UniProt 356–399 作者链 E； PDB构建体 1–44； UniProt 356–399 作者链 F； PDB构建体 1–44； UniProt 356–399

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1nov
沉积日期 deposition_date1997-09-16
结构标题 titleNODAMURA VIRUS
关键词 keywordsINSECT VIRUS, NODAMURA VIRUS, COAT PROTEIN, Icosahedral virus, Virus; VIRUS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1nov__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1nov__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 1010 1011 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1nov__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）0.00 Å
Rg（电子密度）139.10 Å
总 Rg139.20 Å
原子数447060
残基数59760
排除体积7971400 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1nov__assembly_1__model_1 360-MERIC （360） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1nov__assembly_2__model_1 hexameric （6） 排除 — —
排除原因： 辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3 1 1nov__assembly_3__model_1 30-meric （30） 排除 — —
排除原因： 辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4 1 1nov__assembly_4__model_1 36-meric （36） 排除 — —
排除原因： 辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5 1 1nov__assembly_5__model_1 hexameric （6） 排除 — —
排除原因： 辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
6 1 1nov__assembly_6__model_1 720-MERIC （720） 排除 — —
排除原因： 辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1nova_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.4 — Nodaviridae-like VP
结构域编号 domain_idd1novb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.4 — Nodaviridae-like VP
结构域编号 domain_idd1novc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.4 — Nodaviridae-like VP

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1novA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id1novB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id1novC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
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7. 引用文献 (5)