1o9i

Crystal structure of the Y42F mutant of manganese catalase from Lactobacillus plantarum at 1.33A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Manganese catalase

Lactobacillus plantarum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	MANGANESE (III) ION × 12 CALCIUM ION × 6 OXYGEN ATOM × 6 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 5 SODIUM ION × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MCAT_LACPN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 B； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 C； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 D； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 E； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 F； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1o9i
沉积日期 deposition_date	2002-12-13
结构标题 title	Crystal structure of the Y42F mutant of manganese catalase from Lactobacillus plantarum at 1.33A resolution
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, HEXAMER, DIMANGANESE CATALASE, METALLOENZYME, PREOXIDASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1o9i__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1o9i__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1o9i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.72 Å
Rg（电子密度）	30.73 Å
总 Rg	31.51 Å
原子数	12584
残基数	1596
排除体积	221410 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1o9i__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Manganese catalase
分子量 formula_weight	29763.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.6
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	14325

MFKHTRKLQYNAKPDRSDPIMARRLQESLGGQWGETTGMMSFLSQGWASTGAEKYKDLLLDTGTEEMAHVEMISTMIGYLLEDAPFGPEDLKRDPSLATTMAGMDPEHSLVHGLNASLNNPNGAAWNAGYVTSSGNLVADMRFNVVRESEARLQVSRLYSMTEDEGVRDMLKFLLARETQHQLQFMKAQEELEEKYGIIVPGDMKEIEHSEFSHVLMNFSDGDGSKAFEGQVAKDGEKFTYQENPEAMGGIPHIKPGDPRLHNHQG

来源 Source

来源生物 organism	Lactobacillus plantarum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1590
宿主生物 host_organism	LACTOBACILLUS PLANTARUM

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MANGANESE (III) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	OXYGEN ATOM
分子量 formula_weight	16.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1459

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1o9ia_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.3 — Manganese catalase (T-catalase)

结构域编号 domain_id	d1o9ib_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.3 — Manganese catalase (T-catalase)

结构域编号 domain_id	d1o9ic_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.3 — Manganese catalase (T-catalase)

结构域编号 domain_id	d1o9id_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.3 — Manganese catalase (T-catalase)

结构域编号 domain_id	d1o9ie_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.3 — Manganese catalase (T-catalase)

结构域编号 domain_id	d1o9if_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.3 — Manganese catalase (T-catalase)

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1o9iA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1o9iA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1530 — manganese catalase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — manganese catalase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	1o9iB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1o9iB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1530 — manganese catalase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — manganese catalase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	1o9iC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1o9iC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1530 — manganese catalase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — manganese catalase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	1o9iD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1o9iD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1530 — manganese catalase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — manganese catalase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	1o9iE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1o9iE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1530 — manganese catalase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — manganese catalase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	1o9iF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1o9iF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1530 — manganese catalase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — manganese catalase, domain 2, chain A

▶

晶胞边长 a length_a	73.490 Å
晶胞边长 b length_b	95.270 Å
晶胞边长 c length_c	105.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.330 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1170
R_work r_work	0.1150
R_free r_free	0.1450

Crystal structure of the Y42F mutant of manganese catalase from Lactobacillus plantarum at 1.33A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Manganese catalase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1o9i__assembly_1__model_1

1o9i__assembly_1__model_1 | I(q)

1o9i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystal structure of the Y42F mutant of manganese catalase from Lactobacillus plantarum at 1.33A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Manganese catalase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1o9i__assembly_1__model_1

1o9i__assembly_1__model_1 | I(q)

1o9i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (2)