SAXSdb — 1oop

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein VP1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 240	SPHINGOSINE × 60 MYRISTIC ACID × 60	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	SPHINGOSINE × 1 MYRISTIC ACID × 1	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 20	SPHINGOSINE × 5 MYRISTIC ACID × 5	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 24	SPHINGOSINE × 6 MYRISTIC ACID × 6	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	SPHINGOSINE × 1 MYRISTIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_SVDVU
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3, 4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–283； UniProt 569–851 作者链 B； PDB构建体 1–261； UniProt 70–330 作者链 C； PDB构建体 1–238； UniProt 331–568 作者链 D； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1oop
沉积日期 deposition_date	2003-03-04
结构标题 title	The Crystal Structure of Swine Vesicular Disease Virus
关键词 keywords	;PICORNAVIRUS STRUCTURE, VIRUS/VIRAL PROTEIN, VIRUS-RECEPTOR INTERACTIONS, HOST ADAPTATION, CAR, DAF, COXSACKIEVIRUS, Icosahedral virus, Virus ;; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1oop__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1oop__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1oop__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	132.30 Å
总 Rg	132.30 Å
原子数	383940
残基数	49140
排除体积	6810400 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1oop__assembly_1__model_1`	complete icosahedral assembly （240）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1oop__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`1oop__assembly_3__model_1`	eicosameric （20）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`1oop__assembly_4__model_1`	24-meric （24）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`1oop__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Coat protein VP1
分子量 formula_weight	31538.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6399

GPPGEVMGRAIARVADTIGSGPVNSESIPALTAAETGHTSQVVPSDTMQTRHVKNYHSRSESTVENFLCRSACVFYTTYENHDSDGDNFAYWVINTRQVAQLRRKLEMFTYARFDLELTFVITSTQEQPTVRGQDAPVLTHQIMYVPPGGPVPTKVNSYSWQTSTNPSVFWTEGSAPPRMSVPFIGIGNAYSMFYDGWARFDKQGTYGISTLNNMGTLYMRHVNDGGPGPIVSTVRIYFKPKHVKTWVPRPPRLCQYQKAGNVNFEPTGVTEGRTDITTMKTT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Coat protein VP2
分子量 formula_weight	28652.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SPSAEECGYSDRVRSITLGNSTITTQECANVVVGYGVWPTYLKDEEATAEDQPTQPDVATCRFYTLESVMWQQSSPGWWWKFPDALSNMGLFGQNMQYHYLGRAGYTIHVQCNASKFHQGCLLVVCVPEAEMGCATLANKPDPKSLSKGEIANMFESQNSTGETAVQANVINAGMGVGVGNLTIFPHQWINLRTNNSATIVMPYINSVPMDNMFRHNNFTLMVIPFAPLSYSTGATTYVPITVTVAPMCAEYNGLRLAGKQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Coat protein VP3
分子量 formula_weight	26084.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GLPTLSTPGSNQFLTSDDFQSPSAMPQFDVTPEMDIPGQVNNLMEIAEVDSVVPVNNTEGKVMSIEAYQIPVQSNPTNGSQVFGFPLTPGANSVLNRTLLGEILNYYAHWSGSIKLTFMFCGSAMATGKFLLAYSPPGAGAPTTRKEAMLGTHVIWDVGLQSSCVLCIPWISQTHYRYVVMDEYTAGGYITCWYQTNIVVPADAQSDCKILCFVSACNDFSVRMLKDTPFIKQDNFFQ

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Coat protein VP4
分子量 formula_weight	7457.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MGAQVSTQKTGAHETSLSAAGNSVIHYTNINYYKDAASNSANRQDFTQDPGKFTEPVKDIMVKSMPALN

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SPHINGOSINE
分子量 formula_weight	299.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MYRISTIC ACID
分子量 formula_weight	228.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1oop.1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d1oopa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d1oopc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1oopA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1oopB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1oopC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1oopD00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Picornavirus coat protein VP4

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晶胞边长 a length_a	354.100 Å
晶胞边长 b length_b	371.700 Å
晶胞边长 c length_c	318.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.2450
R_work r_work	—
R_free r_free	—

The Crystal Structure of Swine Vesicular Disease Virus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1oop__assembly_1__model_1

1oop__assembly_1__model_1 | I(q)

1oop__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

The Crystal Structure of Swine Vesicular Disease Virus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1oop__assembly_1__model_1

1oop__assembly_1__model_1 | I(q)

1oop__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)