1onq

Crystal Structure of CD1a in Complex with a Sulfatide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 127.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface glycoprotein CD1a

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 3 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 18–294	未记录	Beta-2-microglobulin × 1 （P01884） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 SLF SULFATE-3-D-GALACTOSYL-BETA-1-1-N-STEAROYL-D-SPHINGOSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；277 K；MPEG 2000, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K, pH 8.50	分辨率 2.15 Å R-free 0.276
2	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 18–294	未记录	Beta-2-microglobulin × 1 （P01884） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 SLF SULFATE-3-D-GALACTOSYL-BETA-1-1-N-STEAROYL-D-SPHINGOSINE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；277 K；MPEG 2000, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K, pH 8.50	分辨率 2.15 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1ONQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1XZ0 Crystal structure of CD1a in complex with a synthetic mycobactin lipopeptide 提交 2004-11-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–294（277 aa）	未记录	JH0 6-(HYDROXY-HEXADECANOYL-AMINO)-2-{[(4S)-2-(2-HYDROXY-PHENYL)-4,5-DIHYDRO-OXAZOLE-4-CARBONYL]-AMINO}-HEXANOIC ACID 2-[(3S)-1-(TERT-BUTYL-DIPHENYL-SILANYLOXY)-2-OXO-AZEPAN-3-YLCARBAMOYL]-(1S)-1-METHYL-ETHYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG 2000 MME, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.277
1XZ0 Crystal structure of CD1a in complex with a synthetic mycobactin lipopeptide 提交 2004-11-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 18–294（277 aa）	未记录	JH0 6-(HYDROXY-HEXADECANOYL-AMINO)-2-{[(4S)-2-(2-HYDROXY-PHENYL)-4,5-DIHYDRO-OXAZOLE-4-CARBONYL]-AMINO}-HEXANOIC ACID 2-[(3S)-1-(TERT-BUTYL-DIPHENYL-SILANYLOXY)-2-OXO-AZEPAN-3-YLCARBAMOYL]-(1S)-1-METHYL-ETHYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；PEG 2000 MME, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.277
4X6C CD1a ternary complex with lysophosphatidylcholine and BK6 TCR 提交 2014-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 21–295（275 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 42H (4R,7R,18Z)-4,7-dihydroxy-N,N,N-trimethyl-10-oxo-3,5,9-trioxa-4-phosphaheptacos-18-en-1-aminium 4-oxide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；sodium citrate, bis-tris propane, PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.236
4X6C CD1a ternary complex with lysophosphatidylcholine and BK6 TCR 提交 2014-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 21–295（275 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 42H (4R,7R,18Z)-4,7-dihydroxy-N,N,N-trimethyl-10-oxo-3,5,9-trioxa-4-phosphaheptacos-18-en-1-aminium 4-oxide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；sodium citrate, bis-tris propane, PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.236
4X6D CD1a ternary complex with endogenous lipids and BK6 TCR 提交 2014-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 21–295（275 aa）	未记录	OLA OLEIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；sodium citrate, bis-tris propane, PEG 3350	分辨率 2.98 Å R-free 0.229
4X6D CD1a ternary complex with endogenous lipids and BK6 TCR 提交 2014-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 21–295（275 aa）	未记录	PAM PALMITOLEIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；sodium citrate, bis-tris propane, PEG 3350	分辨率 2.98 Å R-free 0.229
4X6E CD1a binary complex with lysophosphatidylcholine 提交 2014-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–295（275 aa）	未记录	MLT D-MALATE × 1 42H (4R,7R,18Z)-4,7-dihydroxy-N,N,N-trimethyl-10-oxo-3,5,9-trioxa-4-phosphaheptacos-18-en-1-aminium 4-oxide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20 mM DL-malic acid, 40 mM MES, 40 mM tris, PEG 1500	分辨率 2.10 Å R-free 0.234
4X6F CD1a binary complex with sphingomyelin 提交 2014-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–295（275 aa）	未记录	3XU (4S,7S,23Z)-4-hydroxy-7-[(1S,2Z)-1-hydroxyhexadec-2-en-1-yl]-N,N,N-trimethyl-9-oxo-3,5-dioxa-8-aza-4-phosphadotriacont- 23-en-1-aminium 4-oxide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20 mM DL-malic acid, 40 mM MES, 40 mM tris, PEG 1500	分辨率 1.91 Å R-free 0.224
5J1A Antigen presenting molecule 提交 2016-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–295（295 aa）	突变：T30I, C51W	6F8 3-[(8Z,11Z)-pentadeca-8,11-dien-1-yl]benzene-1,2-diol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20-25% PEG 1500 / 10% MMT buffer pH 5-6	分辨率 1.86 Å R-free 0.217
7KOZ CD1a-36:2 SM binary complex 提交 2020-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–295（278 aa）	未记录	WU7 (4S,7S,17Z)-4-hydroxy-7-[(1S,2E)-1-hydroxyhexadec-2-en-1-yl]-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-3,5-dioxa-8-aza-4lambda~5~-phosphahexacos-17-en-1-aminium × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20-25% PEG 1500, 0.1M MMT pH 5.5	分辨率 2.25 Å R-free 0.246
7KP0 CD1a-42:1 SM binary complex 提交 2020-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–295（278 aa）	未记录	WUA (4R,7S)-4-hydroxy-7-[(1S,2E)-1-hydroxyhexadec-2-en-1-yl]-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-3,5-dioxa-8-aza-4lambda~5~-phosphadotriacontan-1-aminium × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20-25% PEG 1500, 0.1M MMT pH 5.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.264
7KP1 CD1a-42:2 SM binary complex 提交 2020-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–295（278 aa）	未记录	FO4 sphingomyelin × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20-25% PEG 1500, 0.1M MMT pH 5.5	分辨率 2.02 Å R-free 0.226
7RYM CD1a-endo-gdTCR complex 提交 2021-08-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 18–295（278 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M Ammonium Sulfate	分辨率 3.20 Å R-free 0.286
7RYN CD1a-sulfatide-gdTCR complex 提交 2021-08-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 18–295（278 aa）	未记录	CIS (15Z)-N-((1S,2R,3E)-2-HYDROXY-1-{[(3-O-SULFO-BETA-D-GALACTOPYRANOSYL)OXY]METHYL}HEPTADEC-3-ENYL)TETRACOS-15-ENAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；15% PEG 4000, 0.15M Ammonium Sulfate, 0.1M MES pH6	分辨率 2.70 Å R-free 0.268
7RYO CD1a-dideoxymycobactin-gdTCR complex 提交 2021-08-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 18–295（278 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 WGR dideoxymycobactin-838 × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Ammonium sulfate	分辨率 3.00 Å R-free 0.267
7SH4 CD1a-phosphatidylglycerol binary structure 提交 2021-10-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–295（278 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MW9 (21R,24R,27S)-24,27,28-trihydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaoctacosan-21-yl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；20-25% PEG 1500, 0.1M MMT pH 5.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
9OHZ Crystal structure of CD1a presenting ganglioside GD3 提交 2025-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–295（276 aa）	突变：C68W	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 A1CB9 N-{(2S,3R)-1-[(4-O-beta-D-galactopyranosyl-beta-D-glucopyranosyl)oxy]-3-hydroxyoctadecan-2-yl}tetracosanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；21% PEG 1500, 0.1M MMT pH 5.5	分辨率 2.14 Å R-free 0.247

共 14 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD1A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–277； UniProt 18–294 作者链 C； PDB构建体 1–277； UniProt 18–294

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P01884

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 3 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 21–119	未记录	T-cell surface glycoprotein CD1a × 1 （P06126） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 SLF SULFATE-3-D-GALACTOSYL-BETA-1-1-N-STEAROYL-D-SPHINGOSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；277 K；MPEG 2000, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K, pH 8.50	分辨率 2.15 Å R-free 0.276
2	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 21–119	未记录	T-cell surface glycoprotein CD1a × 1 （P06126） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 SLF SULFATE-3-D-GALACTOSYL-BETA-1-1-N-STEAROYL-D-SPHINGOSINE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；277 K；MPEG 2000, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K, pH 8.50	分辨率 2.15 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1ONQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1E27 Nonstandard peptide binding of HLA-B*5101 complexed with HIV immunodominant epitope KM1(LPPVVAKEI) 提交 2000-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：EXTRACELLULAR RESIDUES 21-119	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1E28 Nonstandard peptide binding of HLA-B*5101 complexed with HIV immunodominant epitope KM2(TAFTIPSI) 提交 2000-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：EXTRACELLULAR RESIDUES 21-119	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 3.00 Å R-free 0.253
1EEY Crystal Structure Determination Of HLA A2 Complexed to Peptide GP2 with the substitution (I2L/V5L/L9V) 提交 2000-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 20–119（100 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；14% PEG 8000, 25 mM MES, pH6.5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.25 Å R-free 0.286
1EEY Crystal Structure Determination Of HLA A2 Complexed to Peptide GP2 with the substitution (I2L/V5L/L9V) 提交 2000-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 20–119（100 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；14% PEG 8000, 25 mM MES, pH6.5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.25 Å R-free 0.286
1EEZ Crystal Structure Determination of HLA-A2.1 Complexed to GP2 Peptide Variant(I2L/V5L) 提交 2000-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 20–119（100 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；18% PEG8000, 25 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.290
1EEZ Crystal Structure Determination of HLA-A2.1 Complexed to GP2 Peptide Variant(I2L/V5L) 提交 2000-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 20–119（100 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；18% PEG8000, 25 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.290
1GZP CD1b in complex with GM2 ganglioside 提交 2002-05-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	GM2 N-[(1S,2S)-2-HYDROXY-1-({[(2R,3R,4S,5S,6R)-3,4,5-TRIHYDROXY-6-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YL]OXY}METHYL)OCTADECYL]OCTADECANAMIDE × 1 D12 DODECANE × 1 TWT DOCOSANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；293 K；20 DEGREE C 2UL OF PROTEIN + 1UL OF MOTHER LIQUOR 0.2M LITHIUM NITRATE 20% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 3350, PH 7.1	分辨率 2.80 Å R-free 0.273
1GZQ CD1b in complex with Phophatidylinositol 提交 2002-05-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	PII 2-[(HYDROXY{[(2R,3R,5S,6R)-2,3,4,5,6-PENTAHYDROXYCYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL)OXY]-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL HEPTADECANOATE × 1 NO3 NITRATE ION × 3 D12 DODECANE × 1 TWT DOCOSANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；293 K；20 DEGREES C, 2UL OF PROTEIN + 1UL OF MOTHER LIQUOR, 0.2M LITHIUM NITRATE, 20% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 3350, PH 7.1	分辨率 2.26 Å R-free 0.237
1I7R CRYSTAL STRUCTURE OF CLASS I MHC A2 IN COMPLEX WITH PEPTIDE P1058 提交 2001-03-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG6000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.307
1I7R CRYSTAL STRUCTURE OF CLASS I MHC A2 IN COMPLEX WITH PEPTIDE P1058 提交 2001-03-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG6000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.307
1I7T CRYSTAL STRUCTURE OF CLASS I MHC A2 IN COMPLEX WITH PEPTIDE P1049-5V 提交 2001-03-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG6000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1I7T CRYSTAL STRUCTURE OF CLASS I MHC A2 IN COMPLEX WITH PEPTIDE P1049-5V 提交 2001-03-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG6000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1I7U CRYSTAL STRUCTURE OF CLASS I MHC A2 IN COMPLEX WITH PEPTIDE P1049-6V 提交 2001-03-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG6000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.258
1I7U CRYSTAL STRUCTURE OF CLASS I MHC A2 IN COMPLEX WITH PEPTIDE P1049-6V 提交 2001-03-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG6000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.258
1KTL The human non-classical major histocompatibility complex molecule HLA-E 提交 2002-01-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；ammonium sulfate, PEG 400, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 295K, pH 8.00	分辨率 3.10 Å R-free 0.280
1KTL The human non-classical major histocompatibility complex molecule HLA-E 提交 2002-01-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；ammonium sulfate, PEG 400, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 295K, pH 8.00	分辨率 3.10 Å R-free 0.280
1KTL The human non-classical major histocompatibility complex molecule HLA-E 提交 2002-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 21–119（99 aa）链 D 21–119（99 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；ammonium sulfate, PEG 400, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 295K, pH 8.00	分辨率 3.10 Å R-free 0.280
1M6O Crystal Structure of HLA B4402 in complex with HLA DPA0201 peptide 提交 2002-07-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；20-30% PEG 4K, 0.1M citrate, 0.2M ammonium acetate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.234
1OF2 Crystal structure of HLA-B*2709 complexed with the vasoactive intestinal peptide type 1 receptor (VIPR) peptide (residues 400-408) 提交 2003-04-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：RESIDUES 21-119	未记录	GOL GLYCEROL × 3 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；TRIS PH 8.5, 19% PEG 8000 HANGING DROP, TEMPERATURE 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.244
1OGA A structural basis for immunodominant human T-cell receptor recognition. 提交 2003-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 21–119（99 aa）片段：BETA-2-MICROGLOBULIN, RESIDUES 21-119	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；14% PEG8000, 50MM MES PH 6.5	分辨率 1.40 Å R-free 0.231
1OGT CRYSTAL STRUCTURE OF HLA-B*2705 COMPLEXED WITH THE VASOACTIVE INTESTINAL PEPTIDE TYPE 1 RECEPTOR (VIPR) PEPTIDE (RESIDUES 400-408) 提交 2003-05-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：RESIDUES 21-119	未记录	GOL GLYCEROL × 5 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；TRIS PH 8.0, 16% PEG 8000, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K	分辨率 1.47 Å R-free 0.178
1QEW HUMAN CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-A 0201) COMPLEX WITH A NONAMERIC PEPTIDE FROM MELANOMA-ASSOCIATED ANTIGEN 3 (RESIDUES 271-279) 提交 1999-04-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 20–119（100 aa）片段：residues 21-199, SWS P01884	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；20 % POLYETHYLENGLYCOL 8000, SODIUM CITRATE, PH 5.6	分辨率 2.20 Å R-free 0.242
1QLF MHC CLASS I H-2DB COMPLEXED WITH GLYCOPEPTIDE K3G 提交 1999-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：MHC ASSOCIATED LIGHT CHAIN	未记录	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；pH 5.00	分辨率 2.65 Å R-free 0.267
1S8D Structural basis for degenerate recognition of HIV peptide variants by cytotoxic lymphocyte, variant SL9-3A 提交 2004-02-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；15% polyethylene glycol 6000, 25mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 6.50	分辨率 2.20 Å R-free 0.252
1T1W Structural basis for degenerate recognition of HIV peptide variants by cytotoxic lymphocyte, variant SL9-3F6I8V 提交 2004-04-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG, MES, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.237
1T1X Structural basis for degenerate recognition of HIV peptide variants by cytotoxic lymphocyte, variant SL9-4L 提交 2004-04-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG/MES, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.240
1T1Y Structural basis for degenerate recognition of HIV peptide variants by cytotoxic lymphocyte, variant SL9-5V 提交 2004-04-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG, MES, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.239
1T1Z Structural basis for degenerate recognition of HIV peptide variants by cytotoxic lymphocyte, variant SL9-6A 提交 2004-04-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG, MES, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.225
1T20 Structural basis for degenerate recognition of HIV peptide variants by cytotoxic lymphocyte, variant SL9-6I 提交 2004-04-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG, MES, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.247
1T21 Structural basis for degenerate recognition of HIV peptide variants by cytotoxic lymphocyte, variant SL9, monoclinic crystal 提交 2004-04-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG, MES, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.238
1T22 Structural basis for degenerate recognition of HIV peptide variants by cytotoxic lymphocyte, variant SL9, orthorhombic crystal 提交 2004-04-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG, MES, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.231
1UQS The Crystal Structure of Human CD1b with a Bound Bacterial Glycolipid 提交 2003-10-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	GMM GLUCOSE MONOMYCOLATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；0.1M SODIUM CITRATE PH 5.6, 0.5M AMMONIUM SULFATE, 0.5M LITHIUM SULFATE	分辨率 3.10 Å R-free 0.290
1UXS CRYSTAL STRUCTURE OF HLA-B*2705 COMPLEXED WITH THE LATENT MEMBRANE PROTEIN 2 PEPTIDE (LMP2)OF EPSTEIN-BARR VIRUS 提交 2004-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：IMMUNOGLOBULIN DOMAIN, RESIDUES 21-119	未记录	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1M TRIS, PH 7.5, 15% PEG8000	分辨率 1.55 Å R-free 0.177
1UXW CRYSTAL STRUCTURE OF HLA-B*2709 COMPLEXED WITH THE LATENT MEMBRANE PROTEIN 2 PEPTIDE (LMP2) OF EPSTEIN-BARR VIRUS 提交 2004-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：IMMUNOGLOBULIN DOMAIN, RESIDUES 21-119	未记录	GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1M TRIS, PH 8.5, 21% PEG8000	分辨率 1.71 Å R-free 0.190

共 27 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 21–119 作者链 D； PDB构建体 1–99； UniProt 21–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1onq
沉积日期 deposition_date	2003-02-28
结构标题 title	Crystal Structure of CD1a in Complex with a Sulfatide
关键词 keywords	Protein-Glycolipid complex, beta sheet platform, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.47 Å
零角强度 I(0) i0	123959000.00
分子量 molecular_weight	89614.0 kDa
排除体积 excluded_volume	112220 Å³
包络体积 envelope_volume	152250 Å³
水化壳体积 shell_volume	37859 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.1 Å
壳层 Rg shell_rg	39.16 Å
包络 Rg envelope_rg	35.31 Å
形状 Rg shape_rg	35.43 Å
总 Rg total_rg	35.90 Å
总原子数 total_atoms	6341
残基数 n_residues	745
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	127.1 Å
Rg (实空间) rg_real	36.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.14 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9630e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	123900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8463
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.549
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.008
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19290000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.767; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.852; Smooth: 0.846

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	T-cell surface glycoprotein CD1a
分子量 formula_weight	32510.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	6791

ADGLKEPLSFHVIWIASFYNHSWKQNLVSGWLSDLQTHTWDSNSSTIVFLWPWSRGNFSNEEWKELETLFRIRTIRSFEGIRRYAHELQFEYPFEIQVTGGCELHSGKVSGSFLQLAYQGSDFVSFQNNSWLPYPVAGNMAKHFCKVLNQNQHENDITHNLLSDTCPRFILGLLDAGKAHLQRQVKPEAWLSHGPSPGPGHLQLVCHVSGFYPKPVWVMWMRGEQEQQGTQRGDILPSADGTWYLRATLEVAAGEAADLSCRVKHSSLEGQDIVLYWHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11748.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

IQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	367.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	alpha-L-fucopyranose
分子量 formula_weight	164.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE-3-D-GALACTOSYL-BETA-1-1-N-STEAROYL-D-SPHINGOSINE
分子量 formula_weight	808.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	450

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1onqa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1onqa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

结构域编号 domain_id	d1onqa3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1onqb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1onqc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1onqc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

结构域编号 domain_id	d1onqc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1onqd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1onqA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	1onqA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1onqB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1onqC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	1onqC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1onqD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.407 Å
晶胞边长 b length_b	42.711 Å
晶胞边长 c length_c	204.217 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.78 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2290
R_work r_work	0.2270
R_free r_free	0.2760

fit	/app/data/saxs_computation/on/1onq/1onq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/on/1onq/1onq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/on/1onq/1onq.dat

Crystal Structure of CD1a in Complex with a Sulfatide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface glycoprotein CD1a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)