1oao

NiZn[Fe4S4] and NiNi[Fe4S4] clusters in closed and open alpha subunits of acetyl-CoA synthase/carbon monoxide dehydrogenase

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE/ACETYL-COA SYNTHASE SUBUNIT BETA

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE/ACETYL-COA SYNTHASE SUBUNIT ALPHA × 2 （P27988） IRON/SULFUR CLUSTER × 5 FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER × 2 FORMYL GROUP × 2 SULFATE ION × 31 GLYCEROL × 8 FE (II) ION × 2 BICARBONATE ION × 1 ZINC ION × 1 NICKEL (II) ION × 3 SULFUR OXIDE × 1 ACETATE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCMB_MOOTH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–674； UniProt 1–674 作者链 B； PDB构建体 1–674； UniProt 1–674

CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE/ACETYL-COA SYNTHASE SUBUNIT ALPHA

物种未注明

UniProt P27988

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE/ACETYL-COA SYNTHASE SUBUNIT BETA × 2 （P27989） IRON/SULFUR CLUSTER × 5 FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER × 2 FORMYL GROUP × 2 SULFATE ION × 31 GLYCEROL × 8 FE (II) ION × 2 BICARBONATE ION × 1 ZINC ION × 1 NICKEL (II) ION × 3 SULFUR OXIDE × 1 ACETATE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCMA_MOOTH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–729； UniProt 1–729 作者链 D； PDB构建体 1–729； UniProt 1–729

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1oao
沉积日期 deposition_date	2003-01-20
结构标题 title	NiZn[Fe4S4] and NiNi[Fe4S4] clusters in closed and open alpha subunits of acetyl-CoA synthase/carbon monoxide dehydrogenase
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE-TRANSFERASE COMPLEX, ELECTRON TRANSFER, OXIDOREDUCTASE, ACETYL-COA FORMATION, WOOD/LJUNGDAHL PATHWAY, NICKEL; OXIDOREDUCTASE/TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1oao__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1oao__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1oao__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	52.34 Å
Rg（电子密度）	53.34 Å
总 Rg	52.96 Å
原子数	21955
残基数	2803
排除体积	392200 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1oao__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE/ACETYL-COA SYNTHASE SUBUNIT BETA
分子量 formula_weight	73006.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.99.2, 1.2.7.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	23346

MPRFRDLSHNCRPSEAPRVMEPKNRDRTVDPAVLEMLVKSKDDKVITAFDRFVAQQPQCKIGYEGICCRFCMAGPCRIKATDGPGSRGICGASAWTIVARNVGLMILTGAAAHCEHGNHIAHALVEMAEGKAPDYSVKDEAKLKEVCRRVGIEVEGKSVLELAQEVGEKALEDFRRLKGEGEATWLMTTINEGRKEKFRTHNVVPFGIHASISELVNQAHMGMDNDPVNLVFSAIRVALADYTGEHIATDFSDILFGTPQPVVSEANMGVLDPDQVNFVLHGHNPLLSEIIVQAAREMEGEAKAAGAKGINLVGICCTGNEVLMRQGIPLVTSFASQELAICTGAIDAMCVDVQCIMPSISAVAECYHTRIITTADNAKIPGAYHIDYQTATAIESAKTAIRMAIEAFKERKESNRPVYIPQIKNRVVAGWSLEALTKLLATQNAQNPIRVLNQAILDGELAGVALICGCNNLKGFQDNSHLTVMKELLKNNVFVVATGCSAQAAGKLGLLDPANVETYCGDGLKGFLKRLGEGANIEIGLPPVFHMGSCVDNSRAVDLLMAMANDLGVDTPKVPFVASAPEAMSGKAAAIGTWWVSLGVPTHVGTMPPVEGSDLIYSILTQIASDVYGGYFIFEMDPQVAARKILDALEYRTWKLGVHKEVAERYETKLCQGY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE/ACETYL-COA SYNTHASE SUBUNIT ALPHA
分子量 formula_weight	81816.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.169
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MTDFDKIFEGAIPEGKEPVALFREVYHGAITATSYAEILLNQAIRTYGPDHPVGYPDTAYYLPVIRCFSGEEVKKLGDLPPILNRKRAQVSPVLNFENARLAGEATWYAAEIIEALRYLKYKPDEPLLPPPWTGFIGDPVVRRFGIKMVDWTIPGEAIILGRAKDSKALAKIVKELMGMGFMLFICDEAVEQLLEENVKLGIDYIAYPLGNFTQIVHAANYALRAGMMFGGVTPGAREEQRDYQRRRIRAFVLYLGEHDMVKTAAAFGAIFTGFPVITDQPLPEDKQIPDWFFSVEDYDKIVQIAMETRGIKLTKIKLDLPINFGPAFEGESIRKGDMYVEMGGNRTPAFELVRTVSESEITDGKIEVIGPDIDQIPEGSKLPLGILVDIYGRKMQADFEGVLERRIHDFINYGEGLWHTGQRNINWLRVSKDAVAKGFRFKNYGEILVAKMKEEFPAIVDRVQVTIFTDEAKVKEYMEVAREKYKERDDRMRGLTDETVDTFYSCVLCQSFAPNHVCIVTPERVGLCGAVSWLDAKASYEINHAGPNQPIPKEGEIDPIKGIWKSVNDYLYTASNRNLEQVCLYTLMENPMTSCGCFEAIMAILPECNGIMITTRDHAGMTPSGMTFSTLAGMIGGGTQTPGFMGIGRTYIVSKKFISADGGIARIVWMPKSLKDFLHDEFVRRSVEEGLGEDFIDKIADETIGTTVDEILPYLEEKGHPALTMDPIM

