transcriptional regulator (NtrC family)
Aquifex aeolicus
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 122–387 链 B; UniProt 122–387 链 C; UniProt 122–387 链 D; UniProt 122–387 链 E; UniProt 122–387 链 F; UniProt 122–387 链 G; UniProt 122–387 | 片段:residues 122-387 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;298 K;diammonium tartrate, PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | 分辨率 3.10 Å R-free 0.329 |
| 2 | 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 | 链 H; UniProt 122–387 链 I; UniProt 122–387 链 J; UniProt 122–387 链 K; UniProt 122–387 链 L; UniProt 122–387 链 M; UniProt 122–387 链 N; UniProt 122–387 | 片段:residues 122-387 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;298 K;diammonium tartrate, PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | 分辨率 3.10 Å R-free 0.329 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 1NY6 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1NY5 Crystal structure of sigm54 activator (AAA+ ATPase) in the inactive state 提交 2003-02-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
1–387(387 aa)
片段:Regulatory and Central domain
链 B
1–387(387 aa)
片段:Regulatory and Central domain
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;298 K;sodium/potasium phosphate, citric acid,imidazole,methanol,glycerol,, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.257 |
| 1ZY2 Crystal structure of the phosphorylated receiver domain of the transcription regulator NtrC1 from Aquifex aeolicus 提交 2005-06-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
1–136(136 aa)
链 B
1–136(136 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;310 K;PEG-3350, AMMONIUM CHLORIDE, GLYCEROL, CITRIC ACID, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K
|
分辨率 3.03 Å R-free 0.283 |
| 3M0E Crystal structure of the ATP-bound state of Walker B mutant of NtrC1 ATPase domain 提交 2010-03-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric |
链 A
122–387(266 aa)
片段:ATP-ase domain
链 B
122–387(266 aa)
片段:ATP-ase domain
链 C
122–387(266 aa)
片段:ATP-ase domain
链 D
122–387(266 aa)
片段:ATP-ase domain
链 E
122–387(266 aa)
片段:ATP-ase domain
链 F
122–387(266 aa)
片段:ATP-ase domain
链 G
122–387(266 aa)
片段:ATP-ase domain
|
突变:E239A 突变:E239A 突变:E239A 突变:E239A 突变:E239A 突变:E239A 突变:E239A | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;277 K;0.1 M SODIUM CITRATE, 0.01 M FECL3, 0-5% (V/V) JEFFAMINE M-600, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.241 |
| 4BT0 MuB is an AAAplus ATPase that forms helical filaments to control target selection for DNA transposition 提交 2013-06-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 14 PDB 声明:helical |
链 A
312–384(73 aa)
片段:AAAPLUS DOMAIN, RESIDUES 312-384
链 B
137–309(173 aa)
片段:AAAPLUS DOMAIN, RESIDUES 137-309
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 14 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
30 MM TRISHCL PH 8.0, 0.3 M KCL, 5MM MGCL2, 1MM DTT, 1 MM ATP OR ATP-GAMMA-S;pH 8;30 MM TRISHCL PH 8.0, 0.3 M KCL, 5MM MGCL2, 1MM DTT, 1 MM ATP OR ATP-GAMMA-S
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;LIQUID ETHANE
|
分辨率 17.00 Å |
| 4BT0 MuB is an AAAplus ATPase that forms helical filaments to control target selection for DNA transposition 提交 2013-06-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
312–384(73 aa)
片段:AAAPLUS DOMAIN, RESIDUES 312-384
链 B
137–309(173 aa)
片段:AAAPLUS DOMAIN, RESIDUES 137-309
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
30 MM TRISHCL PH 8.0, 0.3 M KCL, 5MM MGCL2, 1MM DTT, 1 MM ATP OR ATP-GAMMA-S;pH 8;30 MM TRISHCL PH 8.0, 0.3 M KCL, 5MM MGCL2, 1MM DTT, 1 MM ATP OR ATP-GAMMA-S
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;LIQUID ETHANE
|
分辨率 17.00 Å |
