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1nvd

Crystal structure of 3-dehydroquinate synthase (DHQS) in complex with ZN2+ and carbaphosphonate

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3-DEHYDROQUINATE SYNTHASE

Emericella nidulans

UniProt P07547

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 ZINC ION × 2 CHLORIDE ION × 1 [1R-(1ALPHA,3BETA,4ALPHA,5BETA)]-5-(PHOSPHONOMETHYL)-1,3,4-TRIHYDROXYCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1nr5 1sg6 1sg6

共 3 个 assembly

同源二聚体
1dqs 1nr5 1nr5 1nrx 1nua 1nva 1nvb 1nvb 1nvd 1nve 1nve 1nvf

共 13 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARO1_EMENI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–393； UniProt 1–393 作者链 B； PDB构建体 1–393； UniProt 1–393

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1nvd
沉积日期 deposition_date2003-02-03
结构标题 titleCrystal structure of 3-dehydroquinate synthase (DHQS) in complex with ZN2+ and carbaphosphonate
关键词 keywordsSHIKIMATE PATHWAY, AROMATIC AMINO ACID BIOSYNTHESIS, DHQS, open form, form B, DOMAIN MOVEMENT, CYCLASE, LYASE; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1nvd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1nvd__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1nvd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）28.73 Å
Rg（电子密度）28.18 Å
总 Rg28.93 Å
原子数5908
残基数767
排除体积106370 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1nvd__assembly_1__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1nvda_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.22 — Dehydroquinate synthase-like
超家族 Superfamily superfamilye.22.1 — Dehydroquinate synthase-like
家族 Family familye.22.1.1 — Dehydroquinate synthase, DHQS
结构域编号 domain_idd1nvdb_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.22 — Dehydroquinate synthase-like
超家族 Superfamily superfamilye.22.1 — Dehydroquinate synthase-like
家族 Family familye.22.1.1 — Dehydroquinate synthase, DHQS

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1nvdA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1970 —
结构域编号 domain_id1nvdA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1090 — Dehydroquinate synthase-like, alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dehydroquinate synthase-like - alpha domain
结构域编号 domain_id1nvdB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1970 —
结构域编号 domain_id1nvdB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1090 — Dehydroquinate synthase-like, alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dehydroquinate synthase-like - alpha domain
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7. 引用文献 (2)