SAXSdb — 1odg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA MISMATCH ENDONUCLEASE

ESCHERICHIA COLI

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 22–155	未记录	5'-D(TPAPGPGPCP5CMTPGPGPAPTPCP)-3' × 2 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；25 MM HEPES PH7.0, 75 MM NACL, 15% PEG 8000, 50 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 75 MM AMMONIUM SULPHATE AND 10% GLYCEROL PROTEIN 2.5 MG/ML	分辨率 2.80 Å R-free 0.356

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1ODG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CW0 CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF VERY SHORT PATCH REPAIR (VSR) ENDONUCLEASE IN COMPLEX WITH A DUPLEX DNA 提交 1999-08-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–155（155 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；pH 5.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.230
1VSR VERY SHORT PATCH REPAIR (VSR) ENDONUCLEASE FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1999-02-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–156（136 aa）片段：FRAGMENT	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: ROOM TEMPERATURE BATCH, 75 MM SODIUM PHOSPHATE PH 6.5, 150 MM NACL, 2 MM DTT, 10% PEG 4K	分辨率 1.80 Å R-free 0.216

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VSR_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–134； UniProt 22–155

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1odg
沉积日期 deposition_date	2003-02-19
结构标题 title	Very-short-patch DNA repair endonuclease bound to its reaction product site
关键词 keywords	HYDROLASE, DNA REPAIR, ENDONUCLEASE, VERY SHORT PATCH REPAIR, DNA REPAI HYDROLASE, NUCLEASE, ZINC, METAL-BINDING; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.72 Å
零角强度 I(0) i0	14085600.00
分子量 molecular_weight	23065.0 kDa
排除体积 excluded_volume	26613 Å³
包络体积 envelope_volume	33991 Å³
水化壳体积 shell_volume	16540 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.4 Å
壳层 Rg shell_rg	23.19 Å
包络 Rg envelope_rg	17.66 Å
形状 Rg shape_rg	17.66 Å
总 Rg total_rg	18.58 Å
总原子数 total_atoms	1591
残基数 n_residues	156
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.4 Å
Rg (实空间) rg_real	18.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7610e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14090000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9052
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.156
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.500
角度范围 angular_range	— – 0.4200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1531000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA MISMATCH ENDONUCLEASE
分子量 formula_weight	15568.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1672

AIEKRLASLLTGQGLAFRVQDASLPGRPDFVVDEYRCVIFTHGCFWHHHHCYLFKVPATRTEFWLEKIGKNVERDRRDISRLQELGWRVLIVWECALRGREKLTDEALTERLEEWICGEGASAQIDTQGIHLLA

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(TPAPGPGPCP5CMTPGPGPAPTPCP)-3'
分子量 formula_weight	3692.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,W

TAGGCCTGGATC

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	81

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1odga_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.15 — Very short patch repair (VSR) endonuclease

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1odgA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	960 — Endonuclease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — VSR Endonuclease

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	102.805 Å
晶胞边长 b length_b	102.805 Å
晶胞边长 c length_c	64.290 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	24.700 Å
R 因子 r_factor	0.2873
R_work r_work	0.2873
R_free r_free	0.3561

fit	/app/data/saxs_computation/od/1odg/1odg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/od/1odg/1odg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/od/1odg/1odg.dat

Very-short-patch DNA repair endonuclease bound to its reaction product site

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA MISMATCH ENDONUCLEASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)