| 4BT0 MuB is an AAAplus ATPase that forms helical filaments to control target selection for DNA transposition 提交 2013-06-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
312–384(73 aa)
片段:AAAPLUS DOMAIN, RESIDUES 312-384
链 B
137–309(173 aa)
片段:AAAPLUS DOMAIN, RESIDUES 137-309
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
30 MM TRISHCL PH 8.0, 0.3 M KCL, 5MM MGCL2, 1MM DTT, 1 MM ATP OR ATP-GAMMA-S;pH 8;30 MM TRISHCL PH 8.0, 0.3 M KCL, 5MM MGCL2, 1MM DTT, 1 MM ATP OR ATP-GAMMA-S
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;LIQUID ETHANE
|
分辨率 17.00 Å |
| 4BT1 MuB is an AAAplus ATPase that forms helical filaments to control target selection for DNA transposition 提交 2013-06-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 14 PDB 声明:helical |
链 A
312–384(73 aa)
片段:AAAPLUS DOMAIN, RESIDUES 312-384
链 B
137–309(173 aa)
片段:AAAPLUS DOMAIN, RESIDUES 137-309
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 14 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
30 MM TRISHCL PH 8.0, 0.3 M KCL, 5MM MGCL2, 1MM DTT, 1 MM ATP OR ATP-GAMMA-S;pH 8;30 MM TRISHCL PH 8.0, 0.3 M KCL, 5MM MGCL2, 1MM DTT, 1 MM ATP OR ATP-GAMMA-S
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;LIQUID ETHANE
|
分辨率 16.00 Å |
| 4BT1 MuB is an AAAplus ATPase that forms helical filaments to control target selection for DNA transposition 提交 2013-06-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
312–384(73 aa)
片段:AAAPLUS DOMAIN, RESIDUES 312-384
链 B
137–309(173 aa)
片段:AAAPLUS DOMAIN, RESIDUES 137-309
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
30 MM TRISHCL PH 8.0, 0.3 M KCL, 5MM MGCL2, 1MM DTT, 1 MM ATP OR ATP-GAMMA-S;pH 8;30 MM TRISHCL PH 8.0, 0.3 M KCL, 5MM MGCL2, 1MM DTT, 1 MM ATP OR ATP-GAMMA-S
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;LIQUID ETHANE
|
分辨率 16.00 Å |
| 4BT1 MuB is an AAAplus ATPase that forms helical filaments to control target selection for DNA transposition 提交 2013-06-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
312–384(73 aa)
片段:AAAPLUS DOMAIN, RESIDUES 312-384
链 B
137–309(173 aa)
片段:AAAPLUS DOMAIN, RESIDUES 137-309
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
30 MM TRISHCL PH 8.0, 0.3 M KCL, 5MM MGCL2, 1MM DTT, 1 MM ATP OR ATP-GAMMA-S;pH 8;30 MM TRISHCL PH 8.0, 0.3 M KCL, 5MM MGCL2, 1MM DTT, 1 MM ATP OR ATP-GAMMA-S
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;LIQUID ETHANE
|
分辨率 16.00 Å |
| 4L4U Crystal structure of construct containing A. aeolicus NtrC1 receiver, central and DNA binding domains 提交 2013-06-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
1–439(439 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å R-free 0.248 |
| 4L5E Crystal structure of A. aeolicus NtrC1 DNA binding domain 提交 2013-06-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
393–438(46 aa)
片段:unp residues 393-438
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.34 Å R-free 0.206 |
| 4LY6 Nucleotide-induced asymmetry within ATPase activator ring drives s54-RNAP interaction and ATP hydrolysis 提交 2013-07-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 A
121–387(267 aa)
片段:UNP residues 121-387
链 B
121–387(267 aa)
片段:UNP residues 121-387
链 C
121–387(267 aa)
片段:UNP residues 121-387
链 D
121–387(267 aa)
片段:UNP residues 121-387
链 E
121–387(267 aa)
片段:UNP residues 121-387
链 F
121–387(267 aa)
片段:UNP residues 121-387
|
未记录 | 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.9;277 K;20% ethylene glycol, pH 7.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.308 |
| 4LY6 Nucleotide-induced asymmetry within ATPase activator ring drives s54-RNAP interaction and ATP hydrolysis 提交 2013-07-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 G
121–387(267 aa)
片段:UNP residues 121-387
链 H
121–387(267 aa)
