SAXSdb — 1nub

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BASEMENT MEMBRANE PROTEIN BM-40

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 71–303	片段：FS-EC DOMAIN PAIR, FS, FOLLISTATIN-LIKE, EC, EXTRACELLULAR CALCIUM-BINDING 突变：DEL(1-52, 196-203)	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION AT ROOM TEMPERATURE. PROTEIN SOLUTION: 8-10 MG/ML IN 10 MM TRIS PH 7.5, 2 MM CACL2. RESERVOIR SOLUTION: 0.1 M HEPES PH 7.5, 12-14% (W/V) PEG4000, 10% (V/V) 2-PROPANOL., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.80 Å R-free 0.306
2	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 71–303	片段：FS-EC DOMAIN PAIR, FS, FOLLISTATIN-LIKE, EC, EXTRACELLULAR CALCIUM-BINDING 突变：DEL(1-52, 196-203)	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION AT ROOM TEMPERATURE. PROTEIN SOLUTION: 8-10 MG/ML IN 10 MM TRIS PH 7.5, 2 MM CACL2. RESERVOIR SOLUTION: 0.1 M HEPES PH 7.5, 12-14% (W/V) PEG4000, 10% (V/V) 2-PROPANOL., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.80 Å R-free 0.306

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1NUB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BMO BM-40, FS/EC DOMAIN PAIR 提交 1997-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 71–303（233 aa）片段：FS/EC DOMAIN PAIR, RESIDUES 53 - 286 链 B 71–303（233 aa）片段：FS/EC DOMAIN PAIR, RESIDUES 53 - 286	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION AT 20 DEG C: 10 MG/ML PROTEIN IN 10 MM TRIS PH 7.5 + 2 MM CACL2; 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.15 M NA-ACETATE, 15% PEG4K, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 3.10 Å R-free 0.322
1SRA STRUCTURE OF A NOVEL EXTRACELLULAR CA2+-BINDING MODULE IN BM-40(SLASH)SPARC(SLASH)OSTEONECTIN 提交 1995-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 153–303（151 aa）片段：CARBOXY-TERMINAL DOMAIN (RESIDUES 136 - 286)	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.249
2V53 Crystal structure of a SPARC-collagen complex 提交 2008-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 70–212（143 aa）片段：FS AND EC DOMAINS, RESIDUES 70-212,221-303 链 A 221–303（83 aa）片段：FS AND EC DOMAINS, RESIDUES 70-212,221-303	未记录	CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.320

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPRC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–229； UniProt 71–303 作者链 B； PDB构建体 5–229； UniProt 71–303

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1nub
沉积日期 deposition_date	1997-12-05
结构标题 title	HELIX C DELETION MUTANT OF BM-40 FS-EC DOMAIN PAIR
关键词 keywords	EXTRACELLULAR MODULE, GLYCOPROTEIN, ANTI-ADHESIVE PROTEIN, COLLAGEN BINDING, SITE-DIRECTED MUTAGENESIS, GLYCOSYLATED PROTEIN; EXTRACELLULAR MODULE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.98 Å
零角强度 I(0) i0	48380100.00
分子量 molecular_weight	53435.0 kDa
排除体积 excluded_volume	66232 Å³
包络体积 envelope_volume	89780 Å³
水化壳体积 shell_volume	25646 Å³
包络直径 envelope_diameter	131.6 Å
壳层 Rg shell_rg	35.03 Å
包络 Rg envelope_rg	33.08 Å
形状 Rg shape_rg	33.02 Å
总 Rg total_rg	33.03 Å
总原子数 total_atoms	3732
残基数 n_residues	452
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	125.9 Å
Rg (实空间) rg_real	32.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.0710e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	48370000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5593
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	28.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.672
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.117
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4230000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.422; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 0.284; Smooth: 0.989

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BASEMENT MEMBRANE PROTEIN BM-40
分子量 formula_weight	26519.3 kDa
突变 mutation	DEL(1-52, 196-203)
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3732

APLAPCQNHHCKHGKVCELDENNTPMCVCQDPTSCPAPIGEFEKVCSNDNKTFDSSCHFFATKCTLEGTKKGHKLHLDYIGPCKYIPPCLDSELTEFPLRMRDWLKNVLVTLYERDEDNNLLTEKQKLRVKKIHENEKRLEAGDHPEKNYNMYIFPVHWQFGQLDQHPIDGYLSHTELAPLRAPLIPMEHCTTRFFETCDLDNDKYIALDEWAGCFGIKQKDIDKDLVI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1nuba1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.3 — Osteonectin

结构域编号 domain_id	d1nuba2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family family	g.3.11.3 — Follistatin (FS) module N-terminal domain, FS-N

结构域编号 domain_id	d1nuba3
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.68 — Kazal-type serine protease inhibitors
超家族 Superfamily superfamily	g.68.1 — Kazal-type serine protease inhibitors
家族 Family family	g.68.1.1 — Ovomucoid domain III-like

结构域编号 domain_id	d1nubb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.3 — Osteonectin

结构域编号 domain_id	d1nubb2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family family	g.3.11.3 — Follistatin (FS) module N-terminal domain, FS-N

结构域编号 domain_id	d1nubb3
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.68 — Kazal-type serine protease inhibitors
超家族 Superfamily superfamily	g.68.1 — Kazal-type serine protease inhibitors
家族 Family family	g.68.1.1 — Ovomucoid domain III-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1nubA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	1nubA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	1nubB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	1nubB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	51.860 Å
晶胞边长 b length_b	88.140 Å
晶胞边长 c length_c	153.730 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.2550
R_work r_work	0.2550
R_free r_free	0.3060

fit	/app/data/saxs_computation/nu/1nub/1nub.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nu/1nub/1nub.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nu/1nub/1nub.dat

HELIX C DELETION MUTANT OF BM-40 FS-EC DOMAIN PAIR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BASEMENT MEMBRANE PROTEIN BM-40

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction