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1o6v

Internalin (INLA, Listeria monocytogenes) - functional domain, uncomplexed

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 178.4 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

INTERNALIN A

LISTERIA MONOCYTOGENES

UniProt P25146

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 36–496 片段：FUNCTIONAL DOMAIN, RESIDUES 36-496 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；METHOD: VAPOUR DIFFUSION / HANGING DROP PROTEIN: 10 MG/ML IN 10 MM HEPES PH 7.0 RESEVOIR: 10% PEG 4000, 100 MM MES/TRIS PH 6.0, 100 MM AMMONIUM SULFATE, 10 MM CACL2 分辨率 1.50 Å R-free 0.184
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 36–496 片段：FUNCTIONAL DOMAIN, RESIDUES 36-496 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；METHOD: VAPOUR DIFFUSION / HANGING DROP PROTEIN: 10 MG/ML IN 10 MM HEPES PH 7.0 RESEVOIR: 10% PEG 4000, 100 MM MES/TRIS PH 6.0, 100 MM AMMONIUM SULFATE, 10 MM CACL2 分辨率 1.50 Å R-free 0.184

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1O6V Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1O6S Internalin (Listeria monocytogenes) / E-Cadherin (human) Recognition Complex 提交 2002-10-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–496（461 aa） 片段：FUNCTIONAL DOMAIN, RESIDUES 36-496
未记录 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；VAPOUR DIFFUSION / HANGING DROP 10 MG/ML IN 10 MM HEPES PH 7.0, 26% PEG 4000, 100 MM MES/TRIS PH 7.0, 100 MM SODIUM ACETATE, 50 MM CACL2
分辨率 1.80 Å R-free 0.221
1O6T Internalin (INLA, Listeria monocytogenes) - functional domain, uncomplexed 提交 2002-10-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–496（461 aa） 片段：FUNCTIONAL DOMAIN, RESIDUES 36-496
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4 SO4 SULFATE ION × 8 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；METHOD: VAPOUR DIFFUSION / HANGING DROP, PROTEIN: 10 MG/ML IN 10 MM HEPES PH 7.0, RESEVOIR: 10% PEG 4000, 100 MM MES/TRIS PH 6.0, 100 MM AMMONIUM SULFATE, 10 MM CACL2. CRYSTALS GREW APPROX 2 YEARS AFTER SETUP. TRUE CRYSTALLIZATION CONDITIONS PROBABLY DEVIATE FROM THOSE INDICATED
分辨率 1.60 Å R-free 0.161
2OMT Crystal structure of InlA G194S+S/hEC1 complex 提交 2007-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–497（462 aa） 片段：internalin domain
突变：G194S+S CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 4000, CaCl2, Na-Acetate, Tris/MES, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.283
2OMU Crystal structure of InlA G194S+S Y369S/hEC1 complex 提交 2007-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–497（462 aa） 片段：internalin domain
突变：G194S+S Y369S CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 4000, CaCl2, Na-Acetate, Tris/MES, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.217
2OMV Crystal structure of InlA S192N Y369S/hEC1 complex 提交 2007-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–495（460 aa） 片段：internalin domain
突变：S192N Y369S CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 4000, CaCl2, Na-Acetate, Tris/MES, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.219
2OMW Crystal structure of InlA S192N Y369S/mEC1 complex 提交 2007-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–496（461 aa） 片段：internalin domain
突变：S192N Y369S CL CHLORIDE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；PEG 6000, LiCl, Na-Citrate, pH 5.2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 1.85 Å R-free 0.207
2OMX Crystal structure of InlA S192N G194S+S/hEC1 complex 提交 2007-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–497（462 aa） 片段：internalin domain
突变：S192N G194S+S CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 4000, CaCl2, Na-Acetate, Tris/MES, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 1.70 Å R-free 0.223
2OMY Crystal structure of InlA S192N/hEC1 complex 提交 2007-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–495（460 aa） 片段：internalin domain
突变：S192N CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 4000, CaCl2, Na-Acetate, Tris/MES, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 1.70 Å R-free 0.211
2OMZ Crystal structure of InlA Y369A/hEC1 complex 提交 2007-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 36–495（460 aa） 片段：internalin domain
突变：Y369A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 4000, CaCl2, Na-Acetate, Tris/MES, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 1.60 Å R-free 0.186

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INLA_LISMO
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 6–466； UniProt 36–496 作者链 B； PDB构建体 6–466； UniProt 36–496

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1o6v

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1o6v
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1o6v
沉积日期 deposition_date2002-10-16
结构标题 titleInternalin (INLA, Listeria monocytogenes) - functional domain, uncomplexed
关键词 keywordsCELL ADHESION, BACTERIAL INFECTION, EXTRACELLULAR RECOGNITION, CELL WALL ATTACHED, LEUCINE RICH REPEAT; CELL ADHESION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier48.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron49.26 Å
零角强度 I(0) i0144706000.00
分子量 molecular_weight99679.0 kDa
排除体积 excluded_volume125410 ų
包络体积 envelope_volume187280 ų
水化壳体积 shell_volume34874 ų
包络直径 envelope_diameter176.0 Å
壳层 Rg shell_rg46.62 Å
包络 Rg envelope_rg47.87 Å
形状 Rg shape_rg49.27 Å
总 Rg total_rg49.11 Å
总原子数 total_atoms7012
残基数 n_residues925
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax178.4 Å
Rg (实空间) rg_real49.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.80 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2480e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal48.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal144600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7003
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks4
主峰位置 r_peak_primary66.9 Å
偏度 Skewness skewness0.455
峰度 Kurtosis kurtosis-0.372
角度范围 angular_range— – 0.1600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4413000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.530; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.511; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd1o6va1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.18 — E set domains
家族 Family familyb.1.18.15 — Internalin Ig-like domain
结构域编号 domain_idd1o6va2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
超家族 Superfamily superfamilyc.10.2 — L domain-like
家族 Family familyc.10.2.1 — Internalin LRR domain
结构域编号 domain_idd1o6va3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1o6vb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.18 — E set domains
家族 Family familyb.1.18.15 — Internalin Ig-like domain
结构域编号 domain_idd1o6vb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
超家族 Superfamily superfamilyc.10.2 — L domain-like
家族 Family familyc.10.2.1 — Internalin LRR domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1o6vA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease Inhibitor
结构域编号 domain_id1o6vA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1220 —
结构域编号 domain_id1o6vB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease Inhibitor
结构域编号 domain_id1o6vB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1220 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)