SAXSdb — 1ofl

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHONDROITINASE B

PEDOBACTER HEPARINUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 5	;alpha-D-galactopyranose-(1-3)-[beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-O-methyl-alpha-L-fucopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-[alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)]alpha-D-mannopyranose ; × 1 4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose × 3 4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-alpha-D-galactopyranose × 1 CALCIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSLB_PEDHE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–481； UniProt 27–506

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ofl
沉积日期 deposition_date	2003-04-15
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF CHONDROITINASE B COMPLEXED TO DERMATAN SULFATE HEXASACCHARIDE
关键词 keywords	ACTIVE SITE, BETA-ELIMINATION, DEMATAN SULFATE, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ofl__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ofl__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ofl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.23 Å
Rg（电子密度）	22.59 Å
总 Rg	23.50 Å
原子数	3980
残基数	480
排除体积	70546 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ofl__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CHONDROITINASE B
分子量 formula_weight	53688.8 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.2.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4742

QVVASNETLYQVVKEVKPGGLVQIADGTYKDVQLIVSNSGKSGLPITIKALNPGKVFFTGDAKVELRGEHLILEGIWFKDGNRAIQAWKSHGPGLVAIYGSYNRITACVFDCFDEANSAYITTSLTEDGKVPQHCRIDHCSFTDKITFDQVINLNNTARAIKDGSVGGPAMYHRVDHCFFSNPQKPGNAGGGIRIGYYRNDIGRCLVDSNLFMRQDSEAEIITSKSQENVYYGNTYLNCQGTMNFRHGDHQVAINNFYIGNDQRFGYGGMFVWGSRHVIACNYFELSETIKSRGNAALYLNPGAMASEHALAFDMLIANNAFINVNGYAIHFNPLDERRKEYCAANRLKFETPHQLMLKGNLFFKDKPYVYPFFKDDYFIAGKNSWTGNVALGVEKGIPVNISANRSAYKPVKIKDIQPIEGIALDLNALISKGITGKPLSWDEVRPYWLKEMPGTYALTARLSADRAAKFKAVIKRNKEH

来源 Source

来源生物 organism	PEDOBACTER HEPARINUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	984
宿主生物 host_organism	PEDOBACTER HEPARINUS

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-galactopyranose-(1-3)-[beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-O-methyl-alpha-L-fucopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-[alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)]alpha-D-mannopyranose ;
分子量 formula_weight	1119.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	459.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-alpha-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	459.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	757

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1ofla_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.80 — Single-stranded right-handed beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.80.1 — Pectin lyase-like
家族 Family family	b.80.1.4 — Chondroitinase B

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1oflA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology	20 — Pectate Lyase C-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like

▶

晶胞边长 a length_a	50.574 Å
晶胞边长 b length_b	73.989 Å
晶胞边长 c length_c	59.063 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.93 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.1350
R_work r_work	0.1330
R_free r_free	0.1760

CRYSTAL STRUCTURE OF CHONDROITINASE B COMPLEXED TO DERMATAN SULFATE HEXASACCHARIDE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHONDROITINASE B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ofl__assembly_1__model_1

1ofl__assembly_1__model_1 | I(q)

1ofl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF CHONDROITINASE B COMPLEXED TO DERMATAN SULFATE HEXASACCHARIDE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHONDROITINASE B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ofl__assembly_1__model_1

1ofl__assembly_1__model_1 | I(q)

1ofl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)