SAXSdb — 1ob6

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ob6
沉积日期 deposition_date	2003-01-24
结构标题 title	Cephaibol B
关键词 keywords	CEPHAIBOL, PEPTAIBOL, ANTIBACTERIAL, ANTIFUNGAL, ION CHANNEL, ANTIBIOTIC; ANTIBIOTIC
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.74 Å
零角强度 I(0) i0	199332.00
分子量 molecular_weight	3545.0 kDa
排除体积 excluded_volume	4850 Å³
包络体积 envelope_volume	6218 Å³
水化壳体积 shell_volume	4127 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.8 Å
壳层 Rg shell_rg	18.38 Å
包络 Rg envelope_rg	18.37 Å
形状 Rg shape_rg	17.70 Å
总 Rg total_rg	18.09 Å
总原子数 total_atoms	250
残基数 n_residues	10
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.6 Å
Rg (实空间) rg_real	17.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9930e+05
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0780e+03
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	199300.0000
解质量估计 total_estimate	0.6205
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	7.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.651
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.322
角度范围 angular_range	— – 0.4700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11770.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.022; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.006; Smooth: 0.991

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	CEPHAIBOL B
分子量 formula_weight	1669.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	341

XFAAAVGLVAPQVPAPF

Entity 2 non-polymer

描述 description	ETHANOL
分子量 formula_weight	46.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	26

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1ob6a_
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.1 — Membrane ion channel-forming peptide antibiotics containing D-aminoacids
超家族 Superfamily superfamily	j.1.1 — Membrane ion channel-forming peptide antibiotics containing D-aminoacids
家族 Family family	j.1.1.2 — Peptaibol

结构域编号 domain_id	d1ob6b_
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.1 — Membrane ion channel-forming peptide antibiotics containing D-aminoacids
超家族 Superfamily superfamily	j.1.1 — Membrane ion channel-forming peptide antibiotics containing D-aminoacids
家族 Family family	j.1.1.2 — Peptaibol

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	32.146 Å
晶胞边长 b length_b	9.126 Å
晶胞边长 c length_c	37.982 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.36 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	0.890 Å
最低分辨率 resolution_low	35.400 Å
R 因子 r_factor	0.0744
R_work r_work	—
R_free r_free	0.0793

fit	/app/data/saxs_computation/ob/1ob6/1ob6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ob/1ob6/1ob6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ob/1ob6/1ob6.dat

Cephaibol B

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 non-polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)