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER
分子量 formula_weight	410.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FORMYL GROUP
分子量 formula_weight	30.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	31

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	BICARBONATE ION
分子量 formula_weight	61.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	SULFUR OXIDE
分子量 formula_weight	48.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 14 Entity 14 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1271

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1oaoa_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.26 — Prismane protein-like
超家族 Superfamily superfamily	e.26.1 — Prismane protein-like
家族 Family family	e.26.1.2 — Carbon monoxide dehydrogenase

结构域编号 domain_id	d1oaob_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.26 — Prismane protein-like
超家族 Superfamily superfamily	e.26.1 — Prismane protein-like
家族 Family family	e.26.1.2 — Carbon monoxide dehydrogenase

结构域编号 domain_id	d1oaoc_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.26 — Prismane protein-like
超家族 Superfamily superfamily	e.26.1 — Prismane protein-like
家族 Family family	e.26.1.3 — Acetyl-CoA synthase

结构域编号 domain_id	d1oaod_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.26 — Prismane protein-like
超家族 Superfamily superfamily	e.26.1 — Prismane protein-like
家族 Family family	e.26.1.3 — Acetyl-CoA synthase

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	1oaoA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2030 —

结构域编号 domain_id	1oaoA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2030 —

结构域编号 domain_id	1oaoA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	1oaoB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2030 —

结构域编号 domain_id	1oaoB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2030 —

结构域编号 domain_id	1oaoB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	1oaoC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — Carbon monoxide dehydrogenase alpha subunit. Chain M, domain 1

结构域编号 domain_id	1oaoC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2030 —

结构域编号 domain_id	1oaoC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1650 — Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 3

结构域编号 domain_id	1oaoC04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	970 — Ribonuclease HI; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Carbon monoxide dehydrogenase alpha subunit. Chain D, domain 4

结构域编号 domain_id	1oaoC05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1470 — Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 5

结构域编号 domain_id	1oaoD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — Carbon monoxide dehydrogenase alpha subunit. Chain M, domain 1

结构域编号 domain_id	1oaoD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2030 —

结构域编号 domain_id	1oaoD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1650 — Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 3

结构域编号 domain_id	1oaoD04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	970 — Ribonuclease HI; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Carbon monoxide dehydrogenase alpha subunit. Chain D, domain 4

结构域编号 domain_id	1oaoD05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1470 — Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 5

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晶胞边长 a length_a	244.570 Å
晶胞边长 b length_b	81.890 Å
晶胞边长 c length_c	167.220 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.19 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.1490
R_work r_work	0.1470
R_free r_free	0.1790

NiZn[Fe4S4] and NiNi[Fe4S4] clusters in closed and open alpha subunits of acetyl-CoA synthase/carbon monoxide dehydrogenase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE/ACETYL-COA SYNTHASE SUBUNIT BETA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE/ACETYL-COA SYNTHASE SUBUNIT ALPHA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1oao__assembly_1__model_1

1oao__assembly_1__model_1 | I(q)

1oao__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

NiZn[Fe4S4] and NiNi[Fe4S4] clusters in closed and open alpha subunits of acetyl-CoA synthase/carbon monoxide dehydrogenase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE/ACETYL-COA SYNTHASE SUBUNIT BETA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE/ACETYL-COA SYNTHASE SUBUNIT ALPHA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1oao__assembly_1__model_1

1oao__assembly_1__model_1 | I(q)

1oao__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)