Vibrio vulnificus
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–DNA | 单体 | 蛋白 1 DNA 2 | 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3' × 2 CALCIUM ION × 1 water × 3 | 与全部聚合物一致 |
| 2 | 蛋白–DNA | 单体 | 蛋白 1 DNA 3 | 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3' × 1 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*C)-3' × 1 5'-D(P*GP*C)-3' × 1 CALCIUM ION × 1 water × 4 | 与全部聚合物一致 |
| UniProt名称 | Q8DCA6_VIBVU |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 4 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–213； UniProt 19–231 作者链 B； PDB构建体 1–213； UniProt 19–231 |
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| 条目编号 entry_id | 1oup |
| 沉积日期 deposition_date | 2003-03-25 |
| 结构标题 title | Crystal structure of the periplasmic endonuclease Vvn complexed with octamer double stranded DNA |
| 关键词 keywords | Non-specific endonuclease, beta-beta-alpha metal motif, HYDROLASE-DNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
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Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)
| Rg（Guinier） | 18.76 Å |
| Rg（电子密度） | 17.54 Å |
| 总 Rg | 18.48 Å |
| 原子数 | 2062 |
| 残基数 | 229 |
| 排除体积 | 35010 ų |
| 最大 q | 0.500 Å⁻¹ |
| 结构域编号 domain_id | d1oupa_ |
| 类 Class class | d — Alpha and beta proteins (a+b) |
| 折叠类型 Fold fold | d.4 — His-Me finger endonucleases |
| 超家族 Superfamily superfamily | d.4.1 — His-Me finger endonucleases |
| 家族 Family family | d.4.1.6 — Endonuclease I |
| 结构域编号 domain_id | d1oupb_ |
| 类 Class class | d — Alpha and beta proteins (a+b) |
| 折叠类型 Fold fold | d.4 — His-Me finger endonucleases |
| 超家族 Superfamily superfamily | d.4.1 — His-Me finger endonucleases |
| 家族 Family family | d.4.1.6 — Endonuclease I |