SAXSdb — 1oh2

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1oh2
沉积日期 deposition_date	2003-05-21
结构标题 title	Sucrose-Specific Porin, with Bound Sucrose Molecules
关键词 keywords	MEMBRANE PROTEIN, OUTER MEMBRANE PROTEIN, TRANSPORT, SUGAR TRANSPORT, TRANSMEMBRANE; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.88 Å
零角强度 I(0) i0	315726000.00
分子量 molecular_weight	137610.0 kDa
排除体积 excluded_volume	169770 Å³
包络体积 envelope_volume	211850 Å³
水化壳体积 shell_volume	52697 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.1 Å
壳层 Rg shell_rg	40.99 Å
包络 Rg envelope_rg	31.42 Å
形状 Rg shape_rg	31.88 Å
总 Rg total_rg	32.55 Å
总原子数 total_atoms	9717
残基数 n_residues	1239
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.2 Å
Rg (实空间) rg_real	32.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1570e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	315800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8371
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.027
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.645
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35090000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.968; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Sucrose porin
分子量 formula_weight	45333.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,R
原子数 atom_count	9717

SGFEFHGYARSGVIMNDSGASTKSGAYITPAGETGGAIGRLGNQADTYVEMNLEHKQTLDNGATTRFKVMVADGQTSYNDWTASTSDLNVRQAFVELGNLPTFAGPFKGSTLWAGKRFDRDNFDIHWIDSDVVFLAGTGGGIYDVKWNDGLRSNFSLYGRNFGDIDDSSNSVQNYILTMNHFAGPLQMMVSGLRAKDNDERKDSNGNLAKGDAANTGVHALLGLHNDSFYGLRDGSSKTALLYGHGLGAEVKGIGSDGALRPGADTWRIASYGTTPLSENWSVAPAMLAQRSKDRYADGDSYQWATFNLRLIQAINQNFALAYEGSYQYMDLKPEGYNDRQAVNGSFYKLTFAPTFKVGSIGDFFSRPEIRFYTSWMDWSKKLNNYASDDALGSDGFNSGGEWSFGVQMETWF

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	90371
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Sucrose porin
分子量 formula_weight	44923.4 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

SGFEFHGYAPSGVIMNDSGASTKSGAYITPAGETGGAIGPLGNAADTYVIMNLEHKQTLDNGATTRFKVMVADGQTSYNDWTASTSDLNVLQAFVELGNLPTFAGPFKGSTLWAGKRFDRDNFAIHWILSCVVFLAGTGGGIYDVKWNDGLRSNFSLYGRNFGDIDDSSNSVQNYILTMNHFAGPLQMMVSGLRAKDNDERKDSNGNLAKGDAANTGVHALLGLHNDSFYGLRDGSSKTALLYGHGLGAEVKGIGSDGALRPGADTWRIASYGTTPLSENWSVAPAMLAQRSKDRYADGDSYQWATFNLRLIQAINQNFALAYEGSYQYMDLKPEGYNDRQAVNGSFYKLTFAPTFKVGSIGDFFSRPEIRFYTSWMDWSKKLNNYASDDALGSDGFNSGGEWSFGVQMETAF

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	90371
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 branched

描述 description	beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1oh2p_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamily	f.4.3 — Porins
家族 Family family	f.4.3.2 — Maltoporin-like

结构域编号 domain_id	d1oh2q_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamily	f.4.3 — Porins
家族 Family family	f.4.3.2 — Maltoporin-like

结构域编号 domain_id	d1oh2r_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamily	f.4.3 — Porins
家族 Family family	f.4.3.2 — Maltoporin-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1oh2P00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	170 — Maltoporin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin, LamB type

结构域编号 domain_id	1oh2Q00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	170 — Maltoporin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin, LamB type

结构域编号 domain_id	1oh2R00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	170 — Maltoporin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin, LamB type

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	111.800 Å
晶胞边长 b length_b	111.800 Å
晶胞边长 c length_c	147.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	100.000 Å
R 因子 r_factor	0.2070
R_work r_work	0.2070
R_free r_free	0.2460

fit	/app/data/saxs_computation/oh/1oh2/1oh2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oh/1oh2/1oh2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oh/1oh2/1oh2.dat

Sucrose-Specific Porin, with Bound Sucrose Molecules

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)