片段:UNP residues 121-387
链 I
121–387(267 aa)
片段:UNP residues 121-387
链 J
121–387(267 aa)
片段:UNP residues 121-387
链 K
121–387(267 aa)
片段:UNP residues 121-387
链 L
121–387(267 aa)
片段:UNP residues 121-387
|
未记录 | 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.9;277 K;20% ethylene glycol, pH 7.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.308 |
| 4LY6 Nucleotide-induced asymmetry within ATPase activator ring drives s54-RNAP interaction and ATP hydrolysis 提交 2013-07-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 M
121–387(267 aa)
片段:UNP residues 121-387
链 N
121–387(267 aa)
片段:UNP residues 121-387
链 O
121–387(267 aa)
片段:UNP residues 121-387
链 P
121–387(267 aa)
片段:UNP residues 121-387
链 Q
121–387(267 aa)
片段:UNP residues 121-387
链 R
121–387(267 aa)
片段:UNP residues 121-387
|
未记录 | 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.9;277 K;20% ethylene glycol, pH 7.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.308 |
| 4LY6 Nucleotide-induced asymmetry within ATPase activator ring drives s54-RNAP interaction and ATP hydrolysis 提交 2013-07-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 S
121–387(267 aa)
片段:UNP residues 121-387
链 T
121–387(267 aa)
片段:UNP residues 121-387
链 U
121–387(267 aa)
片段:UNP residues 121-387
链 V
121–387(267 aa)
片段:UNP residues 121-387
链 W
121–387(267 aa)
片段:UNP residues 121-387
链 X
121–387(267 aa)
片段:UNP residues 121-387
|
未记录 | 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.9;277 K;20% ethylene glycol, pH 7.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.308 |
| 4LZZ Nucleotide-induced asymmetry within atpase activator ring drives s54-RNAP interaction and ATP hydrolysis 提交 2013-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 A
121–387(267 aa)
片段:ATPase Domain (UNP residues 121-387)
链 B
121–387(267 aa)
片段:ATPase Domain (UNP residues 121-387)
链 C
121–387(267 aa)
片段:ATPase Domain (UNP residues 121-387)
链 D
121–387(267 aa)
片段:ATPase Domain (UNP residues 121-387)
链 E
121–387(267 aa)
片段:ATPase Domain (UNP residues 121-387)
链 F
121–387(267 aa)
片段:ATPase Domain (UNP residues 121-387)
|
未记录 | 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.9;277 K;20% ethylene glycol, crystal soaked in fresh mother liquor prior to flash cooling, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.21 Å R-free 0.322 |
| 4LZZ Nucleotide-induced asymmetry within atpase activator ring drives s54-RNAP interaction and ATP hydrolysis 提交 2013-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 G
121–387(267 aa)
片段:ATPase Domain (UNP residues 121-387)
链 H
121–387(267 aa)
片段:ATPase Domain (UNP residues 121-387)
链 I
121–387(267 aa)
片段:ATPase Domain (UNP residues 121-387)
链 J
121–387(267 aa)
片段:ATPase Domain (UNP residues 121-387)
链 K
121–387(267 aa)
片段:ATPase Domain (UNP residues 121-387)
链 L
121–387(267 aa)
片段:ATPase Domain (UNP residues 121-387)
|
未记录 | 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.9;277 K;20% ethylene glycol, crystal soaked in fresh mother liquor prior to flash cooling, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.21 Å R-free 0.322 |
| 4LZZ Nucleotide-induced asymmetry within atpase activator ring drives s54-RNAP interaction and ATP hydrolysis 提交 2013-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 M
121–387(267 aa)
片段:ATPase Domain (UNP residues 121-387)
链 N
121–387(267 aa)
片段:ATPase Domain (UNP residues 121-387)
链 O
121–387(267 aa)
片段:ATPase Domain (UNP residues 121-387)
链 P
121–387(267 aa)
片段:ATPase Domain (UNP residues 121-387)
链 Q
121–387(267 aa)
片段:ATPase Domain (UNP residues 121-387)
链 R
121–387(267 aa)
片段:ATPase Domain (UNP residues 121-387)
|
未记录 | 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 6 MG MAGNESIUM ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.9;277 K;20% ethylene glycol, crystal soaked in fresh mother liquor prior to flash cooling, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.21 Å R-free 0.322 |
| 4LZZ Nucleotide-induced asymmetry within atpase activator ring drives s54-RNAP interaction and ATP hydrolysis 提交 2013-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 S
121–387(267 aa)
片段:ATPase Domain (UNP residues 121-387)
链 T
121–387(267 aa)
片段:ATPase Domain (UNP residues 121-387)
链 U
121–387(267 aa)
片段:ATPase Domain (UNP residues 121-387)
链 V
121–387(267 aa)
片段:ATPase Domain (UNP residues 121-387)
链 W
121–387(267 aa)
片段:ATPase Domain (UNP residues 121-387)
链 X
121–387(267 aa)
片段:ATPase Domain (UNP residues 121-387)
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未记录 | 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.9;277 K;20% ethylene glycol, crystal soaked in fresh mother liquor prior to flash cooling, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
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分辨率 3.21 Å R-free 0.322 |
| 9MSE de novo SigN RNA polymerase transcription initiation intermediate with pre-catalytic bEBP state (RPi1 open ring) 提交 2025-01-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:16-meric |
链 A
121–387(267 aa)
链 B
121–387(267 aa)
链 C
121–387(267 aa)
链 D
121–387(267 aa)
链 E
121–387(267 aa)
链 F
121–387(267 aa)
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未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 3 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8;40 mM Tris-HCl, pH 8/RT, 200 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT; fluorinated fos-choline-8 (FC8F) added to a final concentration of 1.5 mM during grid preparation
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.70 Å |
| 9MSF de novo SigN RNA polymerase transcription initiation intermediate with post-catalytic bEBP state (RPi1 closed ring) 提交 2025-01-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:16-meric |
链 A
121–387(267 aa)
链 B
121–387(267 aa)
链 C
121–387(267 aa)
链 D
121–387(267 aa)
链 E
121–387(267 aa)
链 F
121–387(267 aa)
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未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8;40 mM Tris-HCl, pH 8/RT, 200 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT; fluorinated fos-choline-8 (FC8F) added to a final concentration of 1.5 mM during grid preparation
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.60 Å |
| 9MSG De novo SigN RNA polymerase transcription initiation intermediate with bound SigN-RII 提交 2025-01-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:tetradecameric |
链 A
121–387(267 aa)
链 B
121–387(267 aa)
链 C
121–387(267 aa)
链 D
121–387(267 aa)
链 E
121–387(267 aa)
链 F
121–387(267 aa)
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未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8;40 mM Tris-HCl, pH 8/RT, 200 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT; fluorinated fos-choline-8 (FC8F) added to a final concentration of 1.5 mM during grid preparation
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.70 Å |
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| UniProt名称 | O67198_AQUAE |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 1–267; UniProt 122–387 作者链 B; PDB构建体 1–267; UniProt 122–387 作者链 C; PDB构建体 1–267; UniProt 122–387 作者链 D; PDB构建体 1–267; UniProt 122–387 作者链 E; PDB构建体 1–267; UniProt 122–387 作者链 F; PDB构建体 1–267; UniProt 122–387 作者链 G; PDB构建体 1–267; UniProt 122–387 作者链 H; PDB构建体 1–267; UniProt 122–387 作者链 I; PDB构建体 1–267; UniProt 122–387 作者链 J; PDB构建体 1–267; UniProt 122–387 作者链 K; PDB构建体 1–267; UniProt 122–387 作者链 L; PDB构建体 1–267; UniProt 122–387 作者链 M; PDB构建体 1–267; UniProt 122–387 作者链 N; PDB构建体 1–267; UniProt 122–387 |