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1ok0

Crystal Structure of Tendamistat

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 42.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ALPHA-AMYLASE INHIBITOR HOE-467A

物种未注明

UniProt P01092

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 31–104 未记录 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 1.5；20MG OF LYOPHILIZED PROTEIN WERE DISSOLVED IN 1ML OF DOUBLE-DISTILLED WATER. USING THE HANGING DROP METHOD WITH DROPS OF 2MUL PROTEIN SOLUTION (20 MG/ML) AND 2MUL RESERVOIR SOLUTION (0.1-0.5 M NACL ADJUSTED TO PH 1.3 WITH HYDROCHLORIC ACID), YIELDED TUFT-SHAPED AGGLOMERATES OF ESSENTIALLY ONE-DIMENSIONAL CRYSTALS. STREAK SEEDING {EM VIA} A CAT WHISKER AFTER TOUCHING THESE AGGLOMERATES GAVE SINGLE CRYSTALS WITH DIMENSIONS UP TO 0.1 X 0.01 X 0.01MM^3 分辨率 0.93 Å R-free 0.130

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1OK0 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BVN PIG PANCREATIC ALPHA-AMYLASE IN COMPLEX WITH THE PROTEINACEOUS INHIBITOR TENDAMISTAT 提交 1998-09-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 T 31–104（74 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；PROTEIN: 12 MG/ML IN 50 MM TRIS/HCL, PH 8.0, MIXED 5:1 WITH 40% (W/V) PEG 1000; RESERVOIR: 0.18-0.20 M SODIUM PHOSPHATE, PH 8.0 HARVESTED IN: 3 M SODIUM ACETATE, PH 7.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.260
1HOE CRYSTAL STRUCTURE DETERMINATION, REFINEMENT AND THE MOLECULAR MODEL OF THE ALPHA-AMYLASE INHIBITOR HOE-467A 提交 1989-01-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 31–104（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
2AIT DETERMINATION OF THE COMPLETE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE ALPHA-AMYLASE INHIBITOR TENDAMISTAT IN AQUEOUS SOLUTION BY NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND DISTANCE GEOMETRY 提交 1989-05-24 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 31–104（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
3AIT RESTRAINED ENERGY REFINEMENT WITH TWO DIFFERENT ALGORITHMS AND FORCE FIELDS OF THE STRUCTURE OF THE ALPHA-AMYLASE INHIBITOR TENDAMISTAT DETERMINED BY NMR IN SOLUTION 提交 1990-05-14 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 31–104（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
4AIT RESTRAINED ENERGY REFINEMENT WITH TWO DIFFERENT ALGORITHMS AND FORCE FIELDS OF THE STRUCTURE OF THE ALPHA-AMYLASE INHIBITOR TENDAMISTAT DETERMINED BY NMR IN SOLUTION 提交 1990-05-14 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 31–104（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IAA_STRTE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–74； UniProt 31–104

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ok0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ok0
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ok0
沉积日期 deposition_date2003-07-16
结构标题 titleCrystal Structure of Tendamistat
关键词 keywordsINHIBITOR, ALPHA AMYLASE INHIBITOR; INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.74 Å
零角强度 I(0) i01647200.00
分子量 molecular_weight8176.0 kDa
排除体积 excluded_volume9998 ų
包络体积 envelope_volume11006 ų
水化壳体积 shell_volume8361 ų
包络直径 envelope_diameter41.7 Å
壳层 Rg shell_rg16.92 Å
包络 Rg envelope_rg12.10 Å
形状 Rg shape_rg11.69 Å
总 Rg total_rg13.11 Å
总原子数 total_atoms571
残基数 n_residues74
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax42.0 Å
Rg (实空间) rg_real12.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6470e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8210e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1647000.0000
解质量估计 total_estimate0.8196
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary14.9 Å
偏度 Skewness skewness0.203
峰度 Kurtosis kurtosis-0.401
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha324600.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1ok0a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.5 — alpha-Amylase inhibitor tendamistat
超家族 Superfamily superfamilyb.5.1 — alpha-Amylase inhibitor tendamistat
家族 Family familyb.5.1.1 — alpha-Amylase inhibitor tendamistat

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1ok0A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Alpha-amylase inhibitor